Boa tarde.
Estou tentando obter uma matriz de dissimilaridade genética, a partir de dados qualitativos e quantitativos, de 208 linhagens de mamoneira. Entretanto só consigo visualizar parte da matriz. Como obter a matriz completa e salvá-la em planilha Excel? Obrigado Maurício Silva Enviado do Outlook Mobile On Tue, Feb 9, 2016 at 6:00 AM -0800, <[email protected]> wrote: Enviar submissões para a lista de discussão R-br para [email protected] Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para [email protected] Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço [email protected] Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Re: Bug report (Thiago V. dos Santos) 2. Re: Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame (Éder Comunello) 3. Re: Número máximo de variáveis (Éder Comunello) 4. Re: Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame [RESOLVIDO] (ASANTOS) 5. Re: Número máximo de variáveis (Alexandre Loures) 6. Re: Bug report (Leonard Assis) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Mon, 8 Feb 2016 14:42:22 +0000 (UTC) From: "Thiago V. dos Santos" <[email protected]> To: "[email protected]" <[email protected]> Subject: Re: [R-br] Bug report Message-ID: <[email protected]> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Se você já tem certeza que é bug, o primeiro passo que eu daria seria contatar os autores e/ou mantenedores do pacote: https://cran.r-project.org/web/packages/neuralnet/index.html Greetings, -- Thiago V. dos Santos PhD studentLand and Atmospheric ScienceUniversity of Minnesota On Monday, February 8, 2016 6:56 AM, Leonard de Assis <[email protected]> wrote: <!--#yiv2394202994 _filtered #yiv2394202994 {font-family:"Cambria Math";panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;} _filtered #yiv2394202994 {font-family:Calibri;panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}#yiv2394202994 #yiv2394202994 p.yiv2394202994MsoNormal, #yiv2394202994 li.yiv2394202994MsoNormal, #yiv2394202994 div.yiv2394202994MsoNormal {margin:0cm;margin-bottom:.0001pt;font-size:11.0pt;font-family:"Calibri", sans-serif;}#yiv2394202994 a:link, #yiv2394202994 span.yiv2394202994MsoHyperlink {color:#0563C1;text-decoration:underline;}#yiv2394202994 a:visited, #yiv2394202994 span.yiv2394202994MsoHyperlinkFollowed {color:#954F72;text-decoration:underline;}#yiv2394202994 span.yiv2394202994EstiloDeEmail17 {font-family:"Calibri", sans-serif;color:windowtext;}#yiv2394202994 .yiv2394202994MsoChpDefault {font-family:"Calibri", sans-serif;} _filtered #yiv2394202994 {margin:70.85pt 3.0cm 70.85pt 3.0cm;}#yiv2394202994 div.yiv2394202994WordSection1 {}-->Bom dia a todos Eu estava (na verdade, ainda estou) com um problema no pacote neuralnet. O fato é que se descobriu que o problema é bug do pacote, a pergunta então fica: como devo fazer para reportar este problema? _______________________________________________ R-br mailing list [email protected] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne� c�igo m�imo reproduz�el. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/f9835033/attachment-0001.html> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: não disponível Tipo: image/png Tamanho: 7861 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/f9835033/attachment-0001.png> ------------------------------ Message: 2 Date: Mon, 8 Feb 2016 12:14:38 -0300 From: Éder Comunello <[email protected]> To: ASANTOS <[email protected]> Cc: "[email protected]" <[email protected]> Subject: Re: [R-br] Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame Message-ID: <cabmc8gnhfswfszpumokw-e563hrqy1mqgpzmnycz52-nojb...