Оно реестр читает. Сколько раз уже говорили -- multi-instancing работает только при установке вручную и без instreg-а!!!
Блин что ж вы натворили?Т.е. оно смотрит DefaultInstance и потом ищет там конфигурационный файл не зависимо от клиентской либы и читает оттудова порт по умолчанию?