Jackson, Eu tenho bastante experiência com ACP no R, tanto usando as funções do pacote base, como o do FactoMiner e ADE, mas não do vegan, e portanto minha observação pode ser incorreta:
Você parece estar misturando duas soluções de produção de gráficos do R, o vegan usa o lattice e você quer que ele use um objeto que define cores do plotrix. Examinando seu CMR eu consegui fazer algo que *creio* seja o que você deseja desta forma: > plot(test.pca,display="sites", cex=1, type="none",scaling=-3) > points(test.pca,display="sites", cex=1, scaling=-3, col=agecol) Não consigo interpretar o resultado para ver se as cores fazem sentido 🤔. . . HTH -- Cesar Rabak 2016-05-24 11:42 GMT-03:00 Jackson Rodrigues <[email protected]>: > Oi pessoal, > > Eu preciso fazer um PCA que varie as cores em função dos anos. O mais > antigo em vermelho e a medida que chega as datas mais recentes vai ficando > roxo (uma escala de cor). > > eu tenho esse exemplo hipotético. > > mat5 <- matrix(rnorm(2000), ,4) # minha matriz > mat5 > ages<-seq(1, 50000, by = 100) #idades > ages > > library(plotrix) > agecol<-color.scale(ages,extremes=c("purple","red")) # encaixando a escala > de cor nas idades > > rownames(mat5) <- c(seq ) # fazendo as idades os nomes da linhas da matriz > > library("vegan") > test.pca<-rda(mat5) # calculando componentes principais > plot(test.pca,display="sites", cex=1, type="p",scaling=-3) # plotando > componentes princiapais. > > O problema é: Como fazer os pontos do gráfico ficarem coloridos como > estabelecido em " agecol<-color.scale(ages,extremes=c("purple","red")) " > > Agradeço desde já a ajuda > > Abraços > Jackson > > _______________________________________________ > R-br mailing list > [email protected] > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. >
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