Dear users Here is my problem: I just changed my GMX version from 4.0 to 4.5. But the task was in a Segmentation fault, whileI can "mdrun" it well in 4.0 environment .
Here is the error: Step 1902, time 1.902 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: rms 1057.527961, max 39594.472656 (between atoms 5543 and 5541) bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length Step 1902, time 1.902 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: rms 598.238330, max 39421.507812 (between atoms 5544 and 5546) bonds that rotated more than 30 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length 2136 2138 32.4 0.1759 0.1096 0.1096 6874 6869 44.6 0.1103 0.1082 0.1082 5728 5727 90.0 0.1111 0.2223 0.1090 7024 7023 90.0 0.1111 0.1591 0.1090 7025 7023 90.0 0.1111 2.7347 0.1090 7027 7026 90.0 0.1118 2.7603 0.1096 7028 7026 90.0 0.1118 1.7013 0.1096 7029 7030 90.0 0.1559 0.2336 0.1096 7029 7031 90.0 0.2080 2.4955 0.1096 8377 8376 41.3 0.1118 0.1095 0.1096 8385 8382 143.8 0.1115 2.5694 0.1094 8384 8382 90.0 0.1115 0.2055 0.1094 5684 5682 42.6 0.1118 0.1096 0.1096 8383 8382 90.0 0.1115 0.2720 0.1094 5436 5435 34.8 0.1113 2.4639 0.1092 5437 5435 90.0 0.1113 0.8917 0.1092 5438 5435 90.0 0.1113 0.2059 0.1092 5530 5525 95.5 0.1637 46.5184 0.1082 5536 5535 90.0 0.1111 63.8121 0.1090 5537 5535 110.7 0.1111 2.1859 0.1090 5539 5538 90.0 0.1118 5.2483 0.1096 5540 5538 90.0 0.1118 0.5557 0.1096 5542 5541 105.9 0.1118 4.8490 0.1096 5543 5541 90.0 0.1118 4340.0601 0.1096 5480 5473 54.7 0.1103 0.1082 0.1082 5545 5544 89.4 0.1118 18.5327 0.1096 5544 5546 90.0 0.2399 4321.1011 0.1096 5245 5243 36.6 0.1113 0.1093 0.1092 2794 2789 90.0 0.1103 0.3056 0.1082 4160 4158 90.0 0.1115 0.1108 0.1094 8456 8449 90.0 0.1103 3.7825 0.1082 7029 7030 90.0 0.1559 0.2336 0.1096 4520 4513 90.0 0.1103 0.2065 0.1082 7029 7031 90.0 0.2080 2.4955 0.1096 7033 7032 90.0 0.1118 2.6289 0.1096 7034 7032 90.0 0.1118 0.4015 0.1096 4524 4523 65.1 0.1113 0.1091 0.1092 10281 10276 68.7 0.1105 0.1083 0.1083 7041 7038 35.7 0.1115 0.1094 0.1094 2136 2138 32.4 0.1759 0.1096 0.1096 10282 10277 90.0 0.1103 0.1607 0.1082 10288 10287 90.0 0.1111 0.3496 0.1090 5544 5546 90.0 0.2399 4321.1011 0.1096 5544 5545 89.4 0.1118 18.5327 0.1096 5548 5547 90.0 0.1118 1.0539 0.1096 5549 5547 48.5 0.1118 0.1038 0.1096 2800 2799 90.0 0.1111 2.8513 0.1090 2801 2799 90.0 0.1111 0.6884 0.1090 10291 10290 90.0 0.1118 0.1451 0.1096 3520 3519 90.0 0.1111 1.1565 0.1090 3521 3519 90.0 0.1111 0.7086 0.1090 3525 3526 90.0 0.2190 12.9248 0.1096 3525 3527 90.0 0.1127 0.1825 0.1096 5494 5493 50.9 0.1118 0.1038 0.1096 5495 5493 90.0 0.1118 1.3247 0.1096 8460 8459 90.0 0.1113 1.3661 0.1092 8461 8459 90.0 0.1113 0.2465 0.1092 8462 8459 90.0 0.1113 0.2054 0.1092 3525 3526 90.0 0.2190 12.9248 0.1096 3525 3527 90.0 0.1127 0.1825 0.1096 4528 4527 90.0 0.1111 1.1331 0.1090 4529 4527 32.8 0.1111 0.1132 0.1090 4531 4530 90.0 0.1118 0.1824 0.1096 4532 4530 40.4 0.1118 3.0513 0.1096 4535 4533 90.0 0.1118 0.1212 0.1096 10280 10273 90.0 0.1103 0.3980 0.1082 6648 6649 90.0 0.1118 2.0258 0.1096 6653 6651 90.0 0.1118 1.9735 0.1096 6657 6654 90.0 0.1115 2.2662 0.1094 4522 4517 46.8 0.1103 0.1082 0.1082 6646 6645 90.0 0.1117 1.3712 0.1096 6985 6984 41.0 0.1118 0.1096 0.1096 3529 3528 90.0 0.1118 0.1886 0.1096 3530 3528 90.0 0.1118 0.1834 0.1096 2991 2992 90.0 0.2281 61.6154 0.1090 2991 2993 90.0 0.1982 0.3326 0.1090 6647 6645 90.0 0.1118 0.6161 0.1096 6649 6648 90.0 0.1118 2.0258 0.1096 2997 2998 93.3 0.1771 9.1908 0.1096 2997 2999 90.0 0.1311 517.9474 0.1096 3574 3573 90.0 0.1118 0.4534 0.1096 2984 2977 90.0 0.1103 2.8493 0.1082 2991 2992 90.0 0.2281 61.6154 0.1090 2991 2993 90.0 0.1982 0.3326 0.1090 7696 7695 90.0 0.1111 0.3593 0.1090 7697 7695 90.0 0.1111 0.3558 0.1090 7699 7698 90.0 0.1118 0.1793 0.1096 2995 2994 30.1 0.1118 0.1096 0.1096 2997 2998 93.3 0.1771 9.1908 0.1096 7701 7703 90.0 0.2615 2.0053 0.1096 2997 2999 90.0 0.1311 517.9474 0.1096 3184 3183 103.4 0.1111 2.7989 0.1090 3185 3183 90.0 0.1111 101.8118 0.1090 3196 3195 90.0 0.1118 0.2233 0.1096 6627 6631 90.0 0.2498 0.1126 0.1085 3001 3000 87.3 0.1118 197.4325 0.1096 3002 3000 86.8 0.1118 24.5019 0.1096 7701 7703 90.0 0.2615 2.0053 0.1096 6627 6631 90.0 0.2498 0.1126 0.1085 3133 3131 32.2 0.1113 0.1093 0.1092 5785 5784 90.0 0.1118 0.2290 0.1096 349 347 31.3 0.1113 0.1092 0.1092 6009 6004 49.2 0.1105 0.1083 0.1083 10340 10338 90.0 0.1118 0.1320 0.1096 10342 10341 90.0 0.1145 0.1203 0.1096 Wrote pdb files with previous and current coordinates Wrote pdb files with previous and current coordinates Segmentation fault I don't know if this is suitable here,if someone come across the same problem,please give me a hand. Thank you very much for reading~ ^_^
-- gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting! Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to gmx-users-requ...@gromacs.org. Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists