Re: [R-es] sir
Estimados
La pregunta es como agregar una line de cas os reales a la de
prevalencia simulada?
saludos
Dr. Betancourt
2020-06-11 14:36 GMT-04:00, Jose Betancourt B. :
> script completo y adjunto función
>
>
> rm(list = ls(all = TRUE))
> require("sfsmisc")
> source("sir_func.R")
> npop = 4400
> I_0 = 1
> R_0 = 0
> S_0 = npop-I_0-R_0
>
>
> tbegin = 0
> tend = 300
> vt = seq(tbegin,tend,1)
> gamma = 1/5
> R0= 1.20
> beta = R0*gamma
>
> vparameters = c(gamma=gamma,beta=beta)
> inits = c(S=S_0,I=I_0,R=R_0)
>
> solved_model = as.data.frame(lsoda(inits, vt, derivative_calc_func,
> vparameters))
> cat("The item names in the solved_model object
> are:",names(solved_model),"\n")
>
> vS = solved_model$S
> vI = solved_model$I
> vR = solved_model$R
> vtime = solved_model$time
> vnpop = vS+vI+vR
>
> mult.fig(4,main="SIR model of pandemic coronavirus in Camaguey Bv with
> R0=1.2")
>
>
> ymax = 1.4*max(vI/npop)
> plot(vtime,vI/npop,type="l",xlab="time",ylab="fraction
> infected",ylim=c(0,ymax),lwd=3,col=4,main="Infected")
>
> n=length(vtime)
> lines(vtime[2:n],-diff(vS)/(diff(vtime)*vnpop[1:(n-1)]),type="l",lwd=3,col=2)
>
> legend("topright",legend=c("total infected (prevalence)","newly
> infected/day (incidence)"),bty="n",lwd=3,col=c(4,2))
>
>
> ymin = 0.9*min(vS/vnpop)
> plot(vtime,vS/vnpop,type="l",xlab="time",ylab="fraction
> susceptible",ylim=c(ymin,1),lwd=3,main="Susceptible")
>
> iind = which.min(abs(vS/vnpop-1/R0)) # find the index at which S/N is
> equal to 1/R0
> lines(c(vtime[iind],vtime[iind]),c(-1000,1000),col=3,lwd=3)
> legend("bottomleft",legend=c("time at which
> S=1/R0"),bty="n",lwd=3,col=c(3),cex=0.7)
>
> plot(vtime,log(vI/vnpop),type="l",xlab="time",ylab="log(fraction
> infected)",lwd=3,col=4,main="log(Infected)")
>
> text(40,-14,"Initial\n exponential\n rise",cex=0.7)
>
> lines(c(vtime[iind],vtime[iind]),c(-1000,1000),col=3,lwd=3)
> legend("topleft",legend=c("time at which
> S=1/R0","log(Infected)"),bty="n",lwd=3,col=c(3,4),cex=0.7)
>
> epsilon = 0.1
> vsinf = seq(0,1-epsilon,epsilon)
> # LHS = -log(vsinf)+log(S_0/npop)
> # RHS = R0*(1-vsinf)
> LHS = -log(vsinf)+log(S_0/npop)
> RHS = R0*(1-vsinf)
> iind = which.min(abs(RHS-LHS))
> sinf_predicted = vsinf[iind]
>
> cat("The final fraction of susceptibles at the end of the epidemic
> from the model simulation is ",min(vS/vnpop),"\n")
> cat("The final fraction of susceptibles at the end of the epidemic
> predicted by the final size relation is ",sinf_predicted,"\n")
>
>
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> Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt
> Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay
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Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt
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[R-es] sir
script completo y adjunto función
rm(list = ls(all = TRUE))
require("sfsmisc")
source("sir_func.R")
npop = 4400
I_0 = 1
R_0 = 0
S_0 = npop-I_0-R_0
tbegin = 0
tend = 300
vt = seq(tbegin,tend,1)
gamma = 1/5
R0= 1.20
beta = R0*gamma
vparameters = c(gamma=gamma,beta=beta)
inits = c(S=S_0,I=I_0,R=R_0)
solved_model = as.data.frame(lsoda(inits, vt, derivative_calc_func,
vparameters))
cat("The item names in the solved_model object are:",names(solved_model),"\n")
vS = solved_model$S
vI = solved_model$I
vR = solved_model$R
vtime = solved_model$time
vnpop = vS+vI+vR
mult.fig(4,main="SIR model of pandemic coronavirus in Camaguey Bv with R0=1.2")
