Thomas -
It looks like SubstanceGroups aren't currently creatable from Python - only
copyable:
from rdkit import Chem
m = Chem.MolFromSmiles('C')
Chem.SubstanceGroup(m, 'Dat')
---------------------------------------------------------------------------
RuntimeError Traceback (most recent call
last)
<ipython-input-5-4df1b91b3393> in <module>
----> 1 Chem.SubstanceGroup(m, 'Dat')
RuntimeError: This class cannot be instantiated from Python
I have some example code where we, for example, add bracket coordinates to
an existing sgroup in Python if that would be helpful.
dan nealschneider | senior staff developer
*he/him/his*
[image: Schrödinger, Inc.] <https://schrodinger.com/>
On Tue, May 24, 2022 at 1:42 PM <thomas....@boehringer-ingelheim.com> wrote:
> Hi,
>
>
>
> how would I get the SGroups information into a ROMol so that this is
> output when I write the ROMol to a SDFile?
>
> I have seen the SubstanceGroup class, but haven’t found any example how to
> use this in a python context.
>
>
>
> Thanks,
>
> Th.
>
> Mit freundlichen Grüßen / Kind regards,
> Dr. Thomas Fox
>
> Boehringer Ingelheim Pharma GmbH & Co. KG
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> <thomas....@boehringer-ingelheim.com>
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