Fabio, Extamente isso que estava procurando, valeu pela ajuda. Tinha colocada o mesmo post na R-SIG-MIXED, e segundo o Bates, ele tem ideias de deixar isso como possibilidade de declarar na lmer https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mixed-models/2011q3/006587.html Valeu Fabio Éder
Em 23 de agosto de 2011 08:28, Fabio Mathias Corrêa <[email protected] > escreveu: > Éder, > > Na verdade, o que ocorre é um modelo de seleção via regressão. Então, cada > marcador deve ser inserido como um coeficiente de modelo de regressão. > > Eu não havia lido a apostila antes...rsrsrsrs. > > A lmer não realiza esse tipo de análise. Para isso vc deve utilizar a > library rrBLUP. > > Utilizando os seus dados, deve realizar o procedimento da seguinte maneira. > > > # Veja o help da library! > cran.r-project.org/web/packages/rrBLUP/rrBLUP.pdf > > library(rrBLUP) > > dados <- data.frame(ind=c(1:5), > diametro=c(9.87,14.48,8.91,14.64,9.55), > M1=c(2,1,0,1,1), > M2=c(0,1,2,0,0), > M3=c(0,0,0,1,0), > M4=c(0,0,0,0,1), > M5=c(2,1,0,1,1), > M6=c(0,1,0,0,1), > M7=c(0,0,2,0,0)) > dados > > G2 <- dados[,3:ncol(dados)] > > # A matriz Z deve ter apenas -1,0 e 1, que corresponde a 1,0 e 2 na sua > matriz. > > G3 <- apply(G2,2,function(x) ifelse(x==1,-1, ifelse(x!=0,1,0))) > > # G3 é sua nova matriz! > > result <- mixed.solve(y=dados$diametro, Z=G3, K=diag(7)) > result > > $Vu > [1] 0.8537734 > > $Ve > [1] 5.45131 > > $beta > [1] 11.2199 > > $u > [1] -0.40714456 -0.54215342 -0.35285351 0.33237757 -0.40714456 0.02959554 > [7] -0.23937139 > > $LL > [1] -9.760329 > > Valeu!!! > > Fábio Mathias Corrêa > > Universidade Estadual de Santa Cruz > Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET > > > Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna > CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia > > > Tel.: 73-3680-5076 > ------------------------------ > *De:* Eder David Borges da Silva <[email protected]> > *Para:* [email protected]; Fabio Mathias Corrêa < > [email protected]> > *Enviadas:* Segunda-feira, 22 de Agosto de 2011 14:13 > *Assunto:* Re: [R-br] Declarar matriz Z modelos mistos > > Fabio, > Esta forma de declarar não funciona, tinha tentado esta opção, desta forma > para cada Mxx é gerado um efeito para 0 ,1 e 2 caso tenha os três, mas pelo > exemplo é um efeito para Mxx como se fosse um slope para cada Mxx, e o 0,1,2 > seriam os niveis. Desta forma o teriam um componente para cada Mxx, mas no > problema só existe um componente único que engloba a variação de todos estes > Mxx. > Obrigado pela resposta > Att > > Em 22 de agosto de 2011 07:35, Fabio Mathias Corrêa < > [email protected]> escreveu: > > Éder, > > Os efeitos aleatórios devem ser especificados como no exemplo abaixo. > > m1 <- lmer(diametro~1+(1|M1) + (1|M2) + (1|M3) + (1|M4) + (1|M5) + (1|M6) + > (1|M7),dados) > summary(m1) > ranef(m1) > > dotplot(ranef(m1, postVar=TRUE))$M1 # Plota os efeitos aleatórios e seus > IC's. > > Valeu!!! > > > Fábio Mathias Corrêa > > Universidade Estadual de Santa Cruz > Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET > > > Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna > CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia > > > Tel.: 73-3680-5076 > ------------------------------ > *De:* Eder David Borges da Silva <[email protected]> > *Para:* [email protected] > *Enviadas:* Domingo, 21 de Agosto de 2011 15:52 > *Assunto:* [R-br] Declarar matriz Z modelos mistos > > Pessoal, > dado um modelo y = Xb + Zu + e , modelo misto com Xb parte fixa e Zu parte > aleatoria, estou tentando entender melhor a analise feita neste documento, > http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/bitstream/doc/883425/1/Doc210.pdf , > pagina 54, ao meu entendimento é um modelo misto, onde a mudança é a forma > que é construída a matriz Z, que como o autor faz é produzido um > efeito aleatório para cada marcador. desta forma gostaria de saber > se alguém ja declarou um matriz Z em uma analise de modelo misto no R em > especifico na lmer, essa analise é GWS (Seleção genômica ampla), > caso alguém tenha familiaridade ficaria grato de umas dicas. > > dados <- data.frame(ind=c(1:5), > diametro=c(9.87,14.48,8.91,14.64,9.55), > M1=c(2,1,0,1,1), > M2=c(0,1,2,0,0), > M3=c(0,0,0,1,0), > M4=c(0,0,0,0,1), > M5=c(2,1,0,1,1), > M6=c(0,1,0,0,1), > M7=c(0,0,2,0,0)) > dados > require(lme4) > > Z <- model.matrix(~-1+M1+M2+M3+M4+M5+M6+M7,dados) > Z ### Esta é a matriz que querro por no modelo > m0 <- lmer(diametro~1+(1|?????),dados) > summary(m0) > ranef(m0) > fixef(m0) > # Meu interesse e ter os componentes de variância e o efeito fixo(Media > geral), e os efeitos aleatórios (7, uma para cada marcador) > > OBS: Creio que não chegaremos ao valor exato do autor, visto que ele fixou > (sigma.erro/(sigma.g/n)) =1. > Obrigado > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [email protected] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [email protected] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > > > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [email protected] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. >
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