Ricardo,

  A minha dica é usar o pacote rgeos. Sugiro algo parecido com o seguinte:

require(sp)
require(rgeos)

poly1 <- readShapePoly("polygon.shp")
poly2 <- readShapePoly("other_polygon.shp")


inter <- gIntersection(poly1, poly2)

  Se a sua dúvida for mais geral, então dê uma olhada no manual do pacote 
raster, em especial as funções mask e extract.

  Espero que ajude,
  Thiago.

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From: Ricardo Dobrovolski <[email protected]>
To: [email protected]; [email protected] 
Sent: Thursday, December 6, 2012 8:22 PM
Subject: [R-br] Intersecção entre dois shapefiles no R


Oi Pessoal,

Eu gostaria de saber se vocês conhecem pacotes no R nos quais eu possa fazer 
operações entre shapefiles como intersecções, clips, etc, de maneira semelhante 
às operações que se podem realizar no ArcGis.

Atenciosamente,

Ricardo Dobrovolski
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