Eu não recomendei sem os cabeçalhos. Eu recomendei sem a coluna 2 (label) e, possivelmente, sem a coluna acet. On Jun 9, 2013 4:49 AM, "Vinícius Lionel Mateus" <[email protected]> wrote:
> Vou cuidar melhor dos CMR, Benilton. > Tem como não incluir os nomes das colunas no PCA? Como fica a organização? > > Benilton, reproduzi a análise sem os cabeçalhos, conforme você sugeriu, > mas também não houve sucesso. > > #carreguei meus dados conforme, mas agora indiquei que não existe cabeçalho > > read.table(file = "clipboard", header = F, sep = "\t", dec = ",")-> TSF > >TSF > #chequei os nomes das colunas para confirmar > > names(TSF) > [1] "V1" "V2" "V3" "V4" "V5" "V6" "V7" "V8" "V9" "V10" "V11" > "V12" "V13" > #rodando o PCA > > model <- prcomp(TSF, scale = TRUE) > Erro em svd(x, nu = 0) : infinite or missing values in 'x' > > > > Em 9 de junho de 2013 01:50, Benilton Carvalho <[email protected] > > escreveu: > >> Vc tem certeza que quer incluir "Label" na PCA? E ja' que estamos no >> assunto, Acet tambem? A variavel Label e' texto e calcular media de >> texto e' indefinido, portanto a falha... Sobre 'Acet', veja o seu >> banco de dados e infira o motivo da minha sugestao. >> >> Deixo tbm uma recomendacao para leitura: >> https://gist.github.com/benilton/1088208 >> >> b >> >> Em 9 de junho de 2013 01:41, Vinícius Lionel Mateus >> <[email protected]> escreveu: >> > Simone, >> > Obrigado testei a classe do objeto e realmente é um data.frame. >> > >> > Para tornar o exemplo mais reprodutível, compartilho o link dos dados: >> > https://www.dropbox.com/s/qopz8pg29pe3z3p/2013%2005%2009%20PCA_R.xls >> > >> > >> > >> > >> > Em 7 de junho de 2013 22:37, Sérgio Henrique almeida da silva ju >> > <[email protected]> escreveu: >> > >> >> Bom, eu não chutei nada, só estou interpretando a saída do R. Mas, algo >> >> mais reproduzível ajudaria mais. >> >> >> >> Abraços >> >> >> >> >> >> Em 7 de junho de 2013 22:36, Benilton Carvalho >> >> <[email protected]> escreveu: >> >> >> >>> Se o exemplo fosse de fato reproduzível, ninguém ficaria chutando >> qual é >> >>> o problema.... >> >>> >> >>> On Jun 7, 2013 10:28 PM, "Sérgio Henrique almeida da silva ju" >> >>> <[email protected]> wrote: >> >>>> >> >>>> Simone >> >>>> >> >>>> Tanto faz você trabalhar com data.frame ou matriz, basta a variável >> >>>> estar como numérica. >> >>>> >> >>>> Abraços >> >>>> >> >>>> >> >>>> Em 7 de junho de 2013 22:25, Simone D. Sartorio >> >>>> <[email protected]> escreveu: >> >>>>> >> >>>>> Na verdade Sérgio, como vc está fazendo uma ACP, seu "x" deve ser >> uma >> >>>>> matriz e provavelmente seu "x" está como um data.frame >> >>>>> >> >>>>> Verifique a classe do seu "x" assim: >> >>>>> >> >>>>> class(x) >> >>>>> >> >>>>> Se a resposta for diferente de uma matriz, pronto, é só transformar >> seu >> >>>>> x em 1 matriz! >> >>>>> ok? >> >>>>> >> >>>>> abraços >> >>>>> Si >> >>>>> >> >>>>> >> >>>>> >> ***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---*** >> >>>>> * Simone Daniela Sartorio >> >>>>> * Professora Adjunta I da UFSCar, Centro de Ciências Agrárias, >> Campus >> >>>>> Araras/SP. >> >>>>> * Doutora e Mestre em Estatística e Experimentação Agronômica - >> >>>>> ESALQ/USP; >> >>>>> * Licenciada em Matemática - UNESP/Rio Claro. >> >>>>> >> >>>>> >> ***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---***---*** >> >>>>> >> >>>>> Tenha um bom dia! ;) >> >>>>> >> >>>>> ________________________________ >> >>>>> De: Sérgio Henrique almeida da silva ju <[email protected]> >> >>>>> Para: [email protected] >> >>>>> Enviadas: Sexta-feira, 7 de Junho de 2013 21:21 >> >>>>> Assunto: Re: [R-br] Remover NA: PCA >> >>>>> >> >>>>> O R esta entendendo que sua variavel não é numérica. >> >>>>> Tente >> >>>>> Tsfa$x = as.numeric(Tsfa$x) >> >>>>> Em 