[GRASS-Italia] R: [GRASS-user] Logistic Regression
Dear Veronica, thank you for your reply. Unfortunately, I am quite a newbie in R, so I'm trying to apply generalized linear modeling in GRASS. Could it be sensible If I used a logit map as reference for a linear regression model on already "optimzed" data (through bivariate analysis)? I'm making some tests, and the results look coherent with what I expect from field truth, but I' not sure of the correctness of this procedure. Otherwise, is there any tool in grass specific to perform logistic regression? Thank you and best regards Paola Da: Veronica Andreo Inviato: domenica 2 giugno 2024 17:07 A: Paola Salmona Cc: grass-italia@listserv.unipr.it Oggetto: Re: [GRASS-user] Logistic Regression Dear Paola, r.regression.multi performs linear regression of the form y = a + b1x1 + b2x2 ... bnxn. It does not perform a logistic regression as you would need. An idea could be to read your data into R and perform the logistic regression there with glm. hth, Vero El mar, 28 may 2024 a las 12:15, Paola Salmona via grass-user (mailto:grass-u...@lists.osgeo.org>>) escribió: Good afternoon everybody! I'm trying to make a landslide susceptibility map based on the statistical analysis of the occurrence of landslides in correlation of certain predisposing factors (i.e. slope, aspect, etc.) reclassified into discrete classes (i.e. every 10 degrees, North, West, South, East, etc.) Since the occurrence /non occurrence of a landslide is a dichotomic variable, Logistic Regression is generally considered a most suitable model. To manage the several predisposing factors, I have tried with the command r.regression.multi, but I am not sure about a few issues. I have assumed that the "map for y coefficient" is the map with observed data, but do I have to use a 0 = no landslide / 1= landslide map or a logit map expressed as log (P + e1-8) - log(1- P + e1-8)? In both cases, when comparing the estimates map with observed landslides, most landslides are located within the areas with the highest values of susceptibility , but it is difficult to quantify the reliability of the model because the AIC index assumes scarcely comparable values (i.e. 6258510.340522, 6258514.420749 ) and the other indexes reported in the output txt file, according to literature, are not suitable to evaluate a Logistic Regression model. I have then used the addon r.edm.eval to calculate the Area Under the Curve and the results appear to be coherent with the comparison (around 88%), but this command only works if as "layer containing references classes" I use the 0/1 landslide map. Have I messed up in the procedure or are the commands I 've used not correct for this kind of analysis? Thank you and best regards Paola ___ grass-user mailing list grass-u...@lists.osgeo.org<mailto:grass-u...@lists.osgeo.org> https://lists.osgeo.org/mailman/listinfo/grass-user<https://urlsand.esvalabs.com/?u=https%3A%2F%2Flists.osgeo.org%2Fmailman%2Flistinfo%2Fgrass-user=ed7a584b=7991fa82=y=y> -- Dra. Verónica Andreo Investigadora Adjunta de CONICET Instituto Gulich (CONAE - UNC) Centro Espacial Teófilo Tabanera (CETT) Falda del Cañete - Córdoba, Argentina +54 3547 40 int. 1153 https://veroandreo.gitlab.io/<https://urlsand.esvalabs.com/?u=https%3A%2F%2Fveroandreo.gitlab.io%2F=ed7a584b=d2c8a400=y=y> ___ GRASS-Italia mailing list GRASS-Italia@listserv.unipr.it http://listserv.unipr.it/mailman/listinfo/grass-italia
[GRASS-Italia] Logistic Regression