@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Alexandre, bom dia! Fiz apenas uma pequena alteração indicada no código. ### <code r> require(raster) require(sp) # RasterLayer inventado r <- raster(nrows=10, ncols=10) r <- setValues(r, 1:ncell(r)) plot(r) band2<- as(r, 'SpatialGridDataFrame') ### transforma em SpatialGridDataFrame ##Função para conversão DN para radiância - LISS III --------------------------- radconvL<-function(x, band = 2) { Lmax <- switch(as.character(band), "2" = 120.64, "3" = 151.31, "4" = 157.57, "5" = 69.03, NA) if (is.na(Lmax)) stop("invalid band") Lmin = 0 Qmax = 127 x <- as.vector(as.matrix(x)) results <- band2 ### <==== alterado aqui!!! x <- Lmin + ((Lmax-Lmin)*x)/Qmax if (class(results) == "SpatialGridDataFrame") results@data[, 1] <- x else if (is.data.frame(x)) results <- data.frame(matrix(x, nrow = nrow(results), ncol = ncol(results))) else results <- x print(paste(band, Lmax)) print(results) results } ######-- teste2<-radconvL(band2, band = 2) spplot(teste2) teste3<-radconvL(band2, band = 3) teste1<-radconvL(band2, band = 1) ### </code> ================================================ Éder Comunello PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/09d04cf3/attachment-0001.html> ------------------------------ Message: 3 Date: Mon, 8 Feb 2016 13:53:55 -0300 From: Éder Comunello <[email protected]> To: "[email protected]" <[email protected]> Subject: Re: [R-br] Número máximo de variáveis Message-ID: <CABmC8gmDnz4f0E2FdoQ=c7_hyf7ab4gigvzr2fmn5j2fri2...@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Alexandre, boa tarde! Acredito que o que esteja dando problemas não é o número de colunas, mas sim o tamanho dos objetos. Verifique com memory.size() antes da operação e veja se há espaço suficiente para alocar object.size() do último objeto. Pra funcionar, além de quantidade, é necessário que o espaço de memória esteja em um bloco de endereço contínuo. Abaixo fiz um teste com cbind, trabalhando com 1000x mais colunas e rodou legal. Só que o tamanho dos objetos é pequeno... ### <code r> n <- c(30, 217, 181, 4123, 3439) n <- n*1000 for (i in 1:5) assign(letters[i], t(cbind(rnorm(n[i]), runif(n[i])))) ls() # [1] "a" "b" "c" "d" "e" "i" "n" for (i in 1:5) print(object.size(get(letters[i])), units="Mb") # 0.5 Mb # 3.3 Mb # 2.8 Mb # 62.9 Mb # 52.5 Mb x <- cbind(a, b, c, d, e) str(x) # num [1:2, 1:7990000] 0.675 0.15 -0.979 0.681 -0.944 ... print(object.size(x), units="Mb") # 121.9 Mb gc() ### </code> ================================================ Éder Comunello PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] Em 7 de fevereiro de 2016 14:12, Alexandre Loures < [email protected]> escreveu: > Boa tarde pessoal! > > Estou tentando fazer um cbind em cinco objetos (a, b, c, d, e). Porém no > último (fiz separado para ter certeza quando apareceria o erro) aparece a > seguinte mensagem de erro: > > Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 2.0 Mb > > Tenho a seguinte quantidade de variáveis em cada um dos objetos: > > a = 30 > b = 217 > c = 181 > d = 4123 > e = 3439 > > Total = 7990 > > Minha dúvida é: há limite de variáveis no R e por isso está reportando o > erro supracitado. > > > Desde já muito obrigado! > > > -- > *Alexandre Rodrigues Loures* > Doutorando em Economia Aplicada > Universidade Federal da Paraíba - UFPB > Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA > Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE > Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge > [image: orcid] www.orcid.org/0000-0002-1288-0135 > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [email protected] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/93ba6dcb/attachment-0001.html> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: iD icon.gif Tipo: image/gif Tamanho: 1221 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/93ba6dcb/attachment-0001.gif> ------------------------------ Message: 4 Date: Mon, 8 Feb 2016 17:36:23 -0300 From: ASANTOS <[email protected]> To: [email protected] Cc: "[email protected]" <[email protected]> Subject: Re: [R-br] Função com vários if e else if que não é SpatialGridDataFrame [RESOLVIDO] Message-ID: <[email protected]> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed" Muito obrigado Éder, funcionou perfeitamente!!!!!! Também tem outra alteração que resolve o meu problema e aumenta a velocidade de processamento, uma vez que tenho rasters muito grandes, sendo: radconvL <- function(x, band = 2) { Lmax <- switch(band, "2" = 120.64, "3" = 151.31, "4" = 157.57, "5" = 69.03, NA) if (is.na(Lmax)) stop("invalid band") Lmin = 0 Qmax = 127 setValues(x, Lmin + ((Lmax-Lmin)*values(x))/Qmax) } library(raster) b <- brick(system.file("external/rlogo.grd", package="raster")) test <- radconvL(b[[2]], band = 2) Abraços, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:[email protected] [email protected] Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722 Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10 LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635 ====================================================================== Em 08/02/2016 12:14, Éder Comunello escreveu: > Alexandre, bom dia! > > Fiz apenas uma pequena alteração indicada no código. > > ### <code r> > require(raster) > require(sp) > > # RasterLayer inventado > r <- raster(nrows=10, ncols=10) > r <- setValues(r, 1:ncell(r)) > plot(r) > > band2<- as(r, 'SpatialGridDataFrame') ### transforma em > SpatialGridDataFrame > > > ##Função para conversão DN para radiância - LISS III > --------------------------- > radconvL<-function(x, band = 2) > { > Lmax <- switch(as.character(band), > "2" = 120.64, > "3" = 151.31, > "4" = 157.57, > "5" = 69.03, > NA) > > if (is.na <http://is.na>(Lmax)) stop("invalid band") > > Lmin = 0 > Qmax = 127 > x <- as.vector(as.matrix(x)) > results <- band2 ### <==== alterado aqui!!! > > x <- Lmin + ((Lmax-Lmin)*x)/Qmax > if (class(results) == "SpatialGridDataFrame") > results@data[, 1] <- x > else if (is.data.frame(x)) > results <- data.frame(matrix(x, nrow = nrow(results), > ncol = ncol(results))) > else results <- x > print(paste(band, Lmax)) > print(results) > results > } > ######-- > > teste2<-radconvL(band2, band = 2) > spplot(teste2) > > teste3<-radconvL(band2, band = 3) > teste1<-radconvL(band2, band = 1) > > ### </code> > > > > > ================================================ > Éder Comunello > PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) > Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) > Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] > > > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/319620ad/attachment-0001.html> ------------------------------ Message: 5 Date: Mon, 8 Feb 2016 20:03:47 -0300 From: Alexandre Loures <[email protected]> To: [email protected], [email protected] Subject: Re: [R-br] Número máximo de variáveis Message-ID: <[email protected]> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed" Boa noite Éder! Muito obrigado pelo retorno! Meus objetos possuem: 72.7 Mb 455.6 Mb 382.4 Mb 8401.1 Mb 7009.7 Mb Mas defini o uso da memória em 36Gb. Logo não estou entendo porque não consigo fazer o cbind dos cinco objetos. Em 08/02/2016 13:53, Éder Comunello escreveu: > Alexandre, boa tarde! > > Acredito que o que esteja dando problemas não é o número de colunas, > mas sim o tamanho dos objetos. Verifique com memory.size() antes da > operação e veja se há espaço suficiente para alocar object.size() do > último objeto. Pra funcionar, além de quantidade, é necessário que o > espaço de memória esteja em um bloco de endereço contínuo. > > Abaixo fiz um teste com cbind, trabalhando com 1000x mais colunas e > rodou legal. Só que o tamanho dos objetos é pequeno... > > ### <code r> > n <- c(30, 217, 181, 4123, 3439) > n <- n*1000 > > for (i in 1:5) assign(letters[i], t(cbind(rnorm(n[i]), runif(n[i])))) > ls() # [1] "a" "b" "c" "d" "e" "i" "n" > > for (i in 1:5) print(object.size(get(letters[i])), units="Mb") > # 0.5 Mb > # 3.3 Mb > # 2.8 Mb > # 62.9 Mb > # 52.5 Mb > > x <- cbind(a, b, c, d, e) > str(x) > # num [1:2, 1:7990000] 0.675 0.15 -0.979 0.681 -0.944 ... > > print(object.size(x), units="Mb") > # 121.9 Mb > > gc() > ### </code> > > > > > ================================================ > Éder Comunello > PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq) > Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) > Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W] > > > > > Em 7 de fevereiro de 2016 14:12, Alexandre Loures > <[email