Re: [R-es] p values con LMER
Para obtener el pvalue de un t-test, lo que puedes hacer es (1-pt(abs(tval), df=dftval))*2 donde tval es el valor de tu estadístico t (el que te sale en el summary) y dftval son los grados de libertad del test. La discusión sobre los p-valores en los modelos mixtos tiene que ver con cómo estimar adecuadamente los grados de libertad. Una vez decidas cuántos grados de libertad tienes, ya lo tienes solucionado ... ;-) Saludos, Marcelino El 13/06/2014 14:05, José Luis Cañadas escribió: Existe discusión sobre el uso de los p-valores en modelos mixtos. Como se ha dicho antes, para mi lo más adecuado es comparar modelos mediante la función anova. Por Internet se puede encontrar un buen libro de Douglas Bates y en español, busca modelos mixtos con R de Luis Cayuela, enfocado hacia ecologÃa, pero está muy bien El 13/06/2014 14:00, Jorge I Velez jorgeivanve...@gmail.com escribió: Hola Miguel, 2014-06-13 21:50 GMT+10:00 Miguel Lázaro lazar...@yahoo.es: Hola Manuel lo he tratado de hacer pero me sale Error: unexpected string constante in: Creo que te falto una anova(a,as,test=Chisq) ^ debe ser anova(a, as, test = Chisq) Saludos, Jorge.- no tengo ni idea de por qué... Me resulta alucinante no poder contar ya con pvals.fnc. ¿Será imposible hacerse con ello? Saludos, Miguel El vie, 13/6/14, Manuel Azcárate mazcarategar...@gmail.com escribió: Asunto: Re: [R-es] p values con LMER Para: Miguel Lázaro lazar...@yahoo.es CC: r-help-es@r-project.org Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 13:21 Hola Miguel, Aunque algo más arduo que algún paquete que lo calcule directamente, yo lo que hago es crear un modelo reducido sin la variable de la que quiero saber el pvalor y compararlos mediante un test anova. El valor obtenido por esta comparación puede utilizarse con el pvalor de esa variable. Por ejemplo: Lm1=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + (1|word), data = x) Lm2= lmer(rt_ln ~ (Z_nsize * frebase_ln + (1|word), data = x) anova(Lm1,Lm2, test=Chisq) #Obtiens el pvalor de la variable fre_ln Lm3=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * frebase_ln + (1|word), data = x) anova(Lm1,Lm3, test=Chisq) #Obtiens el pvalor de la variable Z_nsize Espero que te sea de utilidad, Un saludo Manuel El 13 de junio de 2014, 12:25, Miguel Lázaro lazar...@yahoo.es escribió: Hola a todos, querÃa preguntaros un medio para obtener los valores p usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que me habÃan recomendado, pero por algún motivo no está ya disponible etc. Ésta es la función que tengo, pero da las t, sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores por encima de 2 son significativos necesito saber las p. resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + (1|word) data = x) (abreviado) = print (resultado, c=F) Fixed effects: Estimate Std. Error t value (Intercept)6.640496 0.034490 192.54 fre_ln-0.046880 0.008278 -5.66 Z_nsize0.005787 0.0088490.65 frebase_ln-0.009938 0.006670 -1.49 Z_wlength 14.239570 20.1025360.71 Z_slength 0.011011 0.0066921.65 Z_TF 0.009903 0.0088011.13 Z_prodctvsufij-0.005079 0.009052 -0.56 Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71 Zaverageres_1 0.018265 0.0091951.99 Zrootlengthres_1 10.954681 15.5111460.71 Saludos, Miguel ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es [[alternative HTML version deleted]] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es [[alternative HTML version deleted]] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Re: [R-es] p values con LMER