ymax = 1.4*max(vI/npop)
plot(vtime,vI/npop,type="l",xlab="time",ylab="fraction
infected",ylim=c(0,ymax),lwd=3,col=4,main="Infected")
n=length(vtime)
lines(vtime[2:n],-diff(vS)/(diff(vtime)*vnpop[1:(n-1)]),type="l",lwd=3,col=2)
legend("topright",legend=c("total infected (prevalence)","newly
infected/day (incidence)"),bty="n",lwd=3,col=c(4,2))
ymin = 0.9*min(vS/vnpop)
plot(vtime,vS/vnpop,type="l",xlab="time",ylab="fraction
susceptible",ylim=c(ymin,1),lwd=3,main="Susceptible")
iind = which.min(abs(vS/vnpop-1/R0)) # find the index at which S/N is
equal to 1/R0
lines(c(vtime[iind],vtime[iind]),c(-1000,1000),col=3,lwd=3)
legend("bottomleft",legend=c("time at which
S=1/R0"),bty="n",lwd=3,col=c(3),cex=0.7)
plot(vtime,log(vI/vnpop),type="l",xlab="time",ylab="log(fraction
infected)",lwd=3,col=4,main="log(Infected)")
text(40,-14,"Initial\n exponential\n rise",cex=0.7)
lines(c(vtime[iind],vtime[iind]),c(-1000,1000),col=3,lwd=3)
legend("topleft",legend=c("time at which
S=1/R0","log(Infected)"),bty="n",lwd=3,col=c(3,4),cex=0.7)
epsilon = 0.1
vsinf = seq(0,1-epsilon,epsilon)
# LHS = -log(vsinf)+log(S_0/npop)
# RHS = R0*(1-vsinf)
LHS = -log(vsinf)+log(S_0/npop)
RHS = R0*(1-vsinf)
iind = which.min(abs(RHS-LHS))
sinf_predicted = vsinf[iind]
cat("The final fraction of susceptibles at the end of the epidemic
from the model simulation is ",min(vS/vnpop),"\n")
cat("The final fraction of susceptibles at the end of the epidemic
predicted by the final size relation is ",sinf_predicted,"\n")
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sir_func.R
Description: Binary data
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[R-es] excel
Estimados
NO ENCUENTRO EL FORMATO ADECUADO PARA SALVAR LA TABLA EXCEL EN OTRO
LUGAR, por ejemplo, en escritorio
library(pivottabler)
pt <- PivotTable$new()
pt$addData(bhmtrains)
pt$addColumnDataGroups("TrainCategory")
pt$addColumnDataGroups("PowerType")
pt$addRowDataGroups("TOC")
pt$defineCalculation(calculationName="TotalTrains", summariseExpression="n()")
pt$evaluatePivot()
library(openxlsx)
wb <- createWorkbook(creator = Sys.getenv("USERNAME"))
addWorksheet(wb, "Data")
pt$writeToExcelWorksheet(wb=wb, wsName="Data",
topRowNumber=1, leftMostColumnNumber=1,
applyStyles=TRUE, mapStylesFromCSS=TRUE)
saveWorkbook(wb, file="C:\\test.xlsx", overwrite = TRUE) # salvarla en
otro lugar
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saludos
Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt
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Re: [R-es] rmd y pdf
Gracias
con el siguiente comando no lograba cambios
title: "Mi titulo"
output: pdf_document
fontsize: 11pt
mainfont: Calibri
El 19/5/20, Marcelino de la Cruz Rot escribió:
> Hola José y Paco:
>
> El "problema" de codificar el fontsize en el YAML es que está limitado
> a 10, 11 o 12 pt. Para poder poner otros tamaños, manejar interlineados,
> otras fuentes, etc, se pueden añadir comandos de latex después del YAML
> (y se impondrán a los formatos codificados en el YAML). Por ejemplo,
>
> ---
> title: "Mi titulo"
> output: pdf_document
> fontsize: 11pt
> mainfont: Calibri
> ---
> \fontsize{6}{8}
> \fontfamily{qag}
> \selectfont
>
> hará que el texto principal tenga un tipo de letra "Gyre Adventor", con
> un tamaño de 6 puntos y un interlineado de 8. En este enlace
> (https://www.overleaf.com/learn/latex/Font_typefaces#Reference_guide)
> puedes ver algunos de los códigos de diferentes tipos de fuente.
