Gràcies Albert. No coneixía l´aplicació web de RAMI. Està prou be. Com que volía integrar el procés en unes simulacions a R, utilitzaré el script que ha enviat Steve Kembel, però està be conèixer altres aplicacions (fins i tot perque és de codi lliure i sempre és útil).
Gràcies de nou Miguel At 01:07 PM 11/15/2012, Albert Barberán wrote: >You might want to take a look at this: ><http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/25/6/736.full>http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/25/6/736.full >Hope it helps! >_____________________________ >Albert Barberán > >CEAB-CSIC >Accés Cala St. Francesc, 14 >17300 Blanes, SPAIN >Tel+34 972 336101 >Fax+34 972 337806 ><http://nodens.ceab.csic.es/ecogenomics>http://nodens.ceab.csic.es/ecogenomics > > >El 15/11/2012, a las 12:57, Miguel Verdu escribió: > >>Dear list members: >> >>I want to perform a mothur-like OTU-based >>approach, but based on phylogenetic instead of >>DNA sequence distances. Is there any way to >>cluster tips of a tree into OTUs determined by >>a threshold of phylogenetic distances?. In >>other words, I want to collapse all the tips >>connected with distances less than X into the same OTUs. >> >> >>Thanks in advance >> >>Miguel Verdú >> >> >> >> >>*************************************************************** >>Centro de Investigaciones sobre Desertificacion -CIDE- >>(CSIC/UV/GV) >>Carretera Moncada - Náquera, Km. 4,5 >>46113 Moncada (Valencia) >>Spain >>Tel +34 96 3424204 >>Fax +34 96 3424160 >><http://www.uv.es/verducam>http://www.uv.es/verducam >> >>_______________________________________________ >>R-sig-phylo mailing list >>R-sig-phylo@r-project.org >>https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-phylo *************************************************************** Centro de Investigaciones sobre Desertificacion -CIDE- (CSIC/UV/GV) Carretera Moncada - Náquera, Km. 4,5 46113 Moncada (Valencia) Spain Tel +34 96 3424204 Fax +34 96 3424160 http://www.uv.es/verducam *************************************************************** [[alternative HTML version deleted]]
_______________________________________________ R-sig-phylo mailing list R-sig-phylo@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-phylo
