(Please cc to openbabel-scripting) You're right that the MACCS fingerprint was not included in pybel in the current release. Future releases will include all of the available fingerprints automatically. In the meanwhile, we can hack it in as follows:
import pybel
pybel.fps.append("MACCS")
pybel._fingerprinters =
pybel._getplugins(pybel.ob.OBFingerprint.FindFingerprint, pybel.fps)
mol = pybel.readstring("smi", "CCCC(=O)Cl")
print mol.calcfp("MACCS").bits
# [103, 107, 114, 115, 132, 134, 147, 154, 155, 160, 164]
Alternatively, you can use the pybel.py included in cinfony, which has this
feature already.
- Noel
2010/3/9 David Lagorce <[email protected]>
> Hello Noel,
>
> I am carrying out tests for similarity between various molecules and I read
> in the babel doc that fingerprints MACCS are not are not implemented in the
> pybel function calcfp (), but present in the openbabel command line way
> Is this true??
> If so, have you intention to do it in the next versions, and/or can I do it
> with the 2.2.3 version??
>
> Thanks
>
> regards
>
>
> David
>
>
>
>
>
> --
>
> *David Lagorce*
>
> INSERM U973 – MT*i* Bioinformatics
>
> Université Paris Diderot
>
> Batiment Lamarck
>
> 35, rue Hélène Brion
>
> 75013 PARIS
>
> 01 57 27 83 89
>
> [email protected]
>
> http://www.mti.univ-paris-diderot.fr
>
>
> Bonjour à tous,
>
> Merci de bien vouloir diffuser et afficher cette offre de formation.
>
> Cordialement,
>
>
>
> *Inès BELHADJ*
>
> Responsable formation
>
> Inserm Délégation Régionale PARIS 7
>
> Tour les Mercuriales
>
> 40 rue Jean Jaurès
>
> 93176 Bagnolet cedex
>
> Tél. (33)1 43 62 27 07
>
> Fax. (33)1 43 62 27 30
>
> Email : [email protected]
>
> Site web : http://www.parisnord.idf.inserm.fr
>
> <http://www.inserm.fr>
> <http://www.inserm.fr>
>
>
>
> *Formation «Sécurité laser»** *
>
>
>
> *Objectifs :*
>
> À l'issue de cette formation, les stagiaires devront :
>
>
>
> - avoir des notions sur les caractéristiques d'émission d'un laser
>
>
>
> - connaître les effets des rayonnements laser sur l'oeil et la peau
>
>
>
> - connaître les procédures de contrôle du danger en particulier les mesures
> de prévention (étiquetage, signification des symboles, classes...)
>
>
>
> - être conscients de la nécessité d'une protection collective ou
> individuelle.
>
>
>
> *Public** :*
>
> Personne responsable d’appareils intégrant des lasers de classe 3A, 3B ou 4
> (microscopes confocaux, cytométres, …).
>
> *Durée / Dates :** *
>
> *1 jour / 29 avril 2010*
>
> *Date limite d’inscription :** * *6 avril 2010*
>
>
>
> *Dossier d'inscription : **cliquez
> ici*<http://www.rh.inserm.fr/INSERM/IntraRH/RHActionsFormation.nsf/vAFSearch/EBA78C52AC5B2061C12576DB005E1537?OpenDocument&1&mode=imp>
>
> <http://www.rh.inserm.fr/INSERM/IntraRH/RHActionsFormation.nsf/vAFSearch/EBA78C52AC5B2061C12576DB005E1537?OpenDocument&1&mode=imp>
> ------------------------------
> size=2 width=620 style='width:465.0pt' noshade color="#ff6600" align=left>
>
>
>
> *LAURENCE DOUMENC**
> Responsable formation continue
> *Délégation régionale Inserm Midi-Pyrénées / Limousin
> BP 3048 - CHU Purpan - 31024 Toulouse cedex 3
> Téléphone : 05 62 74 83 58
> Télécopie : 05 61 31 97 52
> [email protected]
>
>
>
>
>
> Site :
> http://www.rh.inserm.fr/INSERM/IntraRH/RHActionsFormation.nsf/mvActionsFormation?OpenForm
>
>
> ------------------------------
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