Obrigado pela dica Walmes, ela definitivamente me ajudou a resolver o problema.

A única mudança que tive que fazer foi no cálculo das médias, pois além do dia 
eu também precisava que fosse por variável. Nesse caso eu acabei usando o plyr:

db = ddply(da, .(j, variable), summarise, value = mean(value))
 

Saudações,
--
Thiago V. dos Santos
PhD student
Land and Atmospheric Science
University of Minnesota
http://www.laas.umn.edu/CurrentStudents/MeettheStudents/ThiagodosSantos/index.htm
Phone: (612) 323 9898



On Sunday, November 17, 2013 7:31 AM, walmes . <[email protected]> wrote:
 
Crie uma variável que identifique cada dia sem o ano. Pode usar o dia juliano 
("%j") ou combinação de mês com dia ("%m/%d"). Depois você aplica estatísticas 
por estrato, como média por dia.

da <- data.frame(x=seq(as.Date("1980-01-01"),
                     as.Date("1990-12-31"),
                     by="day"))
da$y <- rnorm(da$x)
str(da)

da$j <- format(da$x, format="%j")    # dia juliano 1-366
da$j <- format(da$x, format="%m/%d") # mês/dia
range(da$j)

db <- aggregate(y~j, da, mean)
str(db)

db$j <- as.Date(db$j, format="%m/%d")
plot(y~j, db, type="b")

À disposição.
Walmes.
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