A função pgamma faz justamente o que você mencionou, retorna o valor da
probabilidade para o evento Pr(X<x) sendo X~Gamma(shape, scale). Nível de
confiança não vem ao caso porque isso **não é uma estimativa** de
probabilidade. Agora se você a partir de uma amostra aleatória da variável
aleatória X que você considera ter distribuição Gamma você **estimou os
parâmetros** shape e scale (por máxima verossimilhança, por exemplo), então
probabilidades calculadas a partir deles podem ter incerteza associada, que
pode ser representada por um intervalo/região de confiança por exemplo.
Para isso você terá que obter os extremos dos valores de probabilidade para
todos os valores de shape e scale internos à uma região de confiança.
Procure um estatístico local para orientações mais aprofundadas.

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
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