>
> Saludos,
>
> Marcelino
>
>
>
>
> El 19/05/2020 a las 16:08, Francisco Rodriguez Sanchez escribió:
>> Hola José,
>>
>> Puedes pasarle estas opciones en el encabezado YAML. Por ejemplo:
>>
>> ---
>> title: "Mi titulo"
>> output: pdf_document
>> fontsize: 11pt
>> mainfont: Calibri
>> ---
>>
>> Tienes todas las opciones aquí:
>> https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/pdf-document.html#latex-options
>>
>> Saludos
>>
>> Paco
>>
>>
>> El 14/05/2020 a las 17:33, Jose Betancourt B. escribió:
>>> Estimados
>>>
>>> quisiera tener el script para al hacer un pdf desde rmarkdown poder
>>> modificarle el tamano y tipo de fuente
>>> saludos
>>> José
>
>
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> Marcelino de la Cruz Rot
> Depto. de Biología y Geología
> Física y Química Inorgánica
> Universidad Rey Juan Carlos
> Móstoles España
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Re: [R-es] 1. character a factors (Jose Betancourt B.)
Gracias, si funcionó, pero mejor tener más opciones El 10/5/20, jose luis escribió: > > Si eso no te va prueba esto > df2 <- data.frame(lapply(df[,c(1,2)], as.factor)) > farms.mca <- mca(df2)farms.mcaSaludosEn domingo, 10 de mayo de 2020 > 18:49:13 CEST, Emilio L. Cano escribió: > > > >> El 10 may 2020, a las 13:26, Jose Betancourt B. >> escribió: >> >> df %<>% mutate_if(is.character, as.factor) > > Esto seguro que está mal, primero por el operador, y segundo que si lo pones > así, sin asignar a nada, no sirve. Prueba: > > df <- df %>% mutate_if(is.character, as.factor) > > Y luego el resto > [[alternative HTML version deleted]] > > ___ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es -- Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Re: [R-es] 1. character a factors (Jose Betancourt B.)
Estimados No me resultó, describo paso a paso y adjunto base de datos str((df[,1:2]))# evaluo el tipo de variable salida data.frame':101 obs. of 2 variables: $ alergia1: chr "no" "no" "si" "si" ... $ parasitismo1: chr "si" "si" "si" "si" ... #esto es lo que quiero hacer library(MASS) farms.mca <- mca(df[,1:2]), abbrev=TRUE) farms.mca plot(farms.mca) salida Error in mca(df[, 1:2]) : all variables must be factors trate infructuosamente con df %<>% mutate_if(is.character, as.factor) y factor() de seguro me he equivocado en algo saludos José El 10/5/20, Jose Betancourt B. escribió: > Gracias!! > > El 10/5/20, JC Arronte escribió: >> Hola Jose, >> >> Prueba con mutate_if del paquete dplyr >> >> df %<>% mutate_if(is.character, as.factor) >> >> Un saludo >> >> JC >> >> >> De: R-help-es en nombre de >> r-help-es-requ...@r-project.org >> Enviado: domingo, 10 de mayo de 2020 0:55 >> Para: r-help-es@r-project.org >> Asunto: Resumen de R-help-es, Vol 135, Envío 15 >> >> Envíe los mensajes para la lista R-help-es a >> r-help-es@r-project.org >> >> Para subscribirse o anular su subscripción a través de la WEB >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> >> O por correo electrónico, enviando un mensaje con el texto "help" en >> el asunto (subject) o en el cuerpo a: >> r-help-es-requ...@r-project.org >> >> Puede contactar con el responsable de la lista escribiendo a: >> r-help-es-ow...