Re: [galaxy-dev] Central German Galaxy User Group Meeting 2

2019-01-09 Thread Peters, Kristian 
Hi Matthias,

just want to add that there are also initiatives for a Common Workflow Language 
[1].

Galaxy is also supported and is in alpha-stage (whatever that means).

https://github.com/common-workflow-language/common-workflow-language

Best wishes, *Kristian



On 8. Jan 2019, at 17:59 , Björn Grüning 
mailto:bjoern.gruen...@gmail.com>> wrote:

Hi Kristian,

Am 08.01.19 um 17:40 schrieb Matthias Bernt:
Hi Kristian,
- Die ,  oder  funktionieren nur für ein 
einziges Tool?
Genau.
Wenn man einen ganzen Workflow testen muss, dann kann man das wie machen? Wir 
hatten dazu mal wft4galaxy benutzt, evtl. gibts noch was besseres?
Habe ich selber noch keine Erfahrung mit gemacht.
Kannst zum Beispiel mal bei usegalaxy-eu schauen:
https://github.com/usegalaxy-eu/workflow-testing/blob/master/.travis.yml
https://github.com/usegalaxy-eu/workflow-testing/blob/master/run_galaxy_workflow_tests.sh
 die scheinen planemo zu nutzen.
Waere mal eine passende Frage fuer galaxy-dev@lists.galaxyproject.org ...

Yes, planemo is the way to go I think.

There is some documentation in 
https://galaxyproject.github.io/training-material/topics/contributing/tutorials/create-new-tutorial-technical/tutorial.html#testing-the-workflow-recommended

In https://github.com/usegalaxy-eu/workflow-testing/ you can look at many 
examples. Despite the broken Jenkins server, which is running out of disc-space 
all of these workflows actually passing the tests :)

- Erzeugt PLANEMO sowohl eine Galaxy-XML als auch CONDA-rules?
Nein, nur das Galaxy xml.
- Wenn ich CONDA Regeln erzeuge, wie gelangt das automatisch nach BIOCONTAINER?
Wenn dein recipe in bioconda gemerged wurde wird automatisch ein container mit 
erzeugt .. soweit ich weiss.

Jupp.
https://quay.io/organization/biocontainers

- Hast du schon einmal von der Common Tool Description (CTD) gehört? Damit kann 
man mit einer Tool-Beschreibung Tools für verschiedene Workflow-Systeme 
erzeugen. Weißt du ob das mittlerweile gut funktioniert?
Davon habe ich noch nichts gehoert. Kannst du mir mal einen link schicken - 
taete mich interessieren.

This works for all OpenMS and Seqan tools. It does not produce super-duper 
quality tools, but they tend to work. Matthias, all our OpenMS wrappers are 
generated with that.

Description here:

https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/openms#generating-openms-wrappers

Ciao,
Bjoern

Gruesse,
Matthias
Viele Grüße, *Kristian


On 7. Jan 2019, at 17:46 , Matthias Bernt mailto:m.be...@ufz.de>> wrote:

Hi,

wir werden versuchen zumindest den Vormittag per skype zu uebertragen. Am 
besten einfach mich (mbatle) ab ca 8:45 mal anschreiben.

Gruesse,
Matthias

On 05.01.19 11:50, Peters, Kristian wrote:
Hallo Matthias,
Januar ist bei mir sehr gefüllt und es sind noch ein paar wichtige Sachen oben 
drauf gekommen. Daher hatte ich mich vorsichtshalber nicht in den Doodle 
eingetragen. Vielleicht ist es möglich, per Telefonkonferenz (Hangout, Skype) 
remote teilzunehmen? Das würde mir viel Zeit am Dienstag ersparen.
Viele Grüße, *Kristian
On 4. Jan 2019, at 19:40 , Neumann, Steffen mailto:sneum...@ipb-halle.de> > wrote:

Hi Matthias,

ich habe die Koordination von einem grösseren Antrag geerbt,
und werde daher am Dienstag nicht nach Leipzig kommen können :-(

Kristian hat in den letzten Wochen ebenfalls
an einem Workflow für MetFrag gearbeitet,
zu dem wir bis jetzt PhenoMeNal packaging haben.

Gruss,
Steffen


On Fri, 2019-01-04 at 18:46 +0100, Matthias Bernt wrote:
Dear all,

our meeting (workshop on building Galaxy tools and conda packages)
will
take place next Tuesday (Feb 8th). Below we compiled the most
important
informations for you. Just write an email if you have any further
questions.

We are currently expecting the eight participants who registered
here:
https://dudle.inf.tu-dresden.de/7yxdfay2/. Let me know if you
changed
you plans.

The meeting will take place in the KUBUS (Tagungsbüro 131) at the
UFZ.
How to reach the UFZ is described here:
https://www.ufz.de/index.php?de=34272 The KUBUS is in front of the
UFZ.
So you don't need to enter through the main gate.

Plan:

- We will start at 9:00.
- For the morning we plan to introduce you to the basics of
  - building tools for Galaxy with planemo and
  - building conda packages
- For lunch there is a "Kantine" at the UFZ.
- In order to practice the learned topics we planned to use the
  afternoon as a kind of hackaton where you can (start to) build
  your own Galaxy tool or conda package. We will be there for
questions
  and introduce advanced topics as needed.

  Therefore it would be great if you 'bring' a tool of your choice,
eg
  your own tool for wrapping, this could be e.g. a shell, R, or
python
  script or some software package that can be compiled.

  In case that you don't have an idea we have prepared one or two
  examples.

Important:

Since some of the required software is quite large we would like to
ask you to prepare a few things if

Re: [galaxy-dev] Central German Galaxy User Group Meeting 2

2019-01-08 Thread Björn Grüning 

Hi Kristian,

Am 08.01.19 um 17:40 schrieb Matthias Bernt:

Hi Kristian,

- Die ,  oder  funktionieren nur 
für ein einziges Tool? 


Genau.

Wenn man einen ganzen Workflow testen muss, dann kann man das wie 
machen? Wir hatten dazu mal wft4galaxy benutzt, evtl. gibts noch was 
besseres?


Habe ich selber noch keine Erfahrung mit gemacht.

Kannst zum Beispiel mal bei usegalaxy-eu schauen:

https://github.com/usegalaxy-eu/workflow-testing/blob/master/.travis.yml

https://github.com/usegalaxy-eu/workflow-testing/blob/master/run_galaxy_workflow_tests.sh 



die scheinen planemo zu nutzen.

Waere mal eine passende Frage fuer galaxy-dev@lists.galaxyproject.org ...


Yes, planemo is the way to go I think.

There is some documentation in 
https://galaxyproject.github.io/training-material/topics/contributing/tutorials/create-new-tutorial-technical/tutorial.html#testing-the-workflow-recommended


In https://github.com/usegalaxy-eu/workflow-testing/ you can look at 
many examples. Despite the broken Jenkins server, which is running out 
of disc-space all of these workflows actually passing the tests :)





- Erzeugt PLANEMO sowohl eine Galaxy-XML als auch CONDA-rules?


Nein, nur das Galaxy xml.

- Wenn ich CONDA Regeln erzeuge, wie gelangt das automatisch nach 
BIOCONTAINER?


Wenn dein recipe in bioconda gemerged wurde wird automatisch ein 
container mit erzeugt .. soweit ich weiss.


Jupp.
https://quay.io/organization/biocontainers

- Hast du schon einmal von der Common Tool Description (CTD) gehört? 
Damit kann man mit einer Tool-Beschreibung Tools für verschiedene 
Workflow-Systeme erzeugen. Weißt du ob das mittlerweile gut funktioniert?


Davon habe ich noch nichts gehoert. Kannst du mir mal einen link 
schicken - taete mich interessieren.


This works for all OpenMS and Seqan tools. It does not produce 
super-duper quality tools, but they tend to work. Matthias, all our 
OpenMS wrappers are generated with that.


Description here:

https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/openms#generating-openms-wrappers

Ciao,
Bjoern


Gruesse,
Matthias


Viele Grüße, *Kristian


On 7. Jan 2019, at 17:46 , Matthias Bernt > wrote:


Hi,

wir werden versuchen zumindest den Vormittag per skype zu 
uebertragen. Am besten einfach mich (mbatle) ab ca 8:45 mal anschreiben.


Gruesse,
Matthias

On 05.01.19 11:50, Peters, Kristian wrote:

Hallo Matthias,
Januar ist bei mir sehr gefüllt und es sind noch ein paar wichtige 
Sachen oben drauf gekommen. Daher hatte ich mich vorsichtshalber 
nicht in den Doodle eingetragen. Vielleicht ist es möglich, per 
Telefonkonferenz (Hangout, Skype) remote teilzunehmen? Das würde mir 
viel Zeit am Dienstag ersparen.

Viele Grüße, *Kristian
On 4. Jan 2019, at 19:40 , Neumann, Steffen  > wrote:


Hi Matthias,

ich habe die Koordination von einem grösseren Antrag geerbt,
und werde daher am Dienstag nicht nach Leipzig kommen können :-(

Kristian hat in den letzten Wochen ebenfalls
an einem Workflow für MetFrag gearbeitet,
zu dem wir bis jetzt PhenoMeNal packaging haben.

Gruss,
Steffen


On Fri, 2019-01-04 at 18:46 +0100, Matthias Bernt wrote:

Dear all,

our meeting (workshop on building Galaxy tools and conda packages)
will
take place next Tuesday (Feb 8th). Below we compiled the most
important
informations for you. Just write an email if you have any further
questions.

We are currently expecting the eight participants who registered
here:
https://dudle.inf.tu-dresden.de/7yxdfay2/. Let me know if you
changed
you plans.

The meeting will take place in the KUBUS (Tagungsbüro 131) at the
UFZ.
How to reach the UFZ is described here:
https://www.ufz.de/index.php?de=34272 The KUBUS is in front of the
UFZ.
So you don't need to enter through the main gate.

Plan:

- We will start at 9:00.
- For the morning we plan to introduce you to the basics of
  - building tools for Galaxy with planemo and
  - building conda packages
- For lunch there is a "Kantine" at the UFZ.
- In order to practice the learned topics we planned to use the
  afternoon as a kind of hackaton where you can (start to) build
  your own Galaxy tool or conda package. We will be there for
questions
  and introduce advanced topics as needed.

  Therefore it would be great if you 'bring' a tool of your choice,
eg
  your own tool for wrapping, this could be e.g. a shell, R, or
python
  script or some software package that can be compiled.

  In case that you don't have an idea we have prepared one or two
  examples.

Important:

Since some of the required software is quite large we would like to
ask you to prepare a few things if possible (at least the first
point).

1. You will need a linux command line

If your laptop runs Windows you could install VirtualBox and install
a
linux in this box. Linux images for VirtualBox that are ready to use
are
available, eg.
https://www.osboxes.org/ubuntu/#ubuntu-1804-vbox

2. Download and prepare

Re: [galaxy-dev] Central German Galaxy User Group Meeting 2

2019-01-08 Thread Matthias Bernt 

Hi Kristian,

- Die ,  oder  funktionieren nur für 
ein einziges Tool? 


Genau.

Wenn man einen ganzen Workflow testen muss, dann kann 
man das wie machen? Wir hatten dazu mal wft4galaxy benutzt, evtl. gibts 
noch was besseres?


Habe ich selber noch keine Erfahrung mit gemacht.

Kannst zum Beispiel mal bei usegalaxy-eu schauen:

https://github.com/usegalaxy-eu/workflow-testing/blob/master/.travis.yml

https://github.com/usegalaxy-eu/workflow-testing/blob/master/run_galaxy_workflow_tests.sh

die scheinen planemo zu nutzen.

Waere mal eine passende Frage fuer galaxy-dev@lists.galaxyproject.org ...



- Erzeugt PLANEMO sowohl eine Galaxy-XML als auch CONDA-rules?


Nein, nur das Galaxy xml.

- Wenn ich CONDA Regeln erzeuge, wie gelangt das automatisch nach 
BIOCONTAINER?


Wenn dein recipe in bioconda gemerged wurde wird automatisch ein 
container mit erzeugt .. soweit ich weiss.


- Hast du schon einmal von der Common Tool Description (CTD) gehört? 
Damit kann man mit einer Tool-Beschreibung Tools für verschiedene 
Workflow-Systeme erzeugen. Weißt du ob das mittlerweile gut funktioniert?


