[Bioc-devel] Collision with generic function "seed" in DelayedArray.
Dear all,
Users of our package report an error every now and then when running NMF [1].
The error looks like this:
Error: NMF::nmf - 100/100 fit(s) threw an error.
# Error(s) thrown:
- run #1: unused arguments (model = list(model = "NMFstd", rank = 5, target =
0), method = "random")
Which is similar to the issue posted here:
https://github.com/renozao/NMF/issues/85
It seems both DelayedArray and NMF set a generic function for "seed".
To reproduce the problem, we can do this:
library(NMF) # sets generic for 'seed'.
library(DelayedArray) # overrides generic for 'seed'.
nmf(...)
We call the function "nmf" inside our package (MutationalPatterns). Should we
therefore add the following to our code?:
orig_seed <- getGeneric("seed")
setGeneric("seed", NMF::seed)
nmf(...)
setGeneric("seed", orig_seed)
.. just to eliminate the potential problem of having the wrong "seed" generic?
Or could we avoid the collision in DelayedArray by using a different name than
"seed"?
Thanks for your time.
Kind regards,
Roel Janssen
[1]: https://cran.r-project.org/web/packages/NMF/index.html
--
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
--
This message may contain confidential information and is...{{dropped:11}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
Re: [Bioc-devel] Build failing for MutationalPatterns
Dear Martin, Martin writes: > On 11/29/2017 11:14 AM, Janssen-10, R.R.E. wrote: >> Hi Martin, >> >> Thanks for your reply! >> >> Martin Morgan writes: >> >>> On 11/29/2017 09:58 AM, Janssen-10, R.R.E. wrote: >>>> Dear Bioconductor, >>>> >>>> The build for MutationalPatterns has been failing for a week. The exact >>>> same code built fine, because the last commit ups the version number to >>>> 1.4.1, which is the version that is available on Bioconductor. >>>> >>>> I also cannot reproduce the error with the code from upstream on my >>>> computer. What can we do about this to fix the build on your >>>> infrastructure? >>> >>> I reproduced this on my linux laptop, installing the package and then >>> running >>> >>>MutationalPatterns/vignettes master$ Rdev CMD Sweave --pdf >>> Introduction_to_MutationalPatterns.Rnw >>> >>> The key to reproducibility is using the same software as the build >>> system -- currently, R-devel and Bioc-devel with current packages >>> >>>$ Rdev -e "BiocInstaller::biocVersion()" # 3.7 >>>$ Rdev -e "BiocInstaller::isDevel()" # TRUE >>>$ Rdev -e "BiocInstaller::biocValid()" # TRUE >>> >>> and to be sure that you're running in a clean checkout of your package, >>> e.g., by cloning into tmp >>> >>>$ cd /tmp >>>$ git clone https://git.bioconductor.org/packages/MutationalPatterns >> >> >> Apparently, I need to use a version of R that hasn't been released yet: >> >> $ R >> R version 3.4.2 (2017-09-28) -- "Short Summer" >> ... >>> library(BiocInstaller) >> Bioconductor version 3.6 (BiocInstaller 1.28.0), ?biocLite for help >>> useDevel() >> Error: 'devel' version requires a more recent R >> >> It seems that R version 3.4.3 is going to be released tomorrow, so I'll wait >> for that. > >> Thanks for verifying that this error can be reproduced. > > For the current Bioconductor cycle, we are using the 'devel' version of > R, see > > http://bioconductor.org/developers/how-to/useDevel/ > > The 'devel' version of R is always available, e.g., after clicking > through to your operating system of choice at > https://cran.r-project.org/bin/ and looking for something along the > lines of r-devel snapshot. Thanks. I have Ubuntu "xenial", for which I installed "r-base-dev" following the instructions here: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ sudo apt-get install r-base-dev This provides R 3.4.2, from which I cannot use the devel stuff. I then upgraded GNU Guix's R to 3.4.3, but from there I also cannot use the devel stuff from Bioconductor. I attached the dependency graph for that R environment, including the dependencies for MutationalPatterns. So, I tested this in a container with the attached dependency graph, and I still receive the same error: Error: 'devel' version requires a more recent R On R 3.4.3 I cannot reproduce the issue, so I suspect it's how our package integrates with Bioconductor 3.7. Is there a complete guide to get the development version up and running? Also, should packages in Bioconductor release 3.6 be built with the development version of R? Thank you for your time. Kind regards, Roel Janssen -- De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W. (Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197. Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt. -- This message may contain confidential information and is intended exclusively for the addressee. If you receive this message unintentionally, please do not use the contents but notify the sender immediately by return e-mail. University Medical Center Utrecht is a legal person by public law and is registered at the Chamber of Commerce for Midden-Nederland under no. 30244197. Please consider the environment before printing this e-mail. r-mutationalpatterns.pdf Description: r-mutationalpatterns.pdf ___ Bioc-devel@r-project.org mailing list https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
[Bioc-devel] Cannot push to master branch
Dear Bioconductor team,
I cannot push to the master branch of our package (MutationalPatterns).