Good afternoon everybody! I'm trying to make a landslide susceptibility map based on the statistical analysis of the occurrence of landslides in correlation of certain predisposing factors (i.e. slope, aspect, etc.) reclassified into discrete classes (i.e. every 10 degrees, North, West, South, East, etc.) Since the occurrence /non occurrence of a landslide is a dichotomic variable, Logistic Regression is generally considered a most suitable model. To manage the several predisposing factors, I have tried with the command r.regression.multi, but I am not sure about a few issues. I have assumed that the "map for y coefficient" is the map with observed data, but do I have to use a 0 = no landslide / 1= landslide map or a logit map expressed as log (P + e1-8) - log(1- P + e1-8)? In both cases, when comparing the estimates map with observed landslides, most landslides are located within the areas with the highest values of susceptibility , but it is difficult to quantify the reliability of the model because the AIC index assumes scarcely comparable values (i.e. 6258510.340522, 6258514.420749 ) and the other indexes reported in the output txt file, according to literature, are not suitable to evaluate a Logistic Regression model. I have then used the addon r.edm.eval to calculate the Area Under the Curve and the results appear to be coherent with the comparison (around 88%), but this command only works if as "layer containing references classes" I use the 0/1 landslide map. Have I messed up in the procedure or are the commands I 've used not correct for this kind of analysis? Thank you and best regards Paola ___ GRASS-Italia mailing list GRASS-Italia@listserv.unipr.it http://listserv.unipr.it/mailman/listinfo/grass-italia
[GRASS-Italia] R: problemi con v.krige
Grazie Markus per la risposta! Ho installato rgrass ma v.krige non lo "vede", inoltre anche il modulo rgeos non e più supportato e non viene caricato. Il tutorial su come collegare R e GRASS è effettivamente chiaro, ma presuppone che io conosca almeno un po' R. Purtroppo, con R sono veramente alle prime armi, quindi speravo di trovare uno strumento da potere usare tramite l'interfaccia grafica di grass. Avrebbe senso provare a importare in grass e utilizzare qualche modulo di python che effettui interpolazioni spaziali e in particolare kriging? Grazie e buona giornata Paola Da: Markus Neteler Inviato: lunedì 11 marzo 2024 16:17 A: Paola Salmona Cc: grass-italia@listserv.unipr.it Oggetto: Re: [GRASS-Italia] problemi con v.krige Ciao Paola, On Mon, Mar 11, 2024 at 2:25 PM Paola Salmona wrote: > > Buongiorno a tutti, > sto cercando di interpolare dei dati relativi a cumulate di pioggia con > l'addon v.krige in grass 8.3 su linux MInt 21.3 > Ho installato R, ma non riesco ad installare i moduli rgrass7 e rgeos. > Sul sito CRAN risulta che entrambi i pacchetti non sono più supportati e sono > stati rimossi dal repository ( > https://urlsand.esvalabs.com/?u=https%3A%2F%2Fcran.r-project.org%2Fweb%2Fpackages%2Frgeos%2Findex.html=ed7a584b=c98ff9fc=y=y > > https://urlsand.esvalabs.com/?u=https%3A%2F%2Fcran.r-project.org%2Fweb%2Fpackages%2Frgrass7%2Findex.html=ed7a584b=f5b72834=y=y > ) Su tale pagina è scritto: "Consider using package ‘rgrass’ instead. " https://urlsand.esvalabs.com/?u=https%3A%2F%2Fcran.r-project.org%2Fweb%2Fpackages%2Frgrass%2Findex.html=ed7a584b=9f49b94b=y=y Le istruzioni sul Wiki dovrebbero essere abbastanza aggiornate: https://urlsand.esvalabs.com/?u=https%3A%2F%2Fgrasswiki.osgeo.org%2Fwiki%2FR_statistics%2Frgrass=ed7a584b=36a6881e=y=y Spero che sia utile, Markus > Sto provando anche con v.kriging, ma a prima vista non mi pare lo strumento > che sto cercando. > Qualcuno saprebbe suggerirmi come procedere? > Grazie > Paola > -- Markus Neteler, PhD https://urlsand.esvalabs.com/?u=https%3A%2F%2Fwww.mundialis.de=ed7a584b=e7105fd0=y=y - company https://urlsand.esvalabs.com/?u=https%3A%2F%2Fgrass.osgeo.org=ed7a584b=a1fcbcb6=y=y - FOSS https://urlsand.esvalabs.com/?u=https%3A%2F%2Fneteler.org=ed7a584b=532544c6=y=y - freelancing & blog ___ GRASS-Italia mailing list GRASS-Italia@listserv.unipr.it http://listserv.unipr.it/mailman/listinfo/grass-italia