Davon habe ich noch nichts gehoert. Kannst du mir mal einen link 
schicken - taete mich interessieren.


Gruesse,
Matthias


Viele Grüße, *Kristian


On 7. Jan 2019, at 17:46 , Matthias Bernt > wrote:


Hi,

wir werden versuchen zumindest den Vormittag per skype zu uebertragen. 
Am besten einfach mich (mbatle) ab ca 8:45 mal anschreiben.


Gruesse,
Matthias

On 05.01.19 11:50, Peters, Kristian wrote:

Hallo Matthias,
Januar ist bei mir sehr gefüllt und es sind noch ein paar wichtige 
Sachen oben drauf gekommen. Daher hatte ich mich vorsichtshalber 
nicht in den Doodle eingetragen. Vielleicht ist es möglich, per 
Telefonkonferenz (Hangout, Skype) remote teilzunehmen? Das würde mir 
viel Zeit am Dienstag ersparen.

Viele Grüße, *Kristian
On 4. Jan 2019, at 19:40 , Neumann, Steffen  > wrote:


Hi Matthias,

ich habe die Koordination von einem grösseren Antrag geerbt,
und werde daher am Dienstag nicht nach Leipzig kommen können :-(

Kristian hat in den letzten Wochen ebenfalls
an einem Workflow für MetFrag gearbeitet,
zu dem wir bis jetzt PhenoMeNal packaging haben.

Gruss,
Steffen


On Fri, 2019-01-04 at 18:46 +0100, Matthias Bernt wrote:

Dear all,

our meeting (workshop on building Galaxy tools and conda packages)
will
take place next Tuesday (Feb 8th). Below we compiled the most
important
informations for you. Just write an email if you have any further
questions.

We are currently expecting the eight participants who registered
here:
https://dudle.inf.tu-dresden.de/7yxdfay2/. Let me know if you
changed
you plans.

The meeting will take place in the KUBUS (Tagungsbüro 131) at the
UFZ.
How to reach the UFZ is described here:
https://www.ufz.de/index.php?de=34272 The KUBUS is in front of the
UFZ.
So you don't need to enter through the main gate.

Plan:

- We will start at 9:00.
- For the morning we plan to introduce you to the basics of
  - building tools for Galaxy with planemo and
  - building conda packages
- For lunch there is a "Kantine" at the UFZ.
- In order to practice the learned topics we planned to use the
  afternoon as a kind of hackaton where you can (start to) build
  your own Galaxy tool or conda package. We will be there for
questions
  and introduce advanced topics as needed.

  Therefore it would be great if you 'bring' a tool of your choice,
eg
  your own tool for wrapping, this could be e.g. a shell, R, or
python
  script or some software package that can be compiled.

  In case that you don't have an idea we have prepared one or two
  examples.

Important:

Since some of the required software is quite large we would like to
ask you to prepare a few things if possible (at least the first
point).

1. You will need a linux command line

If your laptop runs Windows you could install VirtualBox and install
a
linux in this box. Linux images for VirtualBox that are ready to use
are
available, eg.
https://www.osboxes.org/ubuntu/#ubuntu-1804-vbox

2. Download and prepare the bioconda recipes repository

- optional: create a fork of
https://github.com/bioconda/bioconda-recipes
- clone your fork or the main repository, i.e. either `git clone
https://github.com/USERNAME/bioconda-recipes` (replace USERNAME) or
`git
clone https://github.com/bioconda/bioconda-recipes`

(see


https://bioconda.github.io/contrib-setup.html#git-and-github-one-time-setup

)

In the bioconda-recipes root directory call:

```
./bootstrap.py TEMPORARY_PATH_TO_WHERE_MINICONDA_SHOULD_BE_INSTALLED
```

Replace TEMPORARY_PATH_TO_WHERE_MINICONDA_SHOULD_BE_INSTALLED with
some
path where miniconda can be installed.

(see https://bioconda.github.io/contribute-a-recipe.html#test-locally
)

3. Prepare planemo and Galaxy

Install `planemo` via pip or conda as described here:

(see https://planemo.readthedocs.io/en/latest/installation.html)

Get a copy of the Galaxy