$ git push origin master
fatal: remote error: FATAL: W any packages/MutationalPatterns nobody DENIED by
fallthru
(or you mis-spelled the reponame)
$ git remote -v
origin https://git.bioconductor.org/packages/MutationalPatterns.git (fetch)
origin https://git.bioconductor.org/packages/MutationalPatterns.git (push)
What's wrong?
Kind regards,
Roel Janssen
--
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
--
This message may contain confidential information and is...{{dropped:11}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
Re: [Bioc-devel] Change in BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
Hello Hervé,
> Hi,
>
> On 07/30/2017 03:28 AM, Janssen-10, R.R.E. wrote:
>> Hello,
>>
>> So, are you absolutely sure nothing has changed in this package?
>
> All I'm saying it that version 1.4.0 of this package has not changed
> since it was first made on May 13, 2014. Before version 1.4.0, we had
> version 1.3.1000. Of course things have changed in the package between
> version 1.3.1000 and version 1.4.0. IIRC what changed is the way the
> chromosome sequences are stored on disk (in 2bit format since version
> 1.4.0, used to be something else).
>
>> I can still reproduce the hash mismatch.
>>
>> In GNU Guix, the SHA256 hash is computed when the tarball is downloaded by
>> the person who adds or changes the package. So at some point, the tarball
>> was different (at least to to package maintainer).
>
> Not necessarily. What if the original SHA256 hash got computed on a
> corrupted tarball?
>
>>
>> The MD5 hashes you provided are the *current* hashes and does not say
>> anything about the history of these files.
>
> Note that they are the "current" hashes of tarballs that belong to
> versions of Bioconductor that have been frozen for years (every 6
> months we release a new BioC version and freeze the previous one).
>
>> What is their last modification date?
>
> webadmin@ip-172-30-4-20:/extra/www/bioc/packages$ ls -l
> 3.*/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
> -rw-r--r-- 1 webadmin webadmin 688190187 May 13 2014
> 3.0/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
> -rw-r--r-- 1 webadmin webadmin 688190187 Apr 15 2015
> 3.1/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
> -rw-r--r-- 1 webadmin webadmin 688190187 Oct 26 2015
> 3.2/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
> -rw-r--r-- 1 webadmin webadmin 688190187 Oct 13 2015
> 3.3/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
> -rw-r--r-- 1 webadmin webadmin 688190187 Oct 13 2015
> 3.4/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
> -rw-r--r-- 1 webadmin webadmin 688190187 Oct 13 2015
> 3.5/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
> -rw-r--r-- 1 webadmin webadmin 688190187 Oct 13 2015
> 3.6/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
>
> Futhermore, all these tarballs are copies of a tarball I generated
> in 2014 on a server at the Fred Hutch called rhino3. I just went on
> this server and the original tarball is still there:
>
>hpages@rhino3:~/BSgenomeForge/forged/1.4.0$ ls -l
> BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
> -rw-r--r-- 1 hpages g_hpages 688190187 May 13 2014
> BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
>
> As you can see, it's from May 13, 2014. Its M5 hash is:
>
>hpages@rhino3:~/BSgenomeForge/forged/1.4.0$ md5sum
> BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
> 672a988b28d8602afb2bd5595db7303b BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
>
> Same hash as in my previous email.
>
> I hope that's enough evidence that this tarball has never
> changed on our side.