07/06/2013 20:52, "Vinícius Lionel Mateus" < >> [email protected]> >> >>>>> escreveu: >> >>>>> >> >>>>> Prezados, >> >>>>> >> >>>>> Estou executando o seguinte CRM: >> >>>>> >> >>>>> read.table(file = "clipboard", header = TRUE, sep = "\t", dec = >> ",")-> >> >>>>> TSF >> >>>>> > TSF >> >>>>> > names(TSF) >> >>>>> [1] "Date" "Label" "PMF" "BC" "Acet" "Form" "Cl." "NO3." >> >>>>> "PO43." "SO42." "Na." "K." >> >>>>> [13] "Mg2." "Ca2." "NH4." >> >>>>> > TSFa <- TSF[,2:15] >> >>>>> > model <- prcomp(TSFa, scale = TRUE) >> >>>>> Erro em colMeans(x, na.rm = TRUE) : 'x' deve ser numérico >> >>>>> > model <- prcomp(TSFa, na.rm = TRUE, scale = TRUE) >> >>>>> Erro em colMeans(x, na.rm = TRUE) : 'x' deve ser numérico >> >>>>> >> >>>>> Tentei diferentes métodos para remover o "NAs", mas não obtive >> sucesso. >> >>>>> Alguém tem alguma dica? >> >>>>> >> >>>>> -- >> >>>>> Vinícius >> >>>>> -- >> >>>>> -- >> >>>>> Atenciosamente, >> >>>>> >> >>>>> VINÍCIUS LIONEL MATEUS, M.Sc ( >> http://lattes.cnpq.br/6501001637020665) >> >>>>> Bacharel em Química - Doutorando em Química Analítica >> >>>>> Laboratório de Química Atmosférica - Departamento de Química >> >>>>> Pontifícia Universidade Católica - Rio de Janeiro (PUC - Rio) >> >>>>> Rua Marquês de São Vicente, 225, Gávea - Rio de Janeiro, RJ - Brasil >> >>>>> CEP.: 22451-900 >> >>>>> Telefone: (+55) (21) 3527-1327 >> >>>>> (+55) (21) 9358-8051 >> >>>>> www.puc-rio.br >> >>>>> >> >>>>> _______________________________________________ >> >>>>> R-br mailing list >> >>>>> [email protected] >> >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >> forneça >> >>>>> código mínimo reproduzível. >> >>>>> >> >>>>> >> >>>>> _______________________________________________ >> >>>>> R-br mailing list >> >>>>> [email protected] >> >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >> forneça >> >>>>> código mínimo reproduzível. >> >>>>> >> >>>>> >> >>>>> _______________________________________________ >> >>>>> R-br mailing list >> >>>>> [email protected] >> >>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >> forneça >> >>>>> código mínimo reproduzível. >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> >> >>>> -- >> >>>> Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior >> >>>> Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública >> >>>> Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ >> >>>> http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 >> >>>> Tel: (21) 68463637 >> >>>> http://www.linkedin.com/profile/view?id=250437145&trk=tab_pro >> >>>> >> >>>> _______________________________________________ >> >>>> R-br mailing list >> >>>> [email protected] >> >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> >>>> código mínimo reproduzível. >> >>> >> >>> >> >>> _______________________________________________ >> >>> R-br mailing list >> >>> [email protected] >> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> >>> código mínimo reproduzível. >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> -- >> >> Sérgio Henrique Almeida da Silva Junior >> >> Doutorando em Epidemiologia em Saúde Pública >> >> Escola Nacional de Saúde Pública Sérgio Arouca - ENSP/FIOCRUZ >> >> http://lattes.cnpq.br/1611345552843383 >> >> Tel: (21) 68463637 >> >> http://www.linkedin.com/profile/view?id=250437145&trk=tab_pro >> >> >> >> _______________________________________________ >> >> R-br mailing list >> >> [email protected] >> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> >> código mínimo reproduzível. >> > >> > >> > >> > >> > -- >> > Vinícius >> > -- >> > -- >> > Atenciosamente, >> > >> > VINÍCIUS LIONEL MATEUS, M.Sc (http://lattes.cnpq.br/6501001637020665) >> > Bacharel em Química - 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