Re: Aeskulap. Linux w medycynie.
2009/2/3 Jacek Kawa : > Jak podają anonimowe źródła, przepowiedziano, że Krzysztof Zubik napisze: > > [...] >> > Jestem studentem medycyny. Gdybym umiał programować, zająłbym się tym >> > programem. >> > >> > Czy ktoś z Was chce lub zna kogoś żeby pomóc ruszać dalej ten projekt? >> > >> > http://aeskulap.nongnu.org/participate.html >> > >> > np. eksport obrazów do jpeg byłby bardzo przydatny, opcja drukowania >> > czy też odczytywanie płyt cd >> > >> > >> > Piszę, bo może macie jakiegoś znajomego/znajomą np Fizyce Medycznej, >> > albo macie znajomych w jakimś kółku naukowym. Jeśli tak, to przekażcie >> > im informacje, że taki projekt open-source czeka na rozruszanie. > >> Co do detali ja wiele nie pomoge, gdyz medycyna, to nie moja dziedzina. >> Jednakze wiem, ze kilku lekarzy i studentow medycyny jest tez w >> innych grupkach linuxowych i przekaze ta wiadomosc. > > [...] >> One podaja wiele ciekawostek. O Aesculapie wiecej pod >> http://www.google.pl/linux?hl=pl&q=Aeskulap&btnG=Szukaj&lr=lang_pl >> O formacie DICOM (teraz dowiedzialem sie, ze taki tez istnieje) i jak >> okazalo sie, ze i o innych narzedziach do jego obslugi i prawdopodobnie >> tez do >> jego przetwarzania na inne formaty wiec to czego chciales pod >> http://www.google.pl/linux?hl=pl&q=DICOM&btnG=Szukaj&lr=lang_pl > > > Co do DICOMu - to akurat więcej niż format plików z obrazami: > to cały standard dotyczący transmisji i składowania (co dla > niektórych może być ciekawe - standard zorientowany obiektowo > na klasy obiekt - usługa). > > W każdym razie najlepszym, moim zdaniem, _narzędziem_ do robienia > czegokolwiek z DICOMem pod Debianem jest pakiet dcmtk. Następna > w kolejności jest przeglądarka xmedcon + konsolowy medcon oraz > imagemagick. > > 1. dcmtk: jest obsługa między innymi transmisji > w usłudze storage, wyszukiwania i transmisji w usłudze move > (w skrócie: można wysyłać i odbierać obrazy/dane z serwera > dicomowego) + prosty serwer + indeksowanie do dicomdirów + wiele innych. > Dostępne są też odpowiednie biblioteki. > > Bonus: nieoceniony dcmdump, (dzięki któremu udało mi się przyspieszyć > czytanie dicomów, a właściwie dicomdirów, w matlabie jakieś 10x). > > 2. xmedcon: o tyle dobrze, że jest, bo możliwościami jakoś specjalnie > nie zaskakuje (nie jako przeglądarka). Za to razem z bliźniaczym medconem > jest już całkiem przydatnym narzędziem do czytania pre-DICOMów, > anonimizacji czy konwersji. > > 3. imagemagick - wiadomo :) > > >> Dalej przegladajac linki pod >> http://www.mandrivalinux.eu/showthread.php?t=338068&page=2 >> cos o kompilacji Gimp-a, zeby on obslugiwal *.dicom Dalej na drugiej >> stronie >> w googlach jeszcze ciekawszy link http://soft4linux.pl/?cat=18 >> o roznych linuxowych programach graficznych. Ten ostatni >> ImageJ obsluguje m.in *.dicom Coz moze go poprobowac. > > DICOM jako format jest dość specyficzny. W czasie jednego badania może być > generowanych kilka serii. Każda seria to np. 100 pojedynczych obrazów. Obrazy > te > mogą być wciśnięte do jednego pliku albo rozproszone (najczęściej wszystko > jest rozproszone ale zindeksowane w pliku DICOMdir i składane w locie przez > przeglądarki). > Tak czy siak jednak - typowy obiekt dicomowy (zwykle obraz) - będzie zawierał > m.in. dane o pacjencie, badaniu, serii, ułożeniu aparatu (te dane > są różne w zależności od tego, czy to tomograf, czy rezonans, czy USG, ...) > oraz dane obrazowe. Czasami do tego dołączony będzie raport (z aplikacji > przetwarzającej bądź z opisu). > > Same dane obrazowe to od 8 - 12/16 bitów typowo LE lub BE (standard przewiduje > jeszcze dodatkowo bardziej oryginalne