Sí, en efecto, aunque es muy extraño porque lo ahbía mirado. Me faltaba unas comillas. Ahora lo veo ahí bien claro. Como decís hay una enorme discusión sobre esto de los valores y supongo que si no los dan directamente en lmer será porque decidieron no hacerlo. En todo caso el tema de pvals.fnc, para lo que usamos la estadística a nivel usuario, estaba fenomenal. Utilizo el procedimiento que me habéis mostrado y quedo a la expectativa de que vuelva a estar disponible, o algo similar, lo anterior. ¡muchas gracias! Miguel El vie, 13/6/14, José Luis Cañadas canadasre...@gmail.com escribió: Asunto: Re: [R-es] p values con LMER Para: Jorge I Velez jorgeivanve...@gmail.com CC: Miguel Lázaro lazar...@yahoo.es, r-help-es r-help-es@r-project.org Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 14:05 Existe discusión sobre el uso de los p-valores en modelos mixtos. Como se ha dicho antes, para mi lo más adecuado es comparar modelos mediante la función anova. Por Internet se puede encontrar un buen libro de Douglas Bates y en español, busca modelos mixtos con R de Luis Cayuela, enfocado hacia ecología, pero está muy bien El 13/06/2014 14:00, Jorge I Velez jorgeivanve...@gmail.com escribió: Hola Miguel, 2014-06-13 21:50 GMT+10:00 Miguel Lázaro lazar...@yahoo.es: Hola Manuel lo he tratado de hacer pero me sale Error: unexpected string constante in: Creo que te falto una anova(a,as,test=Chisq) ^ debe ser anova(a, as, test = Chisq) Saludos, Jorge.- no tengo ni idea de por qué... Me resulta alucinante no poder contar ya con pvals.fnc. ¿Será imposible hacerse con ello? Saludos, Miguel El vie, 13/6/14, Manuel Azcárate mazcarategar...@gmail.com escribió: Asunto: Re: [R-es] p values con LMER Para: Miguel Lázaro lazar...@yahoo.es CC: r-help-es@r-project.org Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 13:21 Hola Miguel, Aunque algo más arduo que algún paquete que lo calcule directamente, yo lo que hago es crear un modelo reducido sin la variable de la que quiero saber el pvalor y compararlos mediante un test anova. El valor obtenido por esta comparación puede utilizarse con el pvalor de esa variable. Por ejemplo: Lm1=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + (1|word), data = x) Lm2= lmer(rt_ln ~ (Z_nsize * frebase_ln + (1|word), data = x) anova(Lm1,Lm2, test=Chisq) #Obtiens el pvalor de la variable fre_ln Lm3=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * frebase_ln + (1|word), data = x) anova(Lm1,Lm3, test=Chisq) #Obtiens el pvalor de la variable Z_nsize Espero que te sea de utilidad, Un saludo Manuel El 13 de junio de 2014, 12:25, Miguel Lázaro lazar...@yahoo.es escribió: Hola a todos, quería preguntaros un medio para obtener los valores p usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que me habían recomendado, pero por algún motivo no está ya disponible etc. Ésta es la función que tengo, pero da las t, sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores por encima de 2 son significativos necesito saber las p. resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + (1|word) data = x) (abreviado) = print (resultado, c=F) Fixed effects: Estimate Std. Error t value (Intercept) 6.640496 0.034490 192.54 fre_ln -0.046880 0.008278 -5.66 Z_nsize 0.005787 0.008849 0.65 frebase_ln -0.009938 0.006670 -1.49 Z_wlength 14.239570 20.102536 0.71 Z_slength 0.011011 0.006692 1.65 Z_TF 0.009903 0.008801 1.13 Z_prodctvsufij -0.005079 0.009052 -0.56 Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71 Zaverageres_1 0.018265 0.009195 1.99 Zrootlengthres_1 10.954681 15.511146 0.71 Saludos, Miguel ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es [[alternative HTML version deleted]] ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org
[R-es] Crear matriz binaria
Hola, Estoy tratando de crear una matriz cuadrada, binaria y no tengo idea por dónde comenzar. Los datos que tengo son patentes e inventores por patente, las patentes las identifico por su código y a los inventores por nombre y también los tengo codificados. Deseo hacer una matriz de nxn en donde los renglones son inventores de la A a la Z y columnas son los mismos inventores de la A a la Z, las entradas de la matriz corresponderán a 1 si el inventor A tiene una patente con el inventor K…L…M, cualquier otra situación será cero. Evidentemente la matriz debe tener ceros en la diagonal pues el inventor B no puede patentar algo con el inventor B. Pues bien, intenté hacerlo en excel con tablas dinámicas pero no me permite poner la misma variable (inventores) en renglones y columnas. Pensé que se puede hacer en R, pero no tengo idea por dónde empezar, nisiquiera cuál sería la mejor forma de ordenar los datos. Si pudieran ayudarme sugiréndome algún manual o algún ejemplo para comenzar, se los agradezco de antemano. Saludos. Rolando Valdez ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Re: [R-es] Crear matriz binaria
