Estava tentando rodar os comandos, e deu problema a partir deste:
with(subset(y, Linhagens == "L1"), HSD.test(Peso,Proteína, df,  MSError))
Erro em qtukey(p, nranges, nmeans, df, lower.tail, log.p) : 
  Argumento não-numérico para função matemática


        Se entendi bem, o exemplo abaixo pode ajudar.



              Proteína
             Linhagens
             Peso
             
              p1
             L1
             1.6
             
              p1
             L1
             1.7
             
              p1
             L2
             2.3
             
              p1
             L2
             2.2
             
              p2
             L1
             1.9
             
              p2
             L1
             2
             
              p2
             L2
             2.2
             
              p2
             L2
             2.3
             
              p3
             L1
             2.3
             
              p3
             L1
             2.4
             
              p3
             L2
             2.3
             
              p3
             L2
             2.3
             




        y=read.table("clipboard", h=T)

         

        attach(y)



        resultado=aov(Peso~Proteína+Linhagens+Proteína*Linhagens )

         

        anova(resultado) 



        require(agricolae)

         

        cv.model(resultado)

         

         df=6

        MSError=0.004167



         

        #Melhor teor de proteína dentro da linhagem 1

        with(subset(y, Linhagens == "L1"), HSD.test(Peso,Proteína, df,  
MSError))

         

        #Melhor teor de proteína dentro da linhagem 2

        with(subset(y, Linhagens == "L2"), HSD.test(Peso,Proteína, df,  
MSError))

         

        #Melhor linhagem dentro do teor de proteína de 14%

        with(subset(y, Proteína == "p1"), HSD.test(Peso,Linhagens, df,  
MSError))

         

        #Melhor linhagem dentro do teor de proteína de 16%

        with(subset(y, Proteína == "p2"), HSD.test(Peso,Linhagens, df,  
MSError))

         

        #Melhor linhagem dentro do teor de proteína de 18%

        with(subset(y, Proteína == "p3"), HSD.test(Peso,Linhagens, df,  
MSError))



              Proteína
             Linhagem
             D.M.S.(5%) Linha
             
              L1
             L2
             
              14%
             1,65 cB 
             2,25 aA
             0,1580
             
              16%
             1,95 bB 
             2,25 aA
             
              18%
             2,35 aA 
             2,30 aA
             
              D.M.S.(5%) Coluna
             0,1981
              
             

        Médias seguidas de uma mesma letra maiúscula (em uma mesma linha) e 
minúscula (em uma mesma coluna), são estatisticamente iguais pelo teste de 
Tukey ao nível de 5% de probabilidade.

         







       


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