Bueno, ya lo solucioné, era un error de lo más tonto, que son los más difíciles de encontrar. Al final tenía que cambiar una línea en el Makefine.am que esta en src/exe. La línea que estaba mal era la que ponía: INCLUDE${top_srcdir)}/src/lib Había que poner: INCLUDE${top_builddir)}/src/lib
Con este cambio todo funcionó a la perfección. Hasta luego