>
> Cheers,
> H.
Yes it is. Thanks!
Kind regards,
Roel Janssen
--
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
--
This message may contain confidential information and is...{{dropped:11}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
Re: [Bioc-devel] Change in BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
Hello,
So, are you absolutely sure nothing has changed in this package?
I can still reproduce the hash mismatch.
In GNU Guix, the SHA256 hash is computed when the tarball is downloaded by the
person who adds or changes the package. So at some point, the tarball was
different (at least to to package maintainer).
The MD5 hashes you provided are the *current* hashes and does not say anything
about the history of these files.
What is their last modification date?
Thanks!
Kind regards,
Roel Janssen
From: Hervé Pagès [hpa...@fredhutch.org]
Sent: Sunday, July 23, 2017 7:44 PM
To: Vincent Carey; Janssen-10, R.R.E.
Cc: bioc-devel@r-project.org
Subject: Re: [Bioc-devel] Change in BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
Hi,
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz was added to Bioconductor
in BioC 3.0 and has not changed since then. At least not on
master.bioconductor.org. These are the MD5 hashes of the tarball
for each version of BioC on master.bioconductor.org:
ubuntu@ip-172-30-4-20:/extra/www/bioc/packages$ md5sum
3.*/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
672a988b28d8602afb2bd5595db7303b
3.0/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
672a988b28d8602afb2bd5595db7303b
3.1/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
672a988b28d8602afb2bd5595db7303b
3.2/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
672a988b28d8602afb2bd5595db7303b
3.3/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
672a988b28d8602afb2bd5595db7303b
3.4/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
672a988b28d8602afb2bd5595db7303b
3.5/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
672a988b28d8602afb2bd5595db7303b
3.6/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
Cheers,
H.
On 07/23/2017 04:31 AM, Vincent Carey wrote:
> I can't reproduce this. Did you get
>
> 688,190,187
>
> bytes in your tar.gz? Could it be an incomplete transfer?
>
> On Sat, Jul 22, 2017 at 5:47 PM, Janssen-10, R.R.E. <
> r.r.e.janssen...@umcutrecht.nl> wrote:
>
>> Hello,
>>
>> It seems that the tarball BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz has
>> changed, without a change in version:
>>
>> From
>> https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.bioconductor.org_packages_release_data_=DwICAg=eRAMFD45gAfqt84VtBcfhQ=BK7q3XeAvimeWdGbWY_wJYbW0WYiZvSXAJJKaaPhzWA=sS7Y9rGFRoKmYrCl4y_IWoYFjj7HImCxWm4hYXClAZc=_ruyoTPdHqKb8FyuBLOAVMyZk_8tT1Wc8evh6fGTY2Y=
>> annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz...
>> ...SC.hg19_1.4.0.tar.gz 656.3MiB 5.6MiB/s 01:58 []
>> 100.0%
>> sha256 hash mismatch for output path `/gnu/store/
>> ml0l7hbplvnxssjcgbwzi8cnmcmnsypi-BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz'
>>expected: 0479qx4bapgcp5chj10a63chk0s28x9cx1gamz3f5m3yd7jzwcf2
>>actual: 1y0nqpk8cw5a34sd9hmin3z4v7iqm6hf6l22cl81vlbxqbjibxc8
>>
>> What has changed here, and why hasn't the version number been updated
>> accordingly?
>>
>> Kind regards,
>> Roel Janssen
>>
>>
>>
>> --
>>
>> De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
>> uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
>> ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender
>> direct
>> te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
>> Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de
>> W.H.W.
>> (Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd
>> bij
>> de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
>>
>> Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
>>
>>
>> --
>>
>> This message may contain confidential information and ...{{dropped:10}}
>
> ___
> Bioc-devel@r-project.org mailing list
> https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__stat.ethz.ch_mailman_listinfo_bioc-2Ddevel=DwICAg=eRAMFD45gAfqt84VtBcfhQ=BK7q3XeAvimeWdGbWY_wJYbW0WYiZvSXAJJKaaPhzWA=sS7Y9rGFRoKmYrCl4y_IWoYFjj7HImCxWm4hYXClAZc=VAOo3_yUcI0tg8a9YHMRgdGGea0c4p-P1VB45WIMONk=
>
--
Hervé Pagès
Program in Computational Biology
Division of Public Health Sciences
Fred Hutchinson Cancer Research Center
1100 Fairview Ave. N, M1-B514
P.O. Box 19024
Seattle, WA 98109-1024
E-mail: hpa...@fredhutch.org
Phone: (206) 667-5791
Fax:(206) 667-1319
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
[Bioc-devel] Change in BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz
Hello,
It seems that the tarball BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz has changed,
without a change in version:
>From
>http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/src/contrib/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz...
...SC.hg19_1.4.0.tar.gz 656.3MiB 5.6MiB/s 01:58 [] 100.0%
sha256 hash mismatch for output path
`/gnu/store/ml0l7hbplvnxssjcgbwzi8cnmcmnsypi-BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19_1.4.0.tar.gz'
expected: 0479qx4bapgcp5chj10a63chk0s28x9cx1gamz3f5m3yd7jzwcf2
actual: 1y0nqpk8cw5a34sd9hmin3z4v7iqm6hf6l22cl81vlbxqbjibxc8
What has changed here, and why hasn't the version number been updated
accordingly?
Kind regards,
Roel Janssen
--
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
--
This message may contain confidential information and is...{{dropped:14}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
Re: [Bioc-devel] Build problem with malbec2
Dear Valerie,
Could we maybe do a manual build for the package, so that the bugfixed version
can be propagated to users?
Kind regards,
Roel Janssen
From: Bioc-devel [bioc-devel-boun...@r-project.org] on behalf of Janssen-10,
R.R.E. [r.r.e.janssen...@umcutrecht.nl]
Sent: Monday, May 15, 2017 3:06 PM
To: Michael Lawrence; bioc-devel@r-project.org
Subject: Re: [Bioc-devel] Build problem with malbec2
Dear Michael,
Do you have any indication on when we can expect the fix?
This is currently keeping Linux users from getting our latest bugfixed version.
Kind regards,
Roel Janssen
From: Bioc-devel [bioc-devel-boun...@r-project.org] on behalf of Janssen-10,
R.R.E. [r.r.e.janssen...@umcutrecht.nl]
Sent: Wednesday, May 10, 2017 3:33 PM
To: Obenchain, Valerie; bioc-devel@r-project.org
Cc: Michael Lawrence
Subject: Re: [Bioc-devel] Build problem with malbec2
Dear Valerie,
Ok. And thanks Michael, for working on a fix.
Kind regards,
Roel Janssen
From: Obenchain, Valerie [valerie.obench...@roswellpark.org]
>
> Hi Roel,
>
> Looks like the problem is in rtracklayer (also red on the release build
> report). I think Michael is aware of this and a fix will be coming soon.
>
> Valerie
> On 05/10/2017 02:23 AM, Janssen-10, R.R.E. wrote:
>> Dear Bioconductorians,
>>
>> Is there something wrong with malbec2, or is there something broken in our
>> package?
>>
>> See the build report:
>> http://bioconductor.org/checkResults/release/bioc-LATEST/MutationalPatterns/malbec2-buildsrc.html
>>
>> Kind regards,
>> Roel Janssen
--
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
--
This message may contain confidential information and is...{{dropped:6}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
Re: [Bioc-devel] Build problem with malbec2
Dear Michael,
Do you have any indication on when we can expect the fix?
This is currently keeping Linux users from getting our latest bugfixed version.
Kind regards,
Roel Janssen
From: Bioc-devel [bioc-devel-boun...@r-project.org] on behalf of Janssen-10,
R.R.E. [r.r.e.janssen...@umcutrecht.nl]
Sent: Wednesday, May 10, 2017 3:33 PM
To: Obenchain, Valerie; bioc-devel@r-project.org
Cc: Michael Lawrence
Subject: Re: [Bioc-devel] Build problem with malbec2
Dear Valerie,
Ok. And thanks Michael, for working on a fix.
Kind regards,
Roel Janssen
From: Obenchain, Valerie [valerie.obench...@roswellpark.org]
>
> Hi Roel,
>
> Looks like the problem is in rtracklayer (also red on the release build
> report). I think Michael is aware of this and a fix will be coming soon.