@r-project.org >> >> Si responde a algún contenido de este mensaje, por favor, edite la >> linea del asunto (subject) para que el texto sea mas especifico que: >> "Re: Contents of R-help-es digest...". Además, por favor, incluya en >> la respuesta sólo aquellas partes del mensaje a las que está >> respondiendo. >> >> >> Asuntos del día: >> >>1. character a factors (Jose Betancourt B.) >>2. Procedimiento car0 (Manuel Mendoza) >> >> -- >> >> Message: 1 >> Date: Sat, 9 May 2020 09:48:49 -0400 >> From: "Jose Betancourt B." >> To: r-help-es >> Subject: [R-es] character a factors >> Message-ID: >> >> >> >> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" >> >> >> -- ?Como convertir variables definidas como character a factors en un >> csv? >> >> he usado as.factor(varibles) y no las convierte por lo que >> la librería MASS no me ejecuta el análisis mca >> saludos >> Jose >> >> >> >> Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt >> Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay >> >> >> >> >> [[alternative HTML version deleted]] >> >> > > > -- > Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt > Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay > -- Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay alergia1;parasitismo1;casos;HB no;si;10;11 no;si;10;12 si;si;7;10 si;si;14;11 no;si;8;11 si;si;12;8 no;si;15;9 si;si;17;7 si;si;17;6 si;si;11;8 no;si;19;7 si;si;22;8 no;si;21;9 si;si;12;7 si;si;9;7 si;si;11;8 no;si;21;8 si;si;18;8 si;si;10;9 si;si;19;8 si;si;12;7 no;si;12;6 si;si;14;8 si;si;13;8 si;si;11;9 si;si;6;9 no;si;12;7 si;si;17;8 si;si;8;8 si;si;7;9 si;si;8;7 si;si;9;7 si;si;10;6 no;si;8;8 no;si;9;9 no;si;11;11 no;si;9;6 no;si;10;9 si;no;6;12 no;no;10;10 no;no;7;11 no;no;8;10 no;no;13;10 no;no;11;11 no;no;11;12 no;no;15;10 si;no;11;11 no;no;11;10 no;no;10;11 no;no;6;10 no;no;10;11 si;no;11;11 si;no;12;12 si;no;14;10 si;no;6;12 si;no;9;10 si;no;14;11 si;no;8;10 si;no;6;11 si;no;8;10 si;no;9;12 si;no;10;10 si;no;11;11 no;no;8;12 no;no;8;10 no;no;8;11 no;no;6;10 no;no;12;11 no;no;14;10 no;no;11;11 no;no;11;12 no;no;14;10 no;no;15;11 no;no;12;9 no;no;14;13 no;no;12;14 no;no;13;11 si;no;11;12 no;no;12;10 no;no;11;12 no;no;11;13 no;no;7;11 no;no;9;12 no;no;12;10 no;no;14;12 si;no;12;13 no;no;13;14 no;no;14;11 no;no;15;12 no;no;11;10 no;no;13;9 no;no;6;13 no;no;8;14 no;no;8;11 no;no;8;12 no;no;11;10 si;no;13;5 si;no;10;6 si;no;10;8 si;no;8;6 no;no;10;8 ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
[R-es] character a factors
-- ?Como convertir variables definidas como character a factors en un csv? he usado as.factor(varibles) y no las convierte por lo que la librería MASS no me ejecuta el análisis mca saludos Jose Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Re: [R-es] instalar
cuando fui a trabajar con el paquete forecast me pidió actualizar zoo y otros queyo estaba seguro que ya se había actualizado, hay algo mal aui con el r.4 El 5/5/20, Jose Betancourt B. escribió: > GRACIAS!! > > El 5/5/20, Jose Betancourt B. escribió: >> update.packages(ask=F, checkBuilt=T) >> >> FUNCIONA BIEN, ESTOY ACTUALIZANDO >> >> El 4/5/20, Emilio L. Cano escribió: >>> Sí la hay, yo antes lo hacía. Pero ahora pienso como Hadley: >>> https://twitter.com/hadleywickham/status/1254387031842701312 >>> <https://twitter.com/hadleywickham/status/1254387031842701312> >>> >>> Te digo de memoria (en Windows): copia todo lo que haya en la carpeta >>> R-3.6.2 de tu Home a R-4.0.0. En R, update.packages(ask=F, checkBuilt=T) >>> (o >>> algo así) >>> >>> >>> Un saludo, >>> >>> Emilio L. Cano >>> http://emilio.lcano.com >>> >>> >>> >>>> El 4 may 2020, a las 19:51, Jose Betancourt B. >>>> escribió: >>>> >>>> Estimados >>>> >>>> Instalé r.4 pero me pide que actualice cada paquete, ?hay alguna >>>> manera automática? >>>> >>>> ___ >>>> R-help-es mailing list >>>> R-help-es@r-project.org >>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >>> >>> >> >> >> -- >> Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt >> Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay >> > > > -- > Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt > Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay > -- Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Re: [R-es] instalar
