Ludmila, boa noite! Não testei, mas parece que o pacote geospacom faz o que você precisa. Veja o comando DistanceMatrix().
http://cran.r-project.org/web/packages/geospacom/geospacom.pdf -- Éder Comunello <c <[email protected]>[email protected]> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
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