Re: [galaxy-dev] Bugfix for CollectRNAmetrics (Picardtools)

2019-01-29 Thread Previti 
Ok, made a pull request (#2263) for your consideration.

Cheers,
Christopher

On 1/29/19 11:52 AM, Björn Grüning wrote:
> Hi,
>
> the best way is to fix the upstream tool definition.
>
> https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/blob/master/tools/picard/picard_CollectRnaSeqMetrics.xml
>
>
> A pull request would be great!
> Thanks,
> Bjoern
>
> Am 29.01.19 um 11:21 schrieb Previti:
>> Dear all,
>>
>> I just fixed a bug that prevented CollectRNAmetrics (a Picard-Tool,
>> galaxy version 2.7.1) from working with  GTF annotation files:
>>
>> The pre-processing step that converts gtf  to the genepred format
>> needs two extra parameters (marked red):
>>
>> gtfToGenePred-genePredExt -geneNameAsName2  'test.gtf' refFlat.tab.raw
>>
>>
>> The format of my GTF is:
>>
>>
>> Seqname Source Feature Start End Score
>> Strand Frame Attributes
>> 3R FlyBase gene 722370 722621 . - .
>> gene_id "FBgn0085804"; gene_name "CR41571"; gene_source "FlyBase";
>> gene_biotype "pseudogene";
>>
>>
>>
>> I'm assuming this is the "standard" GTF format (according to ensembl)
>>
>> How's the best way to make this type of thing known...?
>>
>> Cheers,
>> Christopher
>>
>> -- 
>> *Dr. Christopher Previti*
>> Genomics and Proteomics Core Facility
>> High Throughput Sequencing (W190)
>> Bioinformatician
>>
>> German Cancer Research Center (DKFZ)
>> Foundation under Public Law
>> Im Neuenheimer Feld 580
>> 69120 Heidelberg
>> Germany
>> Room: B2.102 (INF580/TP3)
>> Phone: +49 6221 42-4661
>>
>> christopher.prev...@dkfz.de 
>> www.dkfz.de 
>>
>> Management Board: Prof. Dr. Michael Baumann, Prof. Dr. Josef Puchta
>> VAT-ID No.: DE143293537
>>
>> Vertraulichkeitshinweis: Diese Nachricht ist ausschließlich für die
>> Personen bestimmt, an die sie adressiert ist.
>> Sie kann vertrauliche und/oder nur für den/die Empfänger bestimmte
>> Informationen enthalten. Sollten Sie nicht
>> der bestimmungsgemäße Empfänger sein, kontaktieren Sie bitte den
>> Absender und löschen Sie die Mitteilung.
>> Jegliche unbefugte Verwendung der Informationen in dieser Nachricht
>> ist untersagt.
>>
>>
>>
>> ___
>> Please keep all replies on the list by using "reply all"
>> in your mail client.  To manage your subscriptions to this
>> and other Galaxy lists, please use the interface at:
>>    https://lists.galaxyproject.org/
>>
>> To search Galaxy mailing lists use the unified search at:
>>    http://galaxyproject.org/search/
>>

-- 
*Dr. Christopher Previti*
Genomics and Proteomics Core Facility
High Throughput Sequencing (W190)
Bioinformatician

German Cancer Research Center (DKFZ)
Foundation under Public Law
Im Neuenheimer Feld 580
69120 Heidelberg
Germany
Room: B2.102 (INF580/TP3)
Phone: +49 6221 42-4661

christopher.prev...@dkfz.de 
www.dkfz.de 

Management Board: Prof. Dr. Michael Baumann, Prof. Dr. Josef Puchta
VAT-ID No.: DE143293537

Vertraulichkeitshinweis: Diese Nachricht ist ausschließlich für die
Personen bestimmt, an die sie adressiert ist.
Sie kann vertrauliche und/oder nur für den/die Empfänger bestimmte
Informationen enthalten. Sollten Sie nicht
der bestimmungsgemäße Empfänger sein, kontaktieren Sie bitte den
Absender und löschen Sie die Mitteilung.
Jegliche unbefugte Verwendung der Informationen in dieser Nachricht ist
untersagt.


___
Please keep all replies on the list by using "reply all"
in your mail client.  To manage your subscriptions to this
and other Galaxy lists, please use the interface at:
  https://lists.galaxyproject.org/

To search Galaxy mailing lists use the unified search at:
  http://galaxyproject.org/search/

Re: [galaxy-dev] Bugfix for CollectRNAmetrics (Picardtools)

2019-01-29 Thread Björn Grüning 

Hi,

the best way is to fix the upstream tool definition.

https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/blob/master/tools/picard/picard_CollectRnaSeqMetrics.xml

A pull request would be great!
Thanks,
Bjoern

Am 29.01.19 um 11:21 schrieb Previti:

Dear all,

I just fixed a bug that prevented CollectRNAmetrics (a Picard-Tool, 
galaxy version 2.7.1) from working with  GTF annotation files:


The pre-processing step that converts gtf  to the genepred format needs 
two extra parameters (marked red):


gtfToGenePred-genePredExt -geneNameAsName2  'test.gtf' refFlat.tab.raw


The format of my GTF is:


Seqname Source  Feature Start   End Score   Strand  Frame   
Attributes
3R 	FlyBase 	gene 	722370 	722621 	. 	- 	. 	gene_id "FBgn0085804"; 
gene_name "CR41571"; gene_source "FlyBase"; gene_biotype "pseudogene";




I'm assuming this is the "standard" GTF format (according to ensembl)

How's the best way to make this type of thing known...?

Cheers,
Christopher

--
*Dr. Christopher Previti*
Genomics and Proteomics Core Facility
High Throughput Sequencing (W190)
Bioinformatician

German Cancer Research Center (DKFZ)
Foundation under Public Law
Im Neuenheimer Feld 580
69120 Heidelberg
Germany
Room: B2.102 (INF580/TP3)
Phone: +49 6221 42-4661

christopher.prev...@dkfz.de 
www.dkfz.de 

Management Board: Prof. Dr. Michael Baumann, Prof. Dr. Josef Puchta
VAT-ID No.: DE143293537

Vertraulichkeitshinweis: Diese Nachricht ist ausschließlich für die 
Personen bestimmt, an die sie adressiert ist.
Sie kann vertrauliche und/oder nur für den/die Empfänger bestimmte 
Informationen enthalten. Sollten Sie nicht
der bestimmungsgemäße Empfänger sein, kontaktieren Sie bitte den 
Absender und löschen Sie die Mitteilung.
Jegliche unbefugte Verwendung der Informationen in dieser Nachricht ist 
untersagt.




___
Please keep all replies on the list by using "reply all"
in your mail client.  To manage your subscriptions to this
and other Galaxy lists, please use the interface at:
   https://lists.galaxyproject.org/

To search Galaxy mailing lists use the unified search at:
   http://galaxyproject.org/search/


___
Please keep all replies on the list by using "reply all"
in your mail client.  To manage your subscriptions to this
and other Galaxy lists, please use the interface at:
 https://lists.galaxyproject.org/

To search Galaxy mailing lists use the unified search at:
 http://galaxyproject.org/search/