Hola, Esta es una tabla dinámica que cree, en donde los renglones son los inventores y las columnas son patentes, las entradas de la matriz tienen 1 en aquellos inventores que participan por patente. https://www.dropbox.com/s/b8gx0hei6w91ko0/tabla_din.xlsx Esta es otra tabla es un arreglo parecido al de arriba, sólo que los renglones son patentes y las columnas son número de inventores, tienen 1 en donde participan inventores en la patente. https://www.dropbox.com/s/xpi0hescm1xm58c/tabla_din2.xlsx Este es otro arreglo donde sólo hay tres columnas, patentes, número de inventor e inventor. https://www.dropbox.com/s/rmmgiswmbppt68w/datos_col.csv El 13/06/2014, a las 10:27, Jorge I Velez jorgeivanve...@gmail.com escribió: Hola Rolando, Podrias enviarnos una submatriz de esos datos? Quizas tusdatos[1:10, 1:10]? Creo que es mas facil trabajar sobre ello. Gracias, Jorge.- 2014-06-14 1:10 GMT+10:00 Rolando Valdez rvald...@gmail.com: Hola, no encuentro el momento en el que se relacionan los inventores, es decir, lo que relaciona a dos o más inventores es la patente. Primero, ¿cómo debo ordenar los datos? Tengo 1813 número de patentes, es decir, la matriz es de dimension 1813 x 1813. Tengo varios órdenes en los datos, por ejemplo, el primer arreglo es por patente, en las columnas tengo “no. de patente”, “inventor 1”, “inventor 2”, “inventor 3”…… “inventor 13”, y en las filas tengo números de patente. En las entradas tengo nombre del inventor. Otro arreglo que tengo es mediante una tabla dinámica que hice en donde tengo por columnas “nombre de inventor”, “inventor 1”, “inventor 2”……. “ inventor 13”. En los renglones tengo nombres de inventor y en las entradas tengo 1 y 0. Saludos. El 13/06/2014, a las 09:14, Jorge I Velez jorgeivanve...@gmail.com escribió: Hola Rolando, Podrias adaptar lo siguiente: set.seed(10) X - matrix(sample(0:1, 100, replace = TRUE), ncol = 10) colnames(X) - LETTERS[1:10] X Y - X = 1 Y - apply(Y, 2, as, numeric) #boolean matrix rownames(Y) - rownames(X) Z - t(Y) %*% Y #adjacency matrix Z[Z = 1] - 1 diag(Z) - 0 Z Saludos, Jorge.- 2014-06-14 0:08 GMT+10:00 Rolando Valdez rvald...@gmail.com: Hola, Estoy tratando de crear una matriz cuadrada, binaria y no tengo idea por dónde comenzar. Los datos que tengo son patentes e inventores por patente, las patentes las identifico por su código y a los inventores por nombre y también los tengo codificados. Deseo hacer una matriz de nxn en donde los renglones son inventores de la A a la Z y columnas son los mismos inventores de la A a la Z, las entradas de la matriz corresponderán a 1 si el inventor A tiene una patente con el inventor K…L…M, cualquier otra situación será cero. Evidentemente la matriz debe tener ceros en la diagonal pues el inventor B no puede patentar algo con el inventor B. Pues bien, intenté hacerlo en excel con tablas dinámicas pero no me permite poner la misma variable (inventores) en renglones y columnas. Pensé que se puede hacer en R, pero no tengo idea por dónde empezar, nisiquiera cuál sería la mejor forma de ordenar los datos. Si pudieran ayudarme sugiréndome algún manual o algún ejemplo para comenzar, se los agradezco de antemano. Saludos. Rolando Valdez ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es Rolando Valdez ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es Rolando Valdez ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