[GRASS-Italia] problemi con v.krige
Buongiorno a tutti, sto cercando di interpolare dei dati relativi a cumulate di pioggia con l'addon v.krige in grass 8.3 su linux MInt 21.3 Ho installato R, ma non riesco ad installare i moduli rgrass7 e rgeos. Sul sito CRAN risulta che entrambi i pacchetti non sono più supportati e sono stati rimossi dal repository (https://cran.r-project.org/web/packages/rgeos/index.html https://cran.r-project.org/web/packages/rgrass7/index.html) Sto provando anche con v.kriging, ma a prima vista non mi pare lo strumento che sto cercando. Qualcuno saprebbe suggerirmi come procedere? Grazie Paola ___ GRASS-Italia mailing list GRASS-Italia@listserv.unipr.it http://listserv.unipr.it/mailman/listinfo/grass-italia
Re: [GRASS-Italia] rimuvere grass
Ciao Paolo, grazie per il suggerimento, adesso GRASS funziona. Avrei bisogno per favore di un altro aiuto. Ho provato ad installare sul PC (Ubuntu 18.04) gli add-on utilizzati nel workshop su OBIA che hai tenuto a Torino a febbraio. Mi sono inchiodata su v.class.mlR. Sul PC avevo già installato R, aggiornato alla versione 3.6. L'add-on è installato, ma non funziona. Trasferendo lo stesso mapset sulla Virtual Machine non ho problemi. Confrontando l'output del comando con la versione installata nella Virtual Machine usata per il workshop la prima cosa che ho notato è che sul PC non carica il pacchetto "caret" l'ho provato a installare manualmente in R, con tutte le dipendenze, ma continuo a ricevere lo stesso messaggio di errore. Siccome ho veramente poca pratica con R, mi sa di avere pasticciato o saltato passaggi. Hai qualche suggerimento da darmi? Grazie mille! Ciao Paola Thu May 14 14:46:50 2020) v.class.mlR segments_map=busco_segment_stats@busco training_map=busco_traning_areas@busco raster_segments_map=busco_segment@busco train_class_column=Tipo output_class_column=vote output_prob_column=prob folds=5 partitions=10 tunelength=10 weighting_modes=smv,swv,bwwv,qbwwv weighting_metric=accuracy Running R now. Following output is R output. Carico il pacchetto richiesto: lattice Carico il pacchetto richiesto: ggplot2 ERROR: There was an error in the execution of the R script. Please check the R output. Error in model.frame.default(Terms, newdata, na.action = na.action, xlev = object$xlevels) : l'oggetto non è una matrice Calls: data.frame ... predict.train -> model.frame -> model.frame.default Esecuzione interrotta (Thu May 14 14:48:03 2020) Comando terminato (1 min 13 sec) Paolo Zatelli ha scritto: > Ciao Paola, > io proverei a modificare (o rimuovere) la configurazione di GRASS per il > tuo utente. Sta tutto nella cartella .grass7 nella tua home. > E' una cartella nascosta, quindi devi dire al file manager di > visualizzare i file nascosti. > Se la cancelli perdi la configurazione di GRASS dell'utente ed eventuali > add on. > > Il file .gislock sta nella cartella del mapset. Anche questo è un file > nascosto. > > Ciao Paolo > > On 11/05/20 10:29, Paola Salmona wrote: >> Buongiorno a tutti! >> tentando di installare un add-on in GRASS 7.8.2 (su Ubuntu 18.04), il >> software è andato in crash. Rilanciandolo mi ha avvisato che sarebbe >> stato cancellato il file .gislock. Ho dato Ok, ma GRASS non si è >> avviato. Ho tentato quindi di rimuovere manualmente il file ma nella >> cartella non c'era. Per accertarmi che i dati non fossero danneggiati, >> ho provato a trasferire la location con il mapset incriminato su un >> altro PC e funziona regolarmente. >> Ho quindi provato a disisntallare GRASS e reinstallarlo, ma la >> situazione è peggiorata perché, non solo continua a ricordale le >> impostazioni dell'installazione precedente e a segnalare la presenza >> del file .gislock, ma non si avvia neanche l'interfaccia grafica ma >> solo quella con linea di comando e dopo poco va