>
> Valerie
> On 05/10/2017 02:23 AM, Janssen-10, R.R.E. wrote:
>> Dear Bioconductorians,
>>
>> Is there something wrong with malbec2, or is there something broken in our
>> package?
>>
>> See the build report:
>> http://bioconductor.org/checkResults/release/bioc-LATEST/MutationalPatterns/malbec2-buildsrc.html
>>
>> Kind regards,
>> Roel Janssen
--
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
--
This message may contain confidential information and is...{{dropped:7}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
Re: [Bioc-devel] Build problem with malbec2
Dear Valerie,
Ok. And thanks Michael, for working on a fix.
Kind regards,
Roel Janssen
From: Obenchain, Valerie [valerie.obench...@roswellpark.org]
>
> Hi Roel,
>
> Looks like the problem is in rtracklayer (also red on the release build
> report). I think Michael is aware of this and a fix will be coming soon.
>
> Valerie
> On 05/10/2017 02:23 AM, Janssen-10, R.R.E. wrote:
>> Dear Bioconductorians,
>>
>> Is there something wrong with malbec2, or is there something broken in our
>> package?
>>
>> See the build report:
>> http://bioconductor.org/checkResults/release/bioc-LATEST/MutationalPatterns/malbec2-buildsrc.html
>>
>> Kind regards,
>> Roel Janssen
--
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
--
This message may contain confidential information and is...{{dropped:11}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
[Bioc-devel] Build problem with malbec2
Dear Bioconductorians,
Is there something wrong with malbec2, or is there something broken in our
package?
See the build report:
http://bioconductor.org/checkResults/release/bioc-LATEST/MutationalPatterns/malbec2-buildsrc.html
Kind regards,
Roel Janssen
--
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
--
This message may contain confidential information and is...{{dropped:11}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
[Bioc-devel] Applying bugfixes to both 3.5 release branch and devel branch
Dear Bioconductor developers,
What's the proper way of applying bugfixes to both the 3.5 release branch and
the devel branch?
Should I simply commit the same things twice?
Kind regards,
Roel Janssen
--
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
--
This message may contain confidential information and is...{{dropped:11}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
[Bioc-devel] Missing tarballs for DelayedArray
Dear Bioconductor team,
It seems that the download links for the package source of 'DelayedArray' are
missing. See:
https://bioconductor.org/packages/3.5/bioc/html/DelayedArray.html
The link:
https://bioconductor.org/packages/3.5/bioc/src/contrib/DelayedArray_0.1.11.tar.gz
Seems broken.
Kind regards,
Roel Janssen
--
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
--
This message may contain confidential information and is...{{dropped:11}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
Re: [Bioc-devel] Bioconductor 3.5 release: potential deprecations
Dear Valerie,
We're working on MutationalPatterns as you can see (we've had our last changes
pushed into the SVN repository just two days ago).
Due to the timezone differences between Europe and the US, we seem to be
missing out the starting point of a new build round.
So, at which time do you start a new build round? We have the fixes in place
to address the build issues.
There seems to be a difference between the R setup on your build machines and
ours, which leads to differences in the tests. They all pass on our machines,
so it's hard for us to debug this in a timely manner.
Thanks!
Kind regards,
Roel Janssen
From: Bioc-devel [bioc-devel-boun...@r-project.org] on behalf of Obenchain,
Valerie [valerie.obench...@roswellpark.org]
Sent: Wednesday, April 19, 2017 9:19 PM
To: bioc-devel@r-project.org
Subject: [Bioc-devel] Bioconductor 3.5 release: potential deprecations
Hi,
Due to errors / unresponsive maintainers this new group of packages has
been identified for potential deprecation in Biocondcutor 3.5.
anamiR
FunChiP
MutationalPatterns
seqplots
snm
ssviz
stepwiseCM
ToPASeq
If anyone is interested in taking over as maintainer please let us know.
If not fixed by Friday, April 21, these will be deprecated in 3.5.
Valerie
This email message may contain legally privileged and/or confidential
information. If you are not the intended recipient(s), or the employee or
agent responsible for the delivery of this message to the intended
recipient(s), you are hereby notified that any disclosure, copying,
distribution, or use of this email message is prohibited. If you have received
this message in error, please notify the sender immediately by e-mail and
delete this email message from your computer. Thank you.
