Eu nunca fiz mas segundo o que eu ouvi, você pode pegar o conteúdo dos
diretórios retornados por .libPath(), salvar num pendrive, formatar e
instalar o novo sistema, instalar o R, e devolver no lugar que tudo vai
funcionar. Para o futuro, você pode instalar o Ubuntu numa partição e
deixar a sua /home em outra, para poder formatar sem perder os dados. Na
sua /home você cria um diretório no qual a partir de então vai instalar os
pacotes do R (install.packages("pacote", lib="/home/eu/pacotesdoR")). Dessa
forma, ao formatar, todos os pacotes serão mantidos.

À disposição.
Walmes.
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