bueno... me parece que es lo que decía Dario.
En el TablePerClass estas registrando como Entity cualquier cosa.
Un filtro mejor lo obtendría usando GetExportedTypes en lugar de GetTypes
pero, ya que estas me parece que debería hacer algo así
typeof(ClaimFile).Assembly.GetExportedTypes().Where(t =>
typeof(BaseEntity).IsAssignableFrom(t) &&
!typeof(BaseEntity).Equals(t)).ToList()
en lugar que basarte solo en strings como estas:
Where(t =>
t.Namespace.Contains("Domain") &&
!t.Namespace.Contains("ValidationDefs") &&
!t.Name.Equals("BaseEntity"))
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