GRACIAS!! El 5/5/20, Jose Betancourt B. escribió: > update.packages(ask=F, checkBuilt=T) > > FUNCIONA BIEN, ESTOY ACTUALIZANDO > > El 4/5/20, Emilio L. Cano escribió: >> Sí la hay, yo antes lo hacía. Pero ahora pienso como Hadley: >> https://twitter.com/hadleywickham/status/1254387031842701312 >> <https://twitter.com/hadleywickham/status/1254387031842701312> >> >> Te digo de memoria (en Windows): copia todo lo que haya en la carpeta >> R-3.6.2 de tu Home a R-4.0.0. En R, update.packages(ask=F, checkBuilt=T) >> (o >> algo así) >> >> >> Un saludo, >> >> Emilio L. Cano >> http://emilio.lcano.com >> >> >> >>> El 4 may 2020, a las 19:51, Jose Betancourt B. >>> escribió: >>> >>> Estimados >>> >>> Instalé r.4 pero me pide que actualice cada paquete, ?hay alguna >>> manera automática? >>> >>> ___ >>> R-help-es mailing list >>> R-help-es@r-project.org >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> >> > > > -- > Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt > Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay > -- Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Re: [R-es] instalar
update.packages(ask=F, checkBuilt=T) FUNCIONA BIEN, ESTOY ACTUALIZANDO El 4/5/20, Emilio L. Cano escribió: > Sí la hay, yo antes lo hacía. Pero ahora pienso como Hadley: > https://twitter.com/hadleywickham/status/1254387031842701312 > <https://twitter.com/hadleywickham/status/1254387031842701312> > > Te digo de memoria (en Windows): copia todo lo que haya en la carpeta > R-3.6.2 de tu Home a R-4.0.0. En R, update.packages(ask=F, checkBuilt=T) (o > algo así) > > > Un saludo, > > Emilio L. Cano > http://emilio.lcano.com > > > >> El 4 may 2020, a las 19:51, Jose Betancourt B. >> escribió: >> >> Estimados >> >> Instalé r.4 pero me pide que actualice cada paquete, ?hay alguna >> manera automática? >> >> ___ >> R-help-es mailing list >> R-help-es@r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > -- Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
[R-es] instalar
Estimados Instalé r.4 pero me pide que actualice cada paquete, ?hay alguna manera automática? ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Re: [R-es] titanic
Gracias y feliz 2020!
El 2/1/20, Emilio L. Cano escribió:
> Hola José,
>
> Para csv, decide si quieres separado por comas o por punto y coma (habitual
> en español, símbolo decimal la coma). Además, si no quieres que incluya los
> nombres de fila (lo normal) se lo tienes que indicar explícitamente.
> Para Excel tienes que usar algún paquete. A mí me gusta openxlsx.
>
> data("titanic", package = "prLogistic")
> openxlsx::write.xlsx(titanic, "foo.xlsx")
> write.csv2(titanic, "foo.csv", row.names = FALSE)
>
>
> Un saludo,
>
> Emilio L. Cano
> http://emilio.lcano.com
>
>
>
>> El 2 ene 2020, a las 13:41, Jose Betancourt B.
>> escribió:
>>
>> Estimados
>> quisiera poder salvar a csv y a excell la base de datos titanic
>>
>> data("titanic", package = "prLogistic")
>>
>> saludos
>> José
>>
>> ___
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es@r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
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[R-es] titanic
Estimados
quisiera poder salvar a csv y a excell la base de datos titanic
data("titanic", package = "prLogistic")
saludos
José
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Re: [R-es] Friedman
Perdone , tiene ud razón , si funciona
El 11/12/19, Jose Betancourt B. escribió:
> Estimado, eliminé el 6 que sobra y sigue dando el mismo resultado
>
> El 11/12/19, José Trujillo Carmona escribió:
>> En la tabla inferior se ha colado un "6" al inicio de la fila, por eso
>> al copia y pegar no se lee correctamente.