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
--
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
--
This message may contain confidential information and is...{{dropped:11}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
Re: [Bioc-devel] Using LaTeX packages in vignettes
Obenchain, Valerie writes:
> Hi,
>
> On 03/30/2017 03:20 AM, Janssen-10, R.R.E. wrote:
>> Hello all,
>>
>> We wrote our vignette in Sweave/LaTeX, and I am running into a problem with
>> citing to other papers.
>> I would like to use the APA style of citing which looks like: "Determine the
>> optimal factorization rank using the
>> NMF package (Gaujoux and Seoighe, 2010). ..."
>>
>> Now, to achieve that, I could use the package "apacite", but I wonder
>> whether it's available on the build nodes of
>> Bioconductor, and whether it's desired to choose our own citation style.
>> Can we choose our own citation style in
>> vignettes? And if so, is "apacite" available on the build infrastructure of
>> Bioconductor?
>
> apacite is included in TeXLive which is on the build machines.
>
> Valerie
Thanks! There's one problem left now. I think the Bioconductor theme sets the
\bibliographystyle to "unsrt". I would like to add the following to my
vignette:
> \usepackage[natbibapa]{apacite}
> \bibliographystyle{apacite}
The problem is that there can only be a single \bibliographystyle definition in
the TeX file:
> Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet, :
> Running 'texi2dvi' on 'Introduction_to_MutationalPatterns.tex' failed.
> BibTeX errors:
> The top-level auxiliary file: Introduction_to_MutationalPatterns.aux
> The style file: apacite.bst
> Illegal, another \bibstyle command---line 20 of file
> Introduction_to_MutationalPatterns.aux
> : \bibstyle
> :
> {/gnu/store/87z400wdxx9ii0h2nfi8864wl0c3vsaq-r-biocstyle-2.2.1/site-library/BiocStyle/resources/tex/unsrturl}
Do you know how I can get around this?
Thanks for your time.
Kind regards,
Roel Janssen
--
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
--
This message may contain confidential information and is...{{dropped:11}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
[Bioc-devel] Using LaTeX packages in vignettes
Hello all,
We wrote our vignette in Sweave/LaTeX, and I am running into a problem with
citing to other papers.
I would like to use the APA style of citing which looks like: "Determine the
optimal factorization rank using the NMF package (Gaujoux and Seoighe, 2010).
..."
Now, to achieve that, I could use the package "apacite", but I wonder whether
it's available on the build nodes of Bioconductor, and whether it's desired to
choose our own citation style. Can we choose our own citation style in
vignettes? And if so, is "apacite" available on the build infrastructure of
Bioconductor?
Thanks!
Kind regards,
Roel Janssen
--
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
--
This message may contain confidential information and is...{{dropped:11}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
[Bioc-devel] Build warnings on moscato1
Dear list,
The automated building of our package on Windows seems to yield a warning I
don't think I can resolve (see [1]).
The relevant error is:
Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) :
there is no package called 'digest'
Error: package 'pkgmaker' could not be loaded
Execution halted
Is there anything I should do in our package, or can someone look at the R
configuration at moscato1?
Thanks for your time.
Kind regards,
Roel Janssen
[1]
http://bioconductor.org/spb_reports/MutationalPatterns_buildreport_20160923111254.html
--
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
--
This message may contain confidential information and is...{{dropped:11}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
Re: [Bioc-devel] Package submission deadline
On Monday, September 26, 2016 12:46 PM, Martin Morgan wrote:
> On 09/26/2016 06:13 AM, Janssen-10, R.R.E. wrote:
>> Hi all,
>>
>> We have a package that is currently under review for inclusion, and
>> on the release schedule page [1] the deadline for package submissions
>> is today.
>>
>> Does this mean that packages that are currently under review are not
>> going to be included in the 3.4 release?
> every effort will be made to include packages currently under review in
> the 3.4 release. Packages contributed after the deadline may not be
> included in the 3.4 release.
Ok, thanks for the quick and encouraging reply.
--
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
--
This message may contain confidential information and is...{{dropped:11}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
