Den 2019-11-26 kl. 13:06, skrev Noel O'Boyle:
Hi David,

Can you provide the input file?
Attached, thanks for looking into this.

Regards,
- Noel

On Tue, 26 Nov 2019 at 09:50, David van der Spoel <sp...@xray.bmc.uu.se <mailto:sp...@xray.bmc.uu.se>> wrote:

    Den 2019-11-26 kl. 10:12, skrev Noel O'Boyle:
     > An SDF file describes the number of hydrogens on each atom. Open
    Babel
     > is neither adding nor removing them. AddHydrogens() is just
    making them
     > explicit.
    Unfortunately, no. The structure below has 7 hydrogens and one charge
    but obprop adds one H and 4 (!) charges.

    % obprop 2-aminoguanidinium.sdf
    name             2-aminoguanidinium.sdf 1
    formula          CH8N4+++++





       OpenBabel11261907103D

       12 11  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
         -1.5988   -0.6139    0.0135 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
         -0.4655    1.3957   -0.0077 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
          0.7405   -0.6123    0.0118 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
          1.9392    0.1153    0.0724 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
         -0.4481    0.0607    0.0074 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
         -1.6144   -1.6250    0.0385 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
         -2.4894   -0.1345    0.0041 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
         -1.3186    1.9349   -0.0175 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
          0.4173    1.8753   -0.1389 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
          1.9696    0.6569    0.9451 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
          2.7365   -0.5322    0.1048 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
          0.8109   -1.6139   -0.1611 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
        1  6  1  0  0  0  0
        2  8  1  0  0  0  0
        4  3  1  0  0  0  0
        4 11  1  0  0  0  0
        4 10  1  0  0  0  0
        5  1  1  0  0  0  0
        5  2  1  0  0  0  0
        5  3  1  0  0  0  0
        7  1  1  0  0  0  0
        9  2  1  0  0  0  0
       12  3  1  0  0  0  0
    M  CHG  1   1   5
    M  END

     >
     > Regards,
     > - Noel
     >
     > On Tue, 26 Nov 2019 at 06:50, David van der Spoel
    <sp...@xray.bmc.uu.se <mailto:sp...@xray.bmc.uu.se>
     > <mailto:sp...@xray.bmc.uu.se <mailto:sp...@xray.bmc.uu.se>>> wrote:
     >
     >     Hi,
     >
     >     I was trying to use obprop on an SDF file, but found out that
    it adds
     >     one hydrogen to my compound that should not be there. I then
    went to
     >     look at the code and removed these two lines
     >             if (!mol.HasHydrogensAdded())
     >               mol.AddHydrogens();
     >     recompiled and installed.
     >     Lo and behold, the bug is still there! That is, upon reading
    an SDF
     >     file
     >     the library already adds a hydrogen that shouldn't be there.
     >
     >     What to do about this?
     >     Replace
     >             conv.Read(&mol, &ifs);
     >     by a new call
     >             conv.ReadAndDoNotModifyMyCompound(&mol, &ifs);
     >
     >     Other suggestions?
     >
     >     --
     >     David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology
     >     Head of Department, Cell & Molecular Biology, Uppsala University.
     >     Box 596, SE-75124 Uppsala, Sweden. Phone: +46184714205.
     > http://www.icm.uu.se
     >
     >
     >     _______________________________________________
     >     OpenBabel-Devel mailing list
     > OpenBabel-Devel@lists.sourceforge.net
    <mailto:OpenBabel-Devel@lists.sourceforge.net>
     >     <mailto:OpenBabel-Devel@lists.sourceforge.net
    <mailto:OpenBabel-Devel@lists.sourceforge.net>>
     > https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/openbabel-devel
     >


-- David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology
    Head of Department, Cell & Molecular Biology, Uppsala University.
    Box 596, SE-75124 Uppsala, Sweden. Phone: +46184714205.
    http://www.icm.uu.se


    _______________________________________________
    OpenBabel-Devel mailing list
    OpenBabel-Devel@lists.sourceforge.net
    <mailto:OpenBabel-Devel@lists.sourceforge.net>
    https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/openbabel-devel



--
David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology
Head of Department, Cell & Molecular Biology, Uppsala University.
Box 596, SE-75124 Uppsala, Sweden. Phone: +46184714205.
http://www.icm.uu.se

Attachment: 2-aminoguanidinium.sdf
Description: chemical/molfile

_______________________________________________
OpenBabel-Devel mailing list
OpenBabel-Devel@lists.sourceforge.net
https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/openbabel-devel

Reply via email to