in crash. >> Come posso fare a rimuoverlo completamente per poi reinstallarlo >> veramente da zero? >> Grazie mille! >> Paola >> >> >> ___ >> GRASS-Italia mailing list >> GRASS-Italia@listserv.unipr.it >> https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Flistserv.unipr.it%2Fmailman%2Flistinfo%2Fgrass-italiadata=02%7C01%7Cgrass-italia%40listserv.unipr.it%7C8f0ab3a7ca0c43d305c208d7f8098eb1%7Cbb064bc5b7a841ecbabed7beb3faeb1c%7C0%7C0%7C637250592244303427sdata=Dc9VZQXJ1LazRryZi4sFC6JtFMSVmQQnH5OkAzijHMk%3Dreserved=0 >> ___ GRASS-Italia mailing list GRASS-Italia@listserv.unipr.it http://listserv.unipr.it/mailman/listinfo/grass-italia
Re: [GRASS-Italia] rimuvere grass
Grazie! ho rimosso il file di testo rc nella cartella .grass e sono finalmente riuscita ad avviarlo tramite la gui. Ciao Paola Paolo Zatelli ha scritto: > Ciao Paola, > io proverei a modificare (o rimuovere) la configurazione di GRASS per il > tuo utente. Sta tutto nella cartella .grass7 nella tua home. > E' una cartella nascosta, quindi devi dire al file manager di > visualizzare i file nascosti. > Se la cancelli perdi la configurazione di GRASS dell'utente ed eventuali > add on. > > Il file .gislock sta nella cartella del mapset. Anche questo è un file > nascosto. > > Ciao Paolo > > On 11/05/20 10:29, Paola Salmona wrote: >> Buongiorno a tutti! >> tentando di installare un add-on in GRASS 7.8.2 (su Ubuntu 18.04), il >> software è andato in crash. Rilanciandolo mi ha avvisato che sarebbe >> stato cancellato il file .gislock. Ho dato Ok, ma GRASS non si è >> avviato. Ho tentato quindi di rimuovere manualmente il file ma nella >> cartella non c'era. Per accertarmi che i dati non fossero danneggiati, >> ho provato a trasferire la location con il mapset incriminato su un >> altro PC e funziona regolarmente. >> Ho quindi provato a disisntallare GRASS e reinstallarlo, ma la >> situazione è peggiorata perché, non solo continua a ricordale le >> impostazioni dell'installazione precedente e a segnalare la presenza >> del file .gislock, ma non si avvia neanche l'interfaccia grafica ma >> solo quella con linea di comando e dopo poco va in crash. >> Come posso fare a rimuoverlo completamente per poi reinstallarlo >> veramente da zero? >> Grazie mille! >> Paola >> >> >> ___ >> GRASS-Italia mailing list >> GRASS-Italia@listserv.unipr.it >> https://eur01.safelinks.protection.outlook.com/?url=http%3A%2F%2Flistserv.unipr.it%2Fmailman%2Flistinfo%2Fgrass-italiadata=02%7C01%7Cgrass-italia%40listserv.unipr.it%7Cf77530f224e746fe3bf308d7f68c8095%7Cbb064bc5b7a841ecbabed7beb3faeb1c%7C0%7C0%7C637248955909476265sdata=VGRlTJbe30pOSVQtHCEDfAWN9s7dN2MNsKYGTJQujb8%3Dreserved=0 >> ___ GRASS-Italia mailing list GRASS-Italia@listserv.unipr.it http://listserv.unipr.it/mailman/listinfo/grass-italia
[GRASS-Italia] rimuvere grass
Buongiorno a tutti! tentando di installare un add-on in GRASS 7.8.2 (su Ubuntu 18.04), il software è andato in crash. Rilanciandolo mi ha avvisato che sarebbe stato cancellato il file .gislock. Ho dato Ok, ma GRASS non si è avviato. Ho tentato quindi di rimuovere manualmente il file ma nella cartella non c'era. Per accertarmi che i dati non fossero danneggiati, ho provato a trasferire la location con il mapset incriminato su un altro PC e funziona regolarmente. Ho quindi provato a disisntallare GRASS e reinstallarlo, ma la situazione è peggiorata perché, non solo continua a ricordale le impostazioni dell'installazione precedente e a segnalare la presenza del file .gislock, ma non si avvia neanche l'interfaccia grafica ma solo quella con linea di comando e dopo poco va in crash. Come posso fare a rimuoverlo completamente per poi reinstallarlo veramente da zero? Grazie mille! Paola ___ GRASS-Italia mailing list GRASS-Italia@listserv.unipr.it http://listserv.unipr.it/mailman/listinfo/grass-italia