>>
>> En la orden:
>>
>>> y <- matrix(c( 3.88, 5.64, 5.76, 4.25, 5.91, 4.33, 30.58, 30.14, 16.92,
>>>23.19, 26.74, 10.91, 25.24, 33.52, 25.45, 18.85, 20.45,
>>>26.67, 4.44, 7.94, 4.04, 4.4, 4.23, 4.36, 29.41, 30.72,
>>>32.92, 28.23, 23.35, 12, 38.87, 33.12, 39.15, 28.06, 38.23,
>>>26.65),nrow=6, ncol=6,
>>>dimnames=list(1:6,LETTERS[1:6]))
>>
>> Después del 4.33 aparece el 30.58 (inicio de la segunda columna)
>>
>> En la tabla:
>>
>> A B CD E F
>> 3.88 30.58 25.24 4.44 29.41 38.87
>> 5.64 30.14 33.52 7.94 30.72 33.12
>> 5.76 16.92 25.45 4.04 32.92 39.15
>> 4.25 23.19 18.85 4.40 28.23 28.06
>> 5.91 26.74 20.45 4.23 23.35 38.23
>> 6 4.33 10.91 26.67 4.36 12.00 26.65
>>
>> Hay un seis adicional al pie de la primera columna, en una especie de
>> columna 0 fantasma.
>>
>> Saludos.
>>
>>
>> El 11/12/19 a las 14:10, Jose Betancourt B. escribió:
>>> Estimados
>>>
>>> Este es el test de friedman que se logra asi
>>>
>>> library(PMCMR)
>>> y <- matrix(c( 3.88, 5.64, 5.76, 4.25, 5.91, 4.33, 30.58, 30.14, 16.92,
>>>23.19, 26.74, 10.91, 25.24, 33.52, 25.45, 18.85, 20.45,
>>>26.67, 4.44, 7.94, 4.04, 4.4, 4.23, 4.36, 29.41, 30.72,
>>>32.92, 28.23, 23.35, 12, 38.87, 33.12, 39.15, 28.06, 38.23,
>>>26.65),nrow=6, ncol=6,
>>>dimnames=list(1:6,LETTERS[1:6]))
>>> print(y)
>>> friedman.test(y)
>>> durbin.test(y)
>>>
>>> RESULTADO
>>> Friedman rank sum test
>>> data: y
>>> Friedman chi-squared = 23.333, df = 5, p-value = 0.0002915
>>>
>>>> durbin.test(y)
>>> Durbin rank sum test
>>> data: y
>>> Durbin chi-squared = 23.333, df = 5, p-value = 0.0002915
>>>
>>> ===
>>> Me pregunto porque no obtengo ese resultado al copiar en clipboard
>>> estos datos o al leerlos desde excel
>>>
>>>
>>>
>>> A B CD E F
>>> 3.88 30.58 25.24 4.44 29.41 38.87
>>> 5.64 30.14 33.52 7.94 30.72 33.12
>>> 5.76 16.92 25.45 4.04 32.92 39.15
>>> 4.25 23.19 18.85 4.40 28.23 28.06
>>> 5.91 26.74 20.45 4.23 23.35 38.23
>>> 6 4.33 10.91 26.67 4.36 12.00 26.65
>>>
>>> y <- read.table("clipboard", header = TRUE)
>>> y
>>>
>>> Me da esta información
>>> friedman.test(y)
>>> Error in friedman.test.default(y) :
>>>argument "groups" is missing, with no default
>>>
>>> EN RESUMEN QUISIERA LEER ESTOS DATOS DESDE EXCEL, CSV , TXT O
>>> CLIPBOARD Y QUE ME HAGA EL ANÁLISIS
>>>
>>> Saludos
>>> José
>>>
>>> ___
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>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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> Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt
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Re: [R-es] Friedman
Estimado, eliminé el 6 que sobra y sigue dando el mismo resultado
El 11/12/19, José Trujillo Carmona escribió:
> En la tabla inferior se ha colado un "6" al inicio de la fila, por eso
> al copia y pegar no se lee correctamente.
