Hi, I need to process a number of sd files containing peptides with rdkit. Using the SDMolSupplier, I get the following error message when trying to read in (some of) my peptides:
****
Pre-condition Violation
atom bookmark not found
Violation occurred on line 195 in file
/home/conda/feedstock_root/build_artifacts/rdkit_1557999846784/work/Code/GraphMol/ROMol.cpp
Failed Expression: d_atomBookmarks.count(mark) != 0
****
[17:10:58] Unexpected error hit on line 36
[17:10:58] ERROR: moving to the begining of the next molecule
I traced this to "M SAP" records in my input file - is there a way to tell
rdkit to ignore these records? A temporary workaround is to preprocess the
sdfiles and remove these lines, but there might be a time I need this info, so
Im hesitant to throw it away.
I have attached an example dipeptide, GA.sdf; following the code snippet I used:
from rdkit import Chem
sdfile = '/home/foxt/AG.sdf'
suppl = Chem.SDMolSupplier(sdfile)
for mol in suppl:
if mol is None:
continue
molblock = Chem.MolToMolBlock(mol)
print(molblock)
Any ideas? Is this a feature? Or is this sth simply not implemented?
Best,
Th.
Mit freundlichen Grüßen / Kind regards,
Dr. Thomas Fox
Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG
Medicinal Chemistry
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