Hola Elkin. No se si es exactamente lo que buscas, pero te cuento lo que yo 
hago.primero pinto la primera ajustando el eje 'y' al valor maximo de las dos 
series, pero no pinto los ejes. Pinto la segunda, y despues  pinto el eje de la 
primera en el margen izquierdo y el de la segunda en el margen derecho. 
Algo asi:
x <- round(runif(100,0,.5),2)
y <- round(runif(100, .5,1),2)

plot(x,ylim=c(0,max(c(max(x),max(y)))), type = 'l', axes = FALSE)
lines(y, col='dodgerblue')
axis(1)
axis(2,at=c(0,median(x),max(x)))
axis(4, at=c(min(y),median(y), max(y)), col = 'dodgerblue') Si se solapan 
demasiado y quieres separarlas un poco para que se mas claro (depende la 
variabilidad y complejidad de las series) puedes corregirlo sumando una 
constante a la mayor (esta constante la decides a ojo), y corriges  las 
etiquetas de valores de los ejes con dicha constante


x <- round(runif(100,0,.5),2)
y <- round(runif(100, .3,.7),2)

## con solapado
plot(x,ylim=c(0,max(c(max(x),max(y)))), type = 'l', axes = FALSE)
lines(y, col='dodgerblue')
axis(1)
axis(2,at=c(0,median(x), max(x)))
axis(4, at=c(round(min(y),2),round(mean(y),2), round(max(y),2)), col = 
'dodgerblue')

## reduccion del solapado (sumo un valor constante de .2 en este caso)
plot(x,ylim=c(0,max(c(max(x),max(y))) + .2), type = 'l', axes = FALSE)
lines(y+.2, col='dodgerblue')
axis(1)
axis(2,at=c(0,median(x), max(x)))
axis(4, at=.2 +c(min(y),mean(y), max(y)),labels=c(min(y),mean(y),max(y)), col = 
'dodgerblue')
SaludosFer


    El Sábado 25 de junio de 2016 2:09, Elkin Tabares <elkintabar...@gmail.com> 
escribió:
 

 Buenas Tardes,

Deseo representar dos gráficos de series de tiempo en un mismo gráfico,
utilizo

plot(x)
par(new=T)
plot(y)

Sin embargo, los ejes verticales manejan diferentes tamaños, mi pregunta es
cómo
puede hacer utilizando un eje diferente para cada serie pero que me queden
en el mismo gráfico, muchas gracias.

Saludos,
-- 
Elkin Tabares Orozco
Economista
Universidad de Antioquia
Cel:3017226361

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