Bueno ya se ha escrito bastante sobre el asunto pero igual te pongo mi versión:

lineas_corchetes = []
fichero =open("file.data", "rU") #Creo que la U le aporta genericidad multiplataforma
for linea in fichero: #No hace falta poner readlines si es un fichero texto
l = linea.strip() #Quita los espacios iniciales y finales y los saltos de linea
   if l and l.startswith('[') and l.endswith(']'):
       #No esta vacia la linea y empieza y termina en corchetes
       lineas_corchetes.append(l[1:-1])
fichero.close()
print lineas_corchetes

En lineas_corchetes queda lo que quieres.

Espero que sirva para algo pues he usado bastante cosas como esas para ficheros de configuración de mis aplicaciones Python.
Saludos y suerte.
J.
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