>
> En la orden:
>
>> y <- matrix(c( 3.88, 5.64, 5.76, 4.25, 5.91, 4.33, 30.58, 30.14, 16.92,
>>23.19, 26.74, 10.91, 25.24, 33.52, 25.45, 18.85, 20.45,
>>26.67, 4.44, 7.94, 4.04, 4.4, 4.23, 4.36, 29.41, 30.72,
>>32.92, 28.23, 23.35, 12, 38.87, 33.12, 39.15, 28.06, 38.23,
>>26.65),nrow=6, ncol=6,
>>dimnames=list(1:6,LETTERS[1:6]))
>
> Después del 4.33 aparece el 30.58 (inicio de la segunda columna)
>
> En la tabla:
>
> A B CD E F
> 3.88 30.58 25.24 4.44 29.41 38.87
> 5.64 30.14 33.52 7.94 30.72 33.12
> 5.76 16.92 25.45 4.04 32.92 39.15
> 4.25 23.19 18.85 4.40 28.23 28.06
> 5.91 26.74 20.45 4.23 23.35 38.23
> 6 4.33 10.91 26.67 4.36 12.00 26.65
>
> Hay un seis adicional al pie de la primera columna, en una especie de
> columna 0 fantasma.
>
> Saludos.
>
>
> El 11/12/19 a las 14:10, Jose Betancourt B. escribió:
>> Estimados
>>
>> Este es el test de friedman que se logra asi
>>
>> library(PMCMR)
>> y <- matrix(c( 3.88, 5.64, 5.76, 4.25, 5.91, 4.33, 30.58, 30.14, 16.92,
>>23.19, 26.74, 10.91, 25.24, 33.52, 25.45, 18.85, 20.45,
>>26.67, 4.44, 7.94, 4.04, 4.4, 4.23, 4.36, 29.41, 30.72,
>>32.92, 28.23, 23.35, 12, 38.87, 33.12, 39.15, 28.06, 38.23,
>>26.65),nrow=6, ncol=6,
>>dimnames=list(1:6,LETTERS[1:6]))
>> print(y)
>> friedman.test(y)
>> durbin.test(y)
>>
>> RESULTADO
>> Friedman rank sum test
>> data: y
>> Friedman chi-squared = 23.333, df = 5, p-value = 0.0002915
>>
>>> durbin.test(y)
>> Durbin rank sum test
>> data: y
>> Durbin chi-squared = 23.333, df = 5, p-value = 0.0002915
>>
>> ===
>> Me pregunto porque no obtengo ese resultado al copiar en clipboard
>> estos datos o al leerlos desde excel
>>
>>
>>
>> A B CD E F
>> 3.88 30.58 25.24 4.44 29.41 38.87
>> 5.64 30.14 33.52 7.94 30.72 33.12
>> 5.76 16.92 25.45 4.04 32.92 39.15
>> 4.25 23.19 18.85 4.40 28.23 28.06
>> 5.91 26.74 20.45 4.23 23.35 38.23
>> 6 4.33 10.91 26.67 4.36 12.00 26.65
>>
>> y <- read.table("clipboard", header = TRUE)
>> y
>>
>> Me da esta información
>> friedman.test(y)
>> Error in friedman.test.default(y) :
>>argument "groups" is missing, with no default
>>
>> EN RESUMEN QUISIERA LEER ESTOS DATOS DESDE EXCEL, CSV , TXT O
>> CLIPBOARD Y QUE ME HAGA EL ANÁLISIS
>>
>> Saludos
>> José
>>
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[R-es] Friedman
Estimados
Este es el test de friedman que se logra asi
library(PMCMR)
y <- matrix(c( 3.88, 5.64, 5.76, 4.25, 5.91, 4.33, 30.58, 30.14, 16.92,
23.19, 26.74, 10.91, 25.24, 33.52, 25.45, 18.85, 20.45,
26.67, 4.44, 7.94, 4.04, 4.4, 4.23, 4.36, 29.41, 30.72,
32.92, 28.23, 23.35, 12, 38.87, 33.12, 39.15, 28.06, 38.23,
26.65),nrow=6, ncol=6,
dimnames=list(1:6,LETTERS[1:6]))
print(y)
friedman.test(y)
durbin.test(y)
RESULTADO
Friedman rank sum test
data: y
Friedman chi-squared = 23.333, df = 5, p-value = 0.0002915
> durbin.test(y)
Durbin rank sum test
data: y
Durbin chi-squared = 23.333, df = 5, p-value = 0.0002915
===
Me pregunto porque no obtengo ese resultado al copiar en clipboard
estos datos o al leerlos desde excel
A B CD E F
3.88 30.58 25.24 4.44 29.41 38.87
5.64 30.14 33.52 7.94 30.72 33.12
5.76 16.92 25.45 4.04 32.92 39.15
4.25 23.19 18.85 4.40 28.23 28.06
5.91 26.74 20.45 4.23 23.35 38.23
6 4.33 10.91 26.67 4.36 12.00 26.65
y <- read.table("clipboard", header = TRUE)
y
Me da esta información
