Re: [Python] gestione della memoria
scusa forse per l'ovvietà, ma hai già provato a dare uno sguardo a numpy? http://numpy.scipy.org/ Ciao Fabrizio ___ Python mailing list Python@lists.python.it http://lists.python.it/mailman/listinfo/python
Re: [Python] gestione della memoria
Potrei postare il piccolo programma che gira solo con immagini piu' piccole e
si blocca con matrici grandi, in modo che possiate vedere direttamente.
Ovviamente utilizzo numpy e per la verità la definizione di matrici anche di
grandi dimensioni non genera problemi il blocco avviene quando si richiama gdal
e le altre.
questo è il programmino:
-
import skimage.graph as graph
from skimage import filter
from skimage.morphology import watershed, is_local_maximum
from scipy import ndimage
import os, numpy, sys, time,math,csv
from osgeo import gdal, ogr
from osgeo.gdalconst import *
from math import *
from gdalconst import *
startTime = time.time()
os.chdir(r'c:\Users\lorenzo\lidar2')
gdal.AllRegister()
# open the image
inDs1 = gdal.Open('conv_utm2m.tif',GA_ReadOnly)
print 'legge immagine di convergenza'
# get image size
rows = inDs1.RasterYSize
cols = inDs1.RasterXSize
bands = inDs1.RasterCount
transform = inDs1.GetGeoTransform()
driver = gdal.GetDriverByName('GTiff')
outDs1 = driver.Create('conv_massimo.tif', cols, rows, 1, GDT_Int32)
outDs2 = driver.Create('conv_chiome.tif', cols, rows, 1, GDT_Int32)
print 'righe', rows, 'colonne', cols, 'bande', bands
driver1 = inDs1.GetDriver()
convergenza = numpy.ones((rows,cols),numpy.float)
massimi =numpy.zeros((rows,cols),numpy.int)
chiome = numpy.zeros((rows,cols),numpy.float)
inBand1 = inDs1.GetRasterBand(1)
print 'leggo convergenza'
convergenza = inBand1.ReadAsArray(0,0,cols,rows).astype(numpy.float)
print ' fatto ..'
print ' - calcolo con algoritmo watershed ---'
print ' cerco il massimo locale sulla convergenza'
massimi = is_local_maximum(convergenza)
print ' numero in modo progressimo i massimi'
markers = ndimage.label(massimi)[0]
print ' allago le pozze i bacini'
chiome = watershed(-convergenza, markers)
print 'lette tutte le righe'
outBand1 = outDs1.GetRasterBand(1)
outBand2 = outDs2.GetRasterBand(1)
# write the data
outBand1.WriteArray(massimi, 0, 0)
outBand1.FlushCache()
stats1 = outBand1.GetStatistics(0, 1)
outBand2.WriteArray(chiome, 0, 0)
outBand2.FlushCache()
stats2 = outBand2.GetStatistics(0, 1)
outDs1.SetGeoTransform(transform)
outDs2.SetGeoTransform(transform)
outDs1 = None
outDs2 = None
inDs1 = None
print 'script took', time.time() - startTime, 'seconds to run'
- Messaggio originale -
Da: Fabrizio Mancini mr.f...@gmail.com
A: Discussioni generali sul linguaggio Python python@lists.python.it
Inviato: Mercoledì, 6 giugno 2012 14:15:04
Oggetto: Re: [Python] gestione della memoria
scusa forse per l'ovvietà, ma hai già provato a dare uno sguardo a numpy?
http://numpy.scipy.org/
Ciao Fabrizio
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Re: [Python] gestione della memoria
2012/6/6 Lorenzo Bottai bot...@lamma.rete.toscana.it Ho un problema sulla gestione di matrici di grandi dimensioni. In particolare il programma va in errore a gestire 4 immagini 7000 x 7000 di tipo float. Puoi dare una occhiata alla libreria hdf5 per python: - http://alfven.org/wp/hdf5-for-python/ HDF5 è un formato usato in fisica per gestire dati di grosse dimensioni. Per esempio, risultati di simulazioni, accelerazioni di particelle, osservazioni di telescopi. Credo che sia utilizzato anche in altri campi, come per esempio per le previsioni meteo ed altro. In principio, ogni file binario HDF5 è un piccolo file system a parte, con gruppi (directory) e datasets. Dovresti essere in grado di leggere il tuo dataset su un file HDF5 e lavorare su esso direttamente, senza doverlo caricare in memoria. La documentazione è molto buona e l'oggetto utilizzato per rappresentare una matrice è simile ad un array di numpy, addirittura alcuni metodi sono in comune e con un po' di fortuna le funzioni che utilizzi non si renderanno nemmeno conto della differenza. -- Giovanni Dall'Olio, phd student IBE, Institut de Biologia Evolutiva, CEXS-UPF (Barcelona, Spain) My blog on bioinformatics: http://bioinfoblog.it ___ Python mailing list Python@lists.python.it http://lists.python.it/mailman/listinfo/python
Re: [Python] gestione della memoria in python
Ok ho capito, grazie intendevo proprio quello. Grazie ancora Lorenzo 2008/8/2 Enrico Franchi [EMAIL PROTECTED] Il giorno 02/ago/08, alle ore 17:52, Lorenzo Marini [EMAIL PROTECTED] ha scritto: Ciao a tutti è possibile in python al termine di uno script liberare la memoria ( cioè eliminare dalla memoria tutti gli oggetti. Quando uno script termina, viene reclamata tutta la memoria e viene distrutto tutto. O intendevi qualcos'altro? ___ Python mailing list Python@lists.python.it http://lists.python.it/mailman/listinfo/python ___ Python mailing list Python@lists.python.it http://lists.python.it/mailman/listinfo/python
Re: [Python] gestione della memoria in python
Il giorno 02/ago/08, alle ore 17:52, Lorenzo Marini [EMAIL PROTECTED] ha scritto: Ciao a tutti è possibile in python al termine di uno script liberare la memoria ( cioè eliminare dalla memoria tutti gli oggetti. Quando uno script termina, viene reclamata tutta la memoria e viene distrutto tutto. O intendevi qualcos'altro? ___ Python mailing list Python@lists.python.it http://lists.python.it/mailman/listinfo/python
