Opa, obrigado mesmo, de nada adianta pedir ajuda e a pessoa resolver o problema 
para você, é melhor que a pessoa indique o caminho certo, 
assim você aprende a fazer.

Você, Breno esta me ajudando não a desenvolver esse script mas sim aprender 
como ser pratico, simples e usar boas praticas em qualquer script que eu possa 
desenvolver.

Esse programa ja havia sido feito pelo meu ex-orientador (ele é biomedico) a um 
ano atraz, ele gastou 270 linhas de codigo, e o pior que criava 4 arquivos 
temporarios antes de criar o output, pensa no consumo de memoria...
Eu não sou mais orientando dele mas participo do projeto ainda, e acho o 
programa dele feio e lento, por isso resolvi refazer, mais como passa tempo, e 
para ajudar quando tiver que usar denovo.
E estou aprendendo muita coisa com isso.

Se não for ser muito chato, como faço para seguir a forma abaixo:

> 2) trocar de abordagem, fazendo seu parser ler linha a linha (sem
> modificar $/) e ir acumulando as linhas até encontrar um símbolo que
> indique nova entrada.

seria algo do tipo:

while (<$fh>){
if(/primeira linha/){
print $_;
}
elsif (/ultima linha/){
#sair do loop
}
else {
print $_
}
}

> Date: Sat, 24 Nov 2012 00:34:43 -0200
> From: br...@rio.pm.org
> To: rio-pm@pm.org
> Subject: Re: [Rio-pm] Comparação de arquivos
> 
> 2012/11/23 Aureliano Guedes <guedes_1...@hotmail.com>:
> > Breno, valeu mesmo por mais dicas preciosas, dessa ultima forma que me falou
> > foi bem mais facil codar. A logica foi super-simples mas não fui capaz de
> > pensar nisso sozinho.
> >
> > Mais ainda estou com um problema e uma duvida.
> >
> > - devido o $/ o print não esta saindo completo, vem faltando parte do
> > documento, justamente o valor de $/. Como resolver isso?
> >
> 
> Várias formas diferentes. Seguem duas de exemplo:
> 
> 1) concatenar $/ ao final da sua string na hora de atribuir;
> 2) trocar de abordagem, fazendo seu parser ler linha a linha (sem
> modificar $/) e ir acumulando as linhas até encontrar um símbolo que
> indique nova entrada. Eu prefiro essa abordagem pq facilita (pra mim)
> a compreensão e ajuda (para todos) a alteração/extensão futura do seu
> parser, caso vc queira em algum momento separar os valores de cada
> registro em subgrupos, por exemplo.
> 
> Note ainda que, se for possivel interagir com os dados dos programas
> internos mais diretamente (por exemplo, através de wrappers de alguma
> API) em vez de analisando essa saída, você provavelmente conseguirá
> mais flexibilidade na leitura e interpretação dos dados de saida.
> 
> > - Não entendo o que você quer dizer com "testar o valor de retorno de
> > funções como open()"?
> >
> 
> Funções que acessam o sistema de arquivos tem uma propensão muito
> maior em falhar, por motivos como muitos arquivos abertos, erro de
> disco, arquivo não encontrado, só pra citar alguns. Digamos, por
> exemplo, que você faça:
> 
>   open my $fh, '<', 'miranda.txt';
>   while (my $linha = <$fh>) {
>      print $linha;
>   }
>   close $fh;
> 
> E se vc rodar o programa de um diretório errado e, por isso, ele não
> achar o 'miranda.txt'? Você não vai receber nenhuma resposta (porque
> está ignorando o valor de retorno da open()), seu programa vai
> continuar rodando como se nada tivesse acontecido, e operações com o
> handle vão falhar silenciosamente. Por isso escrevemos:
> 
>   open my $fh, '<', 'miranda.txt' or die $!;
> 
> o "or die" testa o valor de retorno da função open(). Se open() falhou
> ao abrir o arquivo, ela retorna undef e registra o erro na variável
> especial $!. O que o "or die" está fazendo é: "rode o open() ou, se o
> open() falhar, morra exibindo a mensagem em $!". Entendeu?
> 
> A maioria das pessoas bota o "or die" pelo menos depois de um open(),
> mas a verdade é que várias outras funções podem falhar sem vc ficar
> sabendo. Por isso o ideal é vc testar o valor de retorno de todas as
> funções, em especial as que envolvem I/O. Mas convenhamos, isso é
> chatíssimo. Já pensou fazer "print $fh q{lalala} or die 'erro
> escrevendo em arquivo'" cada vez que for fazer um print? Quando vc usa
> o pragma autodie, ele muda essas funções para que elas gerem excessões
> fatais caso falhem, de modo que tudo que vc precisa fazer é escrever:
> 
>    use autodie;
> 
> no início do seu programa e não se preocupar mais. A partir daí, não
> precisa botar "or die" nenhum. Sempre que a função falhar (seja
> open(), close(), print() e várias outras) ela vai gerar uma exceção
> fatal imediatamente, exibindo qual foi o erro encontrado e em qual
> linha. Isso ajuda muito a identificar casos extremos e evita que o seu
> programa continue a execução em um estado inconsistente.
> 
> Como dizem os Klingons:
> 
> bIlujDI' yIchegh()Qo'; yIHegh()!
> (it is better to die() than to return() in failure)
> 
> 
> Mais detalhes sobre o problema e sobre o autodie =>
> http://perltraining.com.au/tips/2008-08-20.html
> 
> > Em fim segue o codigo: http://pastebin.com/KH2bAGWU
> >
> 
> Eu faria ainda uma mudança imediata: remover as globais. Em vez de ter :
> 
> my %h = ();
> my %m = ();
> 
> lá em cima, é melhor fazer, dentro da sua main:
> 
> my %h = hybrid();
> my %m = miranda();
> 
> Isso compartimentaliza e isola as suas variáveis, que agora só estarão
> definidas no bloco que de fato as utiliza. Se o seu programa crescer,
> vc não vai precisar se preocupar com globais acumulando e facilitando
> problemas de ação à distância.
> 
> > Desconcidere o seu modulo Data::Printer, usei ele para testar o hash e
> > esqueci de tirar do codigo depois, XD. (Otimo modulo).
> >
> 
> Que bom que gostou =)
> 
> []s
> 
> -b
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