protected] <mailto:[email protected]>> escreveu: > > Boa tarde pessoal! > > Estou tentando fazer um cbind em cinco objetos (a, b, c, d, e). > Porém no último (fiz separado para ter certeza quando apareceria o > erro) aparece a seguinte mensagem de erro: > > Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 2.0 Mb > > Tenho a seguinte quantidade de variáveis em cada um dos objetos: > > a = 30 > b = 217 > c = 181 > d = 4123 > e = 3439 > > Total = 7990 > > Minha dúvida é: há limite de variáveis no R e por isso está > reportando o erro supracitado. > > > Desde já muito obrigado! > > > -- > *Alexandre Rodrigues Loures* > Doutorando em Economia Aplicada > Universidade Federal da Paraíba - UFPB > Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA > Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE > Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge <http://www.ccsa.ufpb.br/ppge> > orcid www.orcid.org/0000-0002-1288-0135 > <http://www.orcid.org/0000-0002-1288-0135> > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [email protected] <mailto:[email protected]> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e > forneça código mínimo reproduzível. > > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [email protected] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo > m�nimo reproduz�vel. -- *Alexandre Rodrigues Loures* Doutorando em Economia Aplicada Universidade Federal da Paraíba - UFPB Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge orcid www.orcid.org/0000-0002-1288-0135 -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/2b057d21/attachment-0001.html> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: não disponível Tipo: image/gif Tamanho: 1221 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/2b057d21/attachment-0002.gif> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: iD icon.gif Tipo: image/gif Tamanho: 1221 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160208/2b057d21/attachment-0003.gif> ------------------------------ Message: 6 Date: Tue, 9 Feb 2016 10:33:43 -0200 From: Leonard Assis <[email protected]> To: "Thiago V. dos Santos" <[email protected]>, [email protected] Subject: Re: [R-br] Bug report Message-ID: <caeg0fk8cg0h+4u5zys0uazg3hcg+w6gqagdpwcxtf8-shgj...@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" É bug Já até sei como corrige (e já corrigi nos fontes deles). É um erro louco no plot.nn que não gera o plot no rmarkdown Em 8 de fev de 2016 12:42 PM, "Thiago V. dos Santos" < [email protected]> escreveu: > Se você já tem certeza que é bug, o primeiro passo que eu daria seria > contatar os autores e/ou mantenedores do pacote: > https://cran.r-project.org/web/packages/neuralnet/index.html > > Greetings, > -- Thiago V. dos Santos > > PhD student > Land and Atmospheric Science > University of Minnesota > > > On Monday, February 8, 2016 6:56 AM, Leonard de Assis < > [email protected]> wrote: > > > Bom dia a todos > > Eu estava (na verdade, ainda estou) com um problema no pacote neuralnet. > > O fato é que se descobriu que o problema é bug do pacote, a pergunta então > fica: como devo fazer para reportar este problema? > > > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [email protected] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne� c�igo > m�imo reproduz�el. > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [email protected] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. > -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160209/133a879d/attachment-0001.html> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: não disponível Tipo: image/png Tamanho: 7861 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160209/133a879d/attachment-0001.png> ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list [email protected] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 62, assunto 9 ****************************************
_______________________________________________ R-br mailing list [email protected] https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
