Adriele, O mais fácil, na minha experiência, é usar a abordagem doBy + multcomp. O pacote doBy fornece matrizes para estimar as médias de mínimos quadrados. O pacote multcomp possui recursos para aplicação de testes de comparações múltiplas. Veja o exemplo abaixo. NOTA: o pacote multcomp não faz teste de Tukey. Por experiência, a correção da multiplicidade pelo método (default) single-step produz resultados muito parecidos com o Tukey. Outra opção que gosto é o FDR (false discovery rate).
http://leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/geneticaEsalq/script05.html O pacote agricolae permite fazer teste de Tukey para um DIC com número não igual de repetições. Ele usa a média harmônica do número de repetições para chegar a uma única DMS. É uma aproximação, por isso que prefiro a abordagem multcomp. Além do mais, a multcomp pode ser utilizada para comparações múltiplas em classes mais gerais de modelo, como GLM e LMM. À disposição. Walmes.
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