kombinacje). Obrazy najczęściej > monochromatyczne (zwykle odcienie szarości). Wyświetlając to trzeba wybrać z > różnych > możliwości odwzorowania wartości piksela -> wartość wyświetlaną i skorzystać z > predefiniowane schematów lub dopiętej do obiektu funkcji przejścia lub > tablicy przejścia/LUT > lub jeszcze jakoś inaczej, w zalezności od tego, co podpowie wyobrażnia. Do > obrazów > mogą być również przypięte parametry okna wyświetlania kontrast + jasność) > oraz cała > masa podobnych danych, których w jpeg się nie uświadczy. > > Po prostu DICOM próbuje ujednolicić operacje na danych medycznych, > które ze swej natury są bardzo różne. Znajduje to odzwierciedlenie w stopniu > komplikacji oprogramowania (oraz samego standardu). > > ... > Tutaj powinno być więcej, ale zamiast tego zachęcam do spojrzenia na > strony PG (http://medtech.eti.pg.gda.pl). > ... > > REASUMUJĄC: po dłuższym użeraniu się z tym na piechotę prościej > jest jednak skorzystać z przeglądarki DICOMowej dedykowanej tego typu danym > (specjalizacja jest nawet dalsza - oprogramowanie może np. > "rozumieć" obiekty dicome związane z rezonansem magnetycznym, a z > tomografem już nie: patrz formularz zgodności dołączony do każdej > aplikacji/sprzętu). Poleganie tu na gimpie to raczej masochizm. > > Dla chcących się pobawić - http://www.bic.mni.mcgill.ca/brainweb/ -> ściągnąć > dowolny obraz MR gł
Re: Aeskulap. Linux w medycynie.
Jacek Kawa napisał. > Jak podają anonimowe źródła, przepowiedziano, że Krzysztof Zubik napisze: > [...] > Co do DICOMu - to akurat więcej niż format plików z obrazami: > to cały standard dotyczący transmisji i składowania (co dla > niektórych może być ciekawe - standard zorientowany obiektowo > na klasy obiekt - usługa). > > W każdym razie najlepszym, moim zdaniem, _narzędziem_ do robienia > czegokolwiek z DICOMem pod Debianem jest pakiet dcmtk. Następna > w kolejności jest przeglądarka xmedcon + konsolowy medcon oraz > imagemagick. > > 1. dcmtk: jest obsługa między innymi transmisji > w usłudze storage, wyszukiwania i transmisji w usłudze move > (w skrócie: można wysyłać i odbierać obrazy/dane z serwera > dicomowego) + prosty serwer + indeksowanie do dicomdirów + wiele innych. > Dostępne są też odpowiednie biblioteki. > > Bonus: nieoceniony dcmdump, (dzięki któremu udało mi się przyspieszyć > czytanie dicomów, a właściwie dicomdirów, w matlabie jakieś 10x). > > 2. xmedcon: o tyle dobrze, że jest, bo możliwościami jakoś specjalnie > nie zaskakuje (nie jako przeglądarka). Za to razem z bliźniaczym medconem > jest już całkiem przydatnym narzędziem do czytania pre-DICOMów, > anonimizacji czy konwersji. > > 3. imagemagick - wiadomo :) > > > Dalej przegladajac linki pod > > http://www.mandrivalinux.eu/showthread.php?t=338068&page=2 > > cos o kompilacji Gimp-a, zeby on obslugiwal *.dicom Dalej na drugiej > > stronie > > w googlach jeszcze ciekawszy link http://soft4linux.pl/?cat=18 > > o roznych linuxowych programach graficznych. Ten ostatni > > ImageJ obsluguje m.in *.dicom Coz moze go poprobowac. > > DICOM jako format jest dość specyficzny. W czasie jednego badania może być > generowanych kilka serii. Każda seria to np. 100 pojedynczych obrazów. Obrazy > te > mogą być wciśnięte do jednego pliku albo rozproszone (najczęściej wszystko > jest rozproszone ale zindeksowane w pliku DICOMdir i składane w locie przez > przeglądarki). > Tak czy siak jednak - typowy obiekt dicomowy (zwykle obraz) - będzie zawierał > m.in. dane o pacjencie, badaniu, serii, ułożeniu aparatu (te dane > są różne w zależności od tego, czy to tomograf, czy rezonans, czy USG, ...) > oraz dane obrazowe. Czasami do tego dołączony będzie raport (z aplikacji > przetwarzającej bądź z opisu). > > Same dane obrazowe to od 8 - 12/16 bitów typowo LE lub BE (standard przewiduje > jeszcze dodatkowo bardziej oryginalne kombinacje). Obrazy najczęściej > monochromatyczne (zwykle odcienie szarości). Wyświetlając to trzeba wybrać z > różnych > możliwości odwzorowania wartości piksela -> wartość wyświetlaną i skorzystać z > predefiniowane schematów lub dopiętej do obiektu funkcji przejścia lub > tablicy przejścia/LUT > lub jeszcze jakoś inaczej, w zalezności od tego, co podpowie wyobrażnia. Do > obrazów > mogą być również przypięte parametry okna wyświetlania kontrast + jasność) > oraz cała > masa podobnych danych, których w jpeg się nie uświadczy. > > Po prostu DICOM próbuje ujednolicić operacje na danych medycznych, > które ze swej natury są bardzo różne. Znajduje to odzwierciedlenie w stopniu > komplikacji oprogramowania (oraz samego standardu). > > ... > Tutaj powinno być więcej, ale zamiast tego zachęcam do spojrzenia na > strony PG (http://medtech.eti.pg.gda.pl). > ... > > REASUMUJĄC: po dłuższym użeraniu się z tym na piechotę prościej > jest jednak skorzystać z przeglądarki DICOMowej dedykowanej tego typu danym > (specjalizacja jest nawet dalsza - oprogramowanie może np. > "rozumieć" obiekty dicome związane z rezonansem magnetycznym, a z > tomografem już nie: patrz formularz zgodności dołączony do każdej > aplikacji/sprzętu). Poleganie tu na gimpie to raczej masochizm. > > Dla chcących się pobawić - http://www.bic.mni.mcgill.ca/brainweb/ -> ściągnąć > dowolny obraz MR głowy i potraktować dcmdupem, pooglądać w xmedconie itp. > > [ciach] > > Wracając do oprogramowania - na laboratoriach z systemów medycznych > używałem swego czasu CDMedic - dystrybucji stworzonej przez (jeśli pamiętam) > lekarza radiologa na własne potrzeby, a opartej na Debianie. Zawiera > m.in. serwer PACS (DICOMowski serwer obrazów + indeksowanie + logistyka), > różne przeglądarki (w tym nawet jakieś proste rekonstrukcje 3D) itp. > > PS. Co ciekawe na Maca jest dostępna otwartoźródłowa przeglądarka OsiriX > (dla niektórych 8 cud świata; dla innych 7,5). > > PPS. Wspomniany projekt pooglądam, może ktoś będzie się tym > chciał zająć. > Pozdrawiam > Jacek Kawa **Co to znaczy sprzęt plus talent...** Witam. Dziekuje za bardzo ciekawa wypowiedz. Za chwilke przekaze ja kolegom z pozostalych grupek linuxowych. -- Konczac Pozdrawiam. Krzysztof. Registered Linux User: 253243 Powered by Aurox 11.0, Ubuntu Studio 8.04 i Fedora 9.0 Krzysztof Zubik. | kzu...@netglob.com.pl| kzu...@wp.pl http://www.kzubik.cba.pl GaduGadu. 1208376 | Jabber. kzu...@jabber.wp.pl | Skype. kzubik -- To UNSUBSCRIBE, email to debian-us
Re: Gnome 2.24 w Lennym?
On Tue, 03 Feb 2009 20:28:43 +0100 "Michal K." wrote: > Witam. Ktoś orientuje się, dlaczego nie ma Gnome 2.24 w > Lennym? Tak. Jubal -- [ Miroslaw L Baran | jabber id: baran-at-hell-pl | key-id: FC494FC4 | 0101010 ] ''He was a modest, good-humored boy. It was the Medical University that made him insufferable.'' signature.asc Description: PGP signature
Re: Gnome 2.24 w Lennym?
Przepraszam, zamiast maila miało być http://packages.debian.org/experimental/gnome Dnia 2009-02-03, wto o godzinie 22:37 +0100, martinez pisze: > Może dlatego, że jest "dopiero" w experimetalu: > debian-user-polish@lists.debian.org ? > > Pozdrawiam > martinez > > Dnia 2009-02-03, wto o godzinie 20:28 +0100, Michal K. pisze: > > Witam. Ktoś orientuje się, dlaczego nie ma Gnome 2.24 w Lennym? > > > > > > -- To UNSUBSCRIBE, email to debian-user-polish-requ...@lists.debian.org with a subject of "unsubscribe". Trouble? Contact listmas...@lists.debian.org
Re: Gnome 2.24 w Lennym?
