Se você assume que os dados são normais e o efeito aleatório também, você
pode usar a nlme (método de estimação ML ou REML, não MQO). Seja f1 o fator
fixo e f2 o fator aleatório, y é a resposta, basicamente seria

require(nlme)
f2inf1 <- interaction(f1, f2)
m0 <- lme(y~f1, random=~1|f2inf1)

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
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