Muito Obrigada Marcos,
O problema é que eu estou tentando aprender a mexer o R e ao mesmo tempo
aprender estatística!
Quando eu calculo a matriz de distância da erro por causa das linhas com zeros
em todos os itens.
Pelo que eu entendi dos estudos que fiz sobre análise de agrupamento, o Bray
Curtis é o melhor para análise de abundância, e aceita duplos zeros e ele "lê"
os zeros como semelhança. Como eu li isso, pensei que daria certo ter linhas
com zeros.
Eu estou fazendo análise de alimentação e esses grupos (peixes, crustáceos...)
foram os itens que eu encontrei nos conteúdos estomacais, então as linhas
zeradas tem muita importância, pois indica de aquele peixe estava com estômago
vazio.
Eu quero comparar esses indivíduos com a área em que eles foram capturados,
por exemplo. E retirando essas amostras com zero, eu perco muita informação...
Vou dar uma lida nesse livro que você indicou, mas acho que vou precisar de uma
ajuda para criar uma nova métrica.... =)
Muito obrigada!
Att.,
Nathalia de Sousa Motta
Oceanógrafa/Oceanographer
Mestranda em Pesca - Instituto de Pesca
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De: Marcos Vital <[email protected]>
Para: [email protected]
Enviadas: Sábado, 4 de Janeiro de 2014 15:34
Assunto: Re: [R-br] Análise de agrupamento
Natália, é possível que o problema seja a métrica que você está utilizando.
Aparece um erro quando você calcula a matriz de distância usando Bray Curtis? É
isso? Ou é alguma outra coisa?
Não sei se o coeficiente de Bray Curtis aceita linhas com zeros. Acredito que
não aceite, pois acho que uma linha de zeros não deva fazer muito sentido nesta
métrica. Normalmente usamos Bray Curtis para comparar comunidades biológicas de
acordo com sua similaridade de composição e abundâncias de espécies (algo como
a "estrutura" da comunidade), e neste contexto uma linha só de zeros não dá
informações úteis para compreendermos as relações de similaridade.
Se for isto mesmo, a questão aqui é encontrar uma métrica que possa responder a
sua pergunta. Aliás, este é um ponto crucial: qual a sua pergunta? Por que os
zeros importam?
Dependendo da situação você pode até criar uma métrica própria usando a função
designdist, também do pacote vegan.
Se precisar de uma boa literatura sobre estas medidas, sugiro começar pelo
Numerical Ecology (Legendre & Legendre).
Abraços
Marcos
--
Marcos Vinícius Carneiro Vital
Universidade Federal de Alagoas
Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde
Setor de Biodiversidade e Ecologia
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