[Bioc-devel] Using LaTeX packages in vignettes
Hello all,
We wrote our vignette in Sweave/LaTeX, and I am running into a problem with
citing to other papers.
I would like to use the APA style of citing which looks like: "Determine the
optimal factorization rank using the NMF package (Gaujoux and Seoighe, 2010).
..."
Now, to achieve that, I could use the package "apacite", but I wonder whether
it's available on the build nodes of Bioconductor, and whether it's desired to
choose our own citation style. Can we choose our own citation style in
vignettes? And if so, is "apacite" available on the build infrastructure of
Bioconductor?
Thanks!
Kind regards,
Roel Janssen
--
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
--
This message may contain confidential information and is...{{dropped:11}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
Re: [Bioc-devel] Using LaTeX packages in vignettes
Hi,
On 03/30/2017 03:20 AM, Janssen-10, R.R.E. wrote:
> Hello all,
>
> We wrote our vignette in Sweave/LaTeX, and I am running into a problem with
> citing to other papers.
> I would like to use the APA style of citing which looks like: "Determine the
> optimal factorization rank using the NMF package (Gaujoux and Seoighe, 2010).
> ..."
>
> Now, to achieve that, I could use the package "apacite", but I wonder whether
> it's available on the build nodes of Bioconductor, and whether it's desired
> to choose our own citation style. Can we choose our own citation style in
> vignettes? And if so, is "apacite" available on the build infrastructure of
> Bioconductor?
apacite is included in TeXLive which is on the build machines.
Valerie
>
> Thanks!
>
> Kind regards,
> Roel Janssen
>
> --
>
> De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
> uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
> ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
> te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
> Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de
> W.H.W.
> (Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
> de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
>
> Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
>
> --
>
> This message may contain confidential information and ...{{dropped:18}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
Re: [Bioc-devel] Using LaTeX packages in vignettes
Obenchain, Valerie writes:
> Hi,
>
> On 03/30/2017 03:20 AM, Janssen-10, R.R.E. wrote:
>> Hello all,
>>
>> We wrote our vignette in Sweave/LaTeX, and I am running into a problem with
>> citing to other papers.
>> I would like to use the APA style of citing which looks like: "Determine the
>> optimal factorization rank using the
>> NMF package (Gaujoux and Seoighe, 2010). ..."
>>
>> Now, to achieve that, I could use the package "apacite", but I wonder
>> whether it's available on the build nodes of
>> Bioconductor, and whether it's desired to choose our own citation style.
>> Can we choose our own citation style in
>> vignettes? And if so, is "apacite" available on the build infrastructure of
>> Bioconductor?
>
> apacite is included in TeXLive which is on the build machines.
>
> Valerie
Thanks! There's one problem left now. I think the Bioconductor theme sets the
\bibliographystyle to "unsrt". I would like to add the following to my
vignette:
> \usepackage[natbibapa]{apacite}
> \bibliographystyle{apacite}
The problem is that there can only be a single \bibliographystyle definition in
the TeX file:
> Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet = quiet, :
> Running 'texi2dvi' on 'Introduction_to_MutationalPatterns.tex' failed.
> BibTeX errors:
> The top-level auxiliary file: Introduction_to_MutationalPatterns.aux
> The style file: apacite.bst
> Illegal, another \bibstyle command---line 20 of file
> Introduction_to_MutationalPatterns.aux
> : \bibstyle
> :
> {/gnu/store/87z400wdxx9ii0h2nfi8864wl0c3vsaq-r-biocstyle-2.2.1/site-library/BiocStyle/resources/tex/unsrturl}
Do you know how I can get around this?
Thanks for your time.
Kind regards,
Roel Janssen
--
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W.
(Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij
de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
--
This message may contain confidential information and is...{{dropped:11}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
Re: [Bioc-devel] Using LaTeX packages in vignettes
Dear Roel,
to override the default \bibliographystyle{unsrt} use
`BiocStyle::latex(use.unsrturl=FALSE)` as documented in ?BiocStyle::latex
Best, Andrzej
On Mon, Apr 3, 2017 at 2:29 PM, Janssen-10, R.R.E. <
r.r.e.janssen...@umcutrecht.nl> wrote:
> Obenchain, Valerie writes:
> > Hi,
> >
> > On 03/30/2017 03:20 AM, Janssen-10, R.R.E. wrote:
> >> Hello all,
> >>
> >> We wrote our vignette in Sweave/LaTeX, and I am running into a problem
> with citing to other papers.
> >> I would like to use the APA style of citing which looks like:
> "Determine the optimal factorization rank using the
> >> NMF package (Gaujoux and Seoighe, 2010). ..."
> >>
> >> Now, to achieve that, I could use the package "apacite", but I wonder
> whether it's available on the build nodes of
> >> Bioconductor, and whether it's desired to choose our own citation
> style. Can we choose our own citation style in
> >> vignettes? And if so, is "apacite" available on the build
> infrastructure of Bioconductor?
> >
> > apacite is included in TeXLive which is on the build machines.
> >
> > Valerie
>
> Thanks! There's one problem left now. I think the Bioconductor theme
> sets the \bibliographystyle to "unsrt". I would like to add the following
> to my vignette:
> > \usepackage[natbibapa]{apacite}
> > \bibliographystyle{apacite}
>
> The problem is that there can only be a single \bibliographystyle
> definition in the TeX file:
> > Error in texi2dvi(file = file, pdf = TRUE, clean = clean, quiet =
> quiet, :
> > Running 'texi2dvi' on 'Introduction_to_MutationalPatterns.tex' failed.
> > BibTeX errors:
> > The top-level auxiliary file: Introduction_to_MutationalPatterns.aux
> > The style file: apacite.bst
> > Illegal, another \bibstyle command---line 20 of file Introduction_to_
> MutationalPatterns.aux
> > : \bibstyle
> > : {/gnu/store/87z400wdxx9ii0h2nfi8864wl0c3vs
> aq-r-biocstyle-2.2.1/site-library/BiocStyle/resources/tex/unsrturl}
>
> Do you know how I can get around this?
>
> Thanks for your time.
>
> Kind regards,
> Roel Janssen
>
>
> --
>
> De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
> uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
> ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender
> direct
> te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
> Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de
> W.H.W.
> (Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd
> bij
> de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
>
> Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
>
>
> --
>
> This message may contain confidential information and ...{{dropped:10}}
___
Bioc-devel@r-project.org mailing list
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioc-devel
