olá Leandro e demais

não sei se a sua saga no WMF já terminou... mas...
eu tentei aqui e ficou 'aparentemente' bom com 2 comandos *axis*

plot(1:40,runif(40),axes=F,xlab='Eixo X',ylab='Eixo Y')
axis(1,at=seq(2,40,3), cex.axis=1)
axis(1,at=c(0,40), cex.axis=1)

dá para definir número a número
caso não queira a partir do zero, pode redefinir c(2,40)
ao menos aqui (windows) fica bom...

quanto ao devEMF, no site r-project diz que ele dá erro na compilação
e por isso não tem binário na versão 2.13, mas pegar para uma versão anterior
e usar assim mesmo (2.13) funciona bem...
só terá o incoveniente de fazer isso manualmente...
que imagino que foi o que você fez, não vai ter como escapar disso...

a sugestão foi pq win.metafile (acho) que só tem no R versão windows
e devEMF também funciona em linux

e como diz o help, é uma boa opção ( a mais fácil) para incluir gráficos
vetoriais no M$ Office e LibreOffice

library(devEMF) # só para registrar na lista o objetivo do devEMF...
?emf:
#########################################################
emf                   package:devEMF                   R Documentation

Enhanced Metafile Graphics Device

Description:

     'emf' starts the graphics device driver for producing enhanced
     metafile (emf) graphics, which can imported natively as vector
     graphics in both OpenOffice and Microsoft Office.

Usage:

     emf(file = "Rplot.emf", width = 7, height = 7,
         bg = "transparent", fg = "black", pointsize = 12,
         family = "Helvetica", custom.lty = FALSE)
 #####################################################


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