Pessoal, gostaria de uma ajuda de vocês.

Estou com um problema de estudo fatorial com medidas repetidas (assim considero) com as seguintes características:

1- Cada corpo de prova foi submetido a 1 tratamento com 3 níveis distintos, sendo que cada grupo continha 18 unidades amostrais (fator 1), 54 corpos de prova ao total;

2- Dentro de cada grupo definido pelo nível do tratamento no fator 1, metade das unidades amostrais do grupo (9) foram submetidas ao tratamento 2 com 2 níveis (fator 2), de modo que o i-ésimo indivíduo está submetido ao j-ésimo nível do fator 1 e k-ésimo nível do fator 2, ou seja, são independentes com relação ao fator 2.

3-A variável resposta foi medida em dois tempos distintos, tempo 0 e tempo 48h, por isso considerei medidas repetidas.

Para cada unidade amostral, portanto, eu considerei um modelo assim: fixando-se a unidade amostra i,que foi somente submetida a 1 tratamento do fator 1 e 1 tratamento do fator 2. Logo, j e k também estão fixos e o que varia dentro de cada indivíduo é o tempo (l) em que a medida foi obtida. O modelo abaixo
Y_l=b0+b1Trat1_l+b2*Trat2_l+b3*Tempo_l+todas as interações+a_i+e_il, l=1,2,
a_i ~N(0, var_1) (efeito aleatório) e
 e_il~Normal(0, var_2)

Desta maneira, as pseudorrepresentações são os tempos, com tamanho 2 para cada unidade e isso vem causando sérios problemas, porque acredito que o tratamento 2 deveria estar aninhado no tratamento 1, mas quando tento algo, os graus de liberdade são, obviamente insuficientes e um erro ocorre.

Estimado o modelo acima, com a função lme, (algo do tipo lme(y~Trat1*Trat2*Tempo, random=1|Id)), os resíduos não são normais. Existe alguma maneira de utilizar a transformação de box-cox para tentar normalizar os resíduos. Eu fiz um aproximação usando o modelo linear comum com estes dados e a função boxcox do pacote MASS, e depois usei a transformação indicada no modelo linear neste misto, variando os valores de lambda em torno do valor estimado e vendo qual se aproximava mais da normalidade. Ficou muito ruim, ainda.

Então, lanço as minhas perguntas:

a) Com a experiência de vocês me digam, por favor; estou usando um modelo adequado para que quero encontrar? b) Existe algum pacote no R que calcule a transformação de box-cox em objetos lme? c) Será que o fator 2, dada natureza do experimento, deve ser aninhada ao fator 1 como efeito fixo? Algo como Y~Trat1*Trat1/Trat2*Tempo?

Sei que estas perguntas fogem ao escopo deste fórum, mas logo imaginei que vocês pudessem me ajudar.

Desde já muito obrigado.

Olympio
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