friedman.test(y)
Error in friedman.test.default(y) :
argument "groups" is missing, with no default
EN RESUMEN QUISIERA LEER ESTOS DATOS DESDE EXCEL, CSV , TXT O
CLIPBOARD Y QUE ME HAGA EL ANÁLISIS
Saludos
José
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[R-es] sjPlot
Estimados, no me funciona la librería sjPlot, la reinstalé y sigue igual ESTE ES EL ERROR library(sjPlot) Error: package or namespace load failed for ‘sjPlot’: object ‘principal_components’ is not exported by 'namespace:performance' ?pueden ayudar? SALUDOS JOSÉ ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
[R-es] SITREP
Estimados
ESTOY TRATANDO DE INSTALAR sitrep
install.packages("remotes")
remotes::install_github("R4EPI/sitrep"
PERO AL DINAL ME INFORMA ESTO
package ‘digest’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘raster’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘xfun’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘haven’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘curl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
Error: Failed to install 'sitrep' from GitHub:
(converted from warning) cannot remove prior installation of package ‘curl’
In addition: Warning messages:
1: In untar2(tarfile, files, list, exdir) :
skipping pax global extended headers
2: In untar2(tarfile, files, list, exdir) :
skipping pax global extended headers
?podrían ayudarme?
saludos
José
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[R-es] PANDOC
Estimados -Este paquete parece que saca un reporte bastante completo, a mi me da error y no comprendo porque,por favor audenme en esto library(DataExplorer) create_report(iris) create_report(airquality, y = "Ozone") error que me da Error: pandoc document conversion failed with error 99 TENGO INSTALADO PANDOC ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
[R-es] CJ
Estimados
A partir de estos datos
2011 2012 2013
Ampicillin23.00 27.40 31.8
Oxacillin 53.80 11.10 32.45
Peniclina46.10 5.50 13.6
Ciprofloxacina 7.60 14.40 13.6
Amikacina69.10 55.50 27.2
Gentamicina 54.70 38.80 31.8
Kanamicina 23.40 16.60 13.6
Ceftriaxone 7.60 44.4050.1
Ceftazidima 32.55 33.30 31.8
Cefotaxima 27.00 22.20 31.8
Cefazolina 32.30 55.60 9.01
Cefuroxima 7.60 5.50 36.3
Aztreonam7.60 11.10 4.5
Cloranfenicol 7.60 11.10 18.1
Vancomicina 15.30 33.30 4.5
Eritromicina 30.70 44.40 68.1
Clindamicina 20.65 27.70 13.6
Fosfomicina 14.60 11.10 18.1
Amoxicilina 20.15 22.20 18.1
Imipenem 7.60 6.05 4.5
Azitromicina 7.60 22.20 14.9
datos <- read.table("clipboard", header = TRUE)
Realizo este análisis
library(FactoMineR)
res.hcpc <- HCPC(datos, nb.clust=0, conso=0, min=2, max=5)
quisiera poder hacer exactamente el mismo análisis y obtener la misma
salida a partir de la lectura de los datos en un archivo csv, lo he
hecho y no me salen los nombres de los antibióticos debajo
Saludos cordiales
Aureliano
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[R] creating a funct
Dear i am develeping a function, first I attach r command and later r executer script, the conection fails and I do not realize why best regards 100 38 1 80 19 5 90 31 2 70 21 6 85 30 3 75 22 5 99 37 1 100 38 1 80 19 5 90 31 2 70 21 6 85 30 3 75 22 5 99 37 1__ R-help@r-project.org mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