Może dlatego, że jest "dopiero" w experimetalu: debian-user-polish@lists.debian.org ? Pozdrawiam martinez Dnia 2009-02-03, wto o godzinie 20:28 +0100, Michal K. pisze: > Witam. Ktoś orientuje się, dlaczego nie ma Gnome 2.24 w Lennym? > > -- To UNSUBSCRIBE, email to debian-user-polish-requ...@lists.debian.org with a subject of "unsubscribe". Trouble? Contact listmas...@lists.debian.org
Gnome 2.24 w Lennym?
Witam. Ktoś orientuje się, dlaczego nie ma Gnome 2.24 w Lennym? -- To UNSUBSCRIBE, email to debian-user-polish-requ...@lists.debian.org with a subject of "unsubscribe". Trouble? Contact listmas...@lists.debian.org
Re: Aeskulap. Linux w medycynie.
Jak podają anonimowe źródła, przepowiedziano, że Krzysztof Zubik napisze: [...] > > Jestem studentem medycyny. Gdybym umiał programować, zająłbym się tym > > programem. > > > > Czy ktoś z Was chce lub zna kogoś żeby pomóc ruszać dalej ten projekt? > > > > http://aeskulap.nongnu.org/participate.html > > > > np. eksport obrazów do jpeg byłby bardzo przydatny, opcja drukowania > > czy też odczytywanie płyt cd > > > > > > Piszę, bo może macie jakiegoś znajomego/znajomą np Fizyce Medycznej, > > albo macie znajomych w jakimś kółku naukowym. Jeśli tak, to przekażcie > > im informacje, że taki projekt open-source czeka na rozruszanie. > Co do detali ja wiele nie pomoge, gdyz medycyna, to nie moja dziedzina. > Jednakze wiem, ze kilku lekarzy i studentow medycyny jest tez w > innych grupkach linuxowych i przekaze ta wiadomosc. [...] > One podaja wiele ciekawostek. O Aesculapie wiecej pod > http://www.google.pl/linux?hl=pl&q=Aeskulap&btnG=Szukaj&lr=lang_pl > O formacie DICOM (teraz dowiedzialem sie, ze taki tez istnieje) i jak > okazalo sie, ze i o innych narzedziach do jego obslugi i prawdopodobnie > tez do > jego przetwarzania na inne formaty wiec to czego chciales pod > http://www.google.pl/linux?hl=pl&q=DICOM&btnG=Szukaj&lr=lang_pl Co do DICOMu - to akurat więcej niż format plików z obrazami: to cały standard dotyczący transmisji i składowania (co dla niektórych może być ciekawe - standard zorientowany obiektowo na klasy obiekt - usługa). W każdym razie najlepszym, moim zdaniem, _narzędziem_ do robienia czegokolwiek z DICOMem pod Debianem jest pakiet dcmtk. Następna w kolejności jest przeglądarka xmedcon + konsolowy medcon oraz imagemagick. 1. dcmtk: jest obsługa między innymi transmisji w usłudze storage, wyszukiwania i transmisji w usłudze move (w skrócie: można wysyłać i odbierać obrazy/dane z serwera dicomowego) + prosty serwer + indeksowanie do dicomdirów + wiele innych. Dostępne są też odpowiednie biblioteki. Bonus: nieoceniony dcmdump, (dzięki któremu udało mi się przyspieszyć czytanie dicomów, a właściwie dicomdirów, w matlabie jakieś 10x). 2. xmedcon: o tyle dobrze, że jest, bo możliwościami jakoś specjalnie nie zaskakuje (nie jako przeglądarka). Za to razem z bliźniaczym medconem jest już całkiem przydatnym narzędziem do czytania pre-DICOMów, anonimizacji czy konwersji. 3. imagemagick - wiadomo :) > Dalej przegladajac linki pod > http://www.mandrivalinux.eu/showthread.php?t=338068&page=2 > cos o kompilacji Gimp-a, zeby on obslugiwal *.dicom Dalej na drugiej > stronie > w googlach jeszcze ciekawszy link http://soft4linux.pl/?cat=18 > o roznych linuxowych programach graficznych. Ten ostatni > ImageJ obsluguje m.in *.dicom Coz moze go poprobowac. DICOM jako format jest dość specyficzny. W czasie jednego badania może być generowanych kilka serii. Każda seria to np. 100 pojedynczych obrazów. Obrazy te mogą być wciśnięte do jednego pliku albo rozproszone (najczęściej wszystko jest rozproszone ale zindeksowane w pliku DICOMdir i składane w locie