Só pra complementar, preciso usar a função image com log, assim:
image(log(xmat)) Vitor On May 31, 2012, at 12:06 PM, Vitor Aguiar wrote: > Boa tarde, > > alguém poderia me ajudar com a função image( )? Me desculpe por abusar do > tempo de vocês, o texto abaixo é grande porém simples. > > Tenho uma matrix de valores com que estou fazendo um heatmap usando a função > image( ). Gostaria de plotar não apenas os valores observados na matrix, mas > também valores que seriam possíveis mas não são observados. > > Isso significa o seguinte: > Tenho uma matrix 16x16. Valores possíveis, mas não observados, correspondem a > "0" (zeros) onde a soma (índice da linha + índice da coluna) são iguais ou > menores que 15. > > Exemplo: Se eu tenho um valor "0" na posição [14, 3], eu NÃO quero plotar, > pois 14 + 3 = 17. > Se eu tenho um valor "0" na posição [11, 3], eu quero plotar, pois 11 + 3 = > 14. > > Eu queria que esses valores fossem plotados em cor diferente do meu heatmap, > por exemplo, em azul. > > Matrix: > x = c(3045, 893, 692, 830, 617, 155, 246, 657, 105, 60, 18, 7, 7, 4, 2, > 11234, 2985, 2242, 2471, 1575, 366, 503, 1283, 170, 79, 32, 6, 4, 1, 3, > 19475, 4756, 3233, 3251, 1810, 409, 575, 1210, 139, 41, 11, 4, 2, 0, 0, > 20830, 4739, 2990, 2531, 1346, 298, 325, 612, 60, 17, 1, 0, 1, 0, 0, 15304, > 3196, 1885, 1440, 610, 117, 115, 185, 14, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 8026, 1535, 806, > 539, 223, 33, 37, 39, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3300, 562, 286, 141, 45, 14, 5, > 12, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1067, 160, 65, 40, 14, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, > 277, 47, 6, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 72, 6, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, > 0, 0, 0, 0, 0, 0, 11, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, > 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0) > > xmat = matrix(x, ncol = 12) > > row15 = rep(0,16) > col12 = rep(0,15) > col13 = rep(0,15) > col14 = rep(0,15) > col15 = rep(0,15) > xmat = cbind(xmat, col12, col13, col14, col15) > xmat = rbind(xmat, row15) > dimnames(xmat) = list(0:15, 0:15) > xmat > > # minha matrix original é a primeira xmat (15x12), mas estou criando essa > outra com linhas e colunas de zeros pois, por exemplo, 0 + 15 = 15, e preciso > plotar esse valor também. Mas se alguém tiver solução mais simples... > > Desde já agradeço, > > Vitor > > > > Vitor Rezende da Costa Aguiar > --------------------------------------------------- > PhD candidate in biotechnology > Rede Nordeste de Biotecnologia > UFES, Brazil > --------------------------------------------------- > Current Adress: > Department of Integrative Biology > University of California, Berkeley > 2033 Valley Life Sciences Building #4134 > Berkeley, CA 94720 > Phone: 1 (510) 473-2070 >
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