Semelhança no perfil. O perfil de cada acesso é descrito por 101 marcadores moleculares.
Pensando, agora, na sugestão do Leonardo, e pensando no seu questionamento, talvez avaliar a proporção de marcadores iguais fosse uma boa análise deste perfil. Não tinha pensado nisto... Luiz Roberto. Luiz Roberto Martins Pinto Prof. Pleno/DCET/UESC Laboratório de Estatística Computacional Universidade Estadual de Santa Cruz Ilhéus-Bahia-Brasil [email protected] skype: lrmpinto http://lattes.cnpq.br/2732314327604831 Em 19 de agosto de 2015 18:36, Cesar Rabak <[email protected]> escreveu: > Luiz Roberto, > > Frente a sua resposta para o Leonardo, é imperioso propor-lhe a questão: > > Qual seria a definição de semelhança entre os dois acessos? > > Com essa informação podemos tentar encontrar um teste estatístico com mais > potência para a comparação... > > HTH > -- > Cesar Rabak > > > 2015-08-19 16:10 GMT-03:00 Luiz Roberto Martins Pinto < > [email protected]>: > >> Leonardo, >> >> Agradeço a sugestão. Mas é possível que as proporções sejam as mesmas >> entre dois acessos diferentes, se os marcadores estiverem em posições >> diferentes. >> >> Luiz Roberto. >> >> Luiz Roberto Martins Pinto >> Prof. Pleno/DCET/UESC >> Laboratório de Estatística Computacional >> Universidade Estadual de Santa Cruz >> Ilhéus-Bahia-Brasil >> >> [email protected] >> skype: lrmpinto >> http://lattes.cnpq.br/2732314327604831 >> >> >> >> Em 19 de agosto de 2015 15:07, Leonardo Ferreira Fontenelle < >> [email protected]> escreveu: >> >>> Luiz Roberto, como estou sem R ao alcance vou fornecer uma solução >>> aproximada. >>> >>> Em primeiro lugar, você vai querer transformar esses vetores de texto em >>> vetores de números inteiros, utilizando a função as.integer() >>> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/integer.html>. >>> Quanto à comparação dos vetores propriamente dita, a solução mais simples é >>> com a função prop.test() >>> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/prop.test.html>. >>> Utilize sum(x, na.rm = TRUE) >>> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/sum.html> para >>> calcular o número de sucessos em cada vetor, e length >>> <https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/length.html>(na.omit(x)) >>> ou length(x[!is.na(x)]) para calcular o número de tentativas em cada >>> vetor. Então utilize a função prop.test, informando como primeiro argumento >>> c(sucessosA1, sucessosA2) e segundo argumento c(tentativasA1, tentativasA2). >>> >>> Leonardo Ferreira Fontenelle <http://lattes.cnpq.br/9234772336296638> >>> >>> >>> Em Qua 19 ago. 2015, às 14:46, Luiz Roberto Martins Pinto escreveu: >>> >>> Caros companheiros da Lista R, >>> >>> # Os dados abaixo referem-se a 2 acessos de mandioca (A1 e A2), e 101 >>> marcadores RAPD (1=presença da marca; 0=ausência da marca; NA=dado >>> perdido); portanto os dados são binários. >>> >>> # Preciso de uma função que me retorne a probabilidade (p-value) do >>> acesso A1 ser semelhante ao acesso A2. >>> >>> >>> A1=c("1",NA,"1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,"1",NA,"0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","0") >>> >>> A2=c("1","1","1","0","1","0","1","1","0","1","1","0","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1","1",NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,NA,"1","0","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","0","1","0","1",NA,NA,"1","1","1","1","1","1","1","1","0","0","1","1","1","1","1","1","0","1","1","1","1","1","1","1") >>> >>> Agradeço a boa-vontade de quem puder ajudar. >>> >>> Abraços, >>> >>> Luiz Roberto. >>> >>> Luiz Roberto Martins Pinto >>> Prof. Pleno/DCET/UESC >>> Laboratório de Estatística Computacional >>> Universidade Estadual de Santa Cruz >>> Ilhéus-Bahia-Brasil >>> >>> [email protected] >>> skype: lrmpinto >>> http://lattes.cnpq.br/2732314327604831 >>> >>> *_______________________________________________* >>> R-br mailing list >>> [email protected] >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >>> >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [email protected] >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [email protected] >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [email protected] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. >
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