Hola, Yesica,
Tienes 24 categorias en "variety" y si no me equivoco tienes unos 200 y pico
casos. Ademas tienes otros 3 factores. Puede ser que no llegues ni a 10 casos
por casilla del producto cartesiano de todos esos factores.
Con ello considero que no tienes potencia suficiente para calcular Tukey, date
cuenta que Tukey hace *todas* las comparaciones por pares ("pairwise"),
imaginate la combinatoria.
Por lo que te dice el anova efectivamente yo apostaria por que hay diferencias
entre "varieties" pero con ese diseño no puedes verificar entre que
*subconjuntos* hay diferencias, con pairwise (Tukey es relativamente poco
conservador, hay seguro variaciones más liberales, pero aun así el problema es
la gran cantidad de varieties).
Una alternativa es planificar comparaciones "a priori", esto es, no todas las
varieties contra todas, sino siguiendo alguna hipotesis, subgrupos contra
subgrupos. Esto no es complicado, busca en google "a priori comparisons anova"
seguro que encontraras informacion relevante.
Esto espero que te ayude sobre la primera pregunta. Sobre las otras:
Claro que puedes confiar en esa p de la F "omnibus", pero como suele suceder
con el analisis de experimentos, la clave esta en el diseño. En este caso no es
incongruencia, es que es un diseño quizas muy complicado para el numero de
casos que has incorporado.
Sobre como hacerlo (uf hace mucho tiempo que no hago analisis de experimentos)
he encontrado esto:
http://www.unh.edu/halelab/BIOL933/Labs/Lab4.pdf<http://www.unh.edu/halelab/BIOL933/Labs/Lab4.pdf>
Saludos!
Pedro
El 20/02/2018 a las 15:07,
r-help-es-requ...@r-project.org<mailto:r-help-es-requ...@r-project.org>
escribió:
Message: 1
Date: Tue, 20 Feb 2018 13:48:35 +0100
From: Yesica Pallavicini Fernandez
<yesipa...@gmail.com><mailto:yesipa...@gmail.com>
To: r-help-es@r-project.org<mailto:r-help-es@r-project.org>
Subject: [R-es] Incongruencias entre ANOVA y comparación por pares
Message-ID:
<cad11z9xyhhjph9pjmuqb2noxkz34b1g0yorka105tixeosh...@mail.gmail.com><mailto:cad11z9xyhhjph9pjmuqb2noxkz34b1g0yorka105tixeosh...@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Hola, he hecho una anova con su posterior comparación de Tukey pero me da
un resultado incongruente.
Mientras la ANOVA me dice que SI hay diferencias significativas entre
variedades ( resaltado en amarillos), la comparación me da todo en la misma
letra ( lo que significa que no hay diferencias).
Yo esperaba al menos que 1 variedad sea diferente.
Ya he revisado los datos y están bien.
He realizado los mismos análisis con otros datos y las variedades me dan
diferentes entre si.
¿A que se puede deber esta incongruencia?
¿Se puede confiar en el P-valor de este análisis?
¿Me recomiendan alguna otra funcion/librería para este análisis)
Gracias
summary(Za<-aov(yield~variety*treat*Y+rep,z))
Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)
variety 23 30.7 1.3 2.396 0.000680 ***
treat 1 753.8 753.8 1354.597 < 2e-16 ***
Y 1 392.6 392.6 705.634 < 2e-16 ***
rep 1 6.1 6.1 10.894 0.001151 **
variety:treat 23 31.1 1.4 2.432 0.000553 ***
variety:Y 23 26.9 1.2 2.101 0.003570 **
treat:Y 1 14.8 14.8 26.608 6.21e-07 ***
variety:treat:Y 23 13.2 0.6 1.030 0.429382
Residuals 191 106.3 0.6
---
Signif. codes:
0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
out<-HSD.test(Za,"variety", group=TRUE,console=TRUE)
yield groups
Avispa 7.447222 a
Pelayo 7.446759 a
Regallo 7.423611 a
Olivadur 7.395833 a
Martinur 7.345833 a
Iride 7.315278 a
Amilcar 7.303241 a
Gallareta 7.223611 a
Ramirez 7.127315 a
Sula 6.983796 a
Sculptur 6.983449 a
Claudio 6.971759 a
Simeto 6.910648 a
Bolo 6.907407 a
Vitron 6.896759 a
Bolido 6.878704 a
Mexa 6.804630 a
D.Pedro 6.779630 a
Dorondon 6.724537 a
D.Ricardo 6.656019 a
Burgos 6.582870 a
Tussur 6.529514 a
D.Sebastian 6.412500 a
Kiko.Nick 6.374074 a
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Pedro Concejero
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