[R-es] Grupo de Usuarios de R de Madrid - Reunión