Dai tu tem que antes decidir se tu quer ficar com os NA ou não, se tu fizer direito não vai acontecer de linhas só com NA... No caso, x4 != 1 e:
# Descartando onde x4 é NA dados$x4 != 1 & !is.na(dados$x4) dados[dados$x4 != 1 & !is.na(dados$x4),] # Mantendo onde x4 é NA dados$x4 != 1 | is.na(dados$x4) dados[dados$x4 != 1 | is.na(dados$x4),] # A linha só com NA acontece quando, no meio do teu vetor de T/F tem um NA dados$x4 != 1 dados[dados$x4 != 1,]
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