przez przeglądarki). Tak czy siak jednak - typowy obiekt dicomowy (zwykle obraz) - będzie zawierał m.in. dane o pacjencie, badaniu, serii, ułożeniu aparatu (te dane są różne w zależności od tego, czy to tomograf, czy rezonans, czy USG, ...) oraz dane obrazowe. Czasami do tego dołączony będzie raport (z aplikacji przetwarzającej bądź z opisu). Same dane obrazowe to od 8 - 12/16 bitów typowo LE lub BE (standard przewiduje jeszcze dodatkowo bardziej oryginalne kombinacje). Obrazy najczęściej monochromatyczne (zwykle odcienie szarości). Wyświetlając to trzeba wybrać z różnych możliwości odwzorowania wartości piksela -> wartość wyświetlaną i skorzystać z predefiniowane schematów lub dopiętej do obiektu funkcji przejścia lub tablicy przejścia/LUT lub jeszcze jakoś inaczej, w zalezności od tego, co podpowie wyobrażnia. Do obrazów mogą być również przypięte parametry okna wyświetlania kontrast + jasność) oraz cała masa podobnych danych, których w jpeg się nie uświadczy. Po prostu DICOM próbuje ujednolicić operacje na danych medycznych, które ze swej natury są bardzo różne. Znajduje to odzwierciedlenie w stopniu komplikacji oprogramowania (oraz samego standardu). ... Tutaj powinno być więcej, ale zamiast tego zachęcam do spojrzenia na strony PG (http://medtech.eti.pg.gda.pl). ... REASUMUJĄC: po dłuższym użeraniu się z tym na piechotę prościej jest jednak skorzystać z przeglądarki DICOMowej dedykowanej tego typu danym (specjalizacja jest nawet dalsza - oprogramowanie może np. "rozumieć" obiekty dicome związane z rezonansem magnetycznym, a z tomografem już nie: patrz formularz zgodności dołączony do każdej aplikacji/sprzętu). Poleganie tu na gimpie to raczej masochizm. Dla chcących się pobawić - http://www.bic.mni.mcgill.ca/brainweb/ -> ściągnąć dowolny obraz MR głowy i potraktować dcmdupem, pooglądać w xmedconie itp. [ciach] Wracając do oprogramowania - na laboratoriach z systemów medycznych używałem swego czasu CDMedic - dystrybucji s
Re: NFS maska tworzonych plików
W dniu 3 lutego 2009 13:50 użytkownik Jaroslaw Bylina < jmbyl...@hektor.umcs.lublin.pl> napisał: > On Tue, Feb 03, 2009 at 01:05:20PM +0100, Paweł Chyl wrote: > > Witam, > > jak mogę ustalić maskę nowo tworzonych plików dla zasobu? Aktualnie jest > > tak, że posiadam zapis i odczyt dla właściciela, natomiast dla grupy > tylko > > odczyt, a chciałbym dla grupy dać jeszcze zapis. > > umask 002 > > > Bo chyba dla NFS jest tak samo jak dla lokalnych... > > > pzdr, > jmb > > PS. man bash, man bash-bultins, man umask :) > > > -- > To UNSUBSCRIBE, email to debian-user-polish-requ...@lists.debian.org > with a subject of "unsubscribe". Trouble? Contact > listmas...@lists.debian.org > > Zdaje się działać. Dzięki. -- Pozdrawiam Paweł Chyl pawel.c...@gmail.com http://www.vcreation.pl
Re: NFS maska tworzonych pl ików
On Tue, Feb 03, 2009 at 01:05:20PM +0100, Paweł Chyl wrote: > Witam, > jak mogę ustalić maskę nowo tworzonych plików dla zasobu? Aktualnie jest > tak, że posiadam zapis i odczyt dla właściciela, natomiast dla grupy tylko > odczyt, a chciałbym dla grupy dać jeszcze zapis. umask 002 Bo chyba dla NFS jest tak samo jak dla lokalnych... pzdr, jmb PS. man bash, man bash-bultins, man umask :) -- To UNSUBSCRIBE, email to debian-user-polish-requ...@lists.debian.org with a subject of "unsubscribe". Trouble? Contact listmas...@lists.debian.org
NFS maska tworzonych plików
Witam, jak mogę ustalić maskę nowo tworzonych plików dla zasobu? Aktualnie jest tak, że posiadam zapis i odczyt dla właściciela, natomiast dla grupy tylko odczyt, a chciałbym dla grupy dać jeszcze zapis. -- Pozdrawiam Paweł Chyl pawel.c...@gmail.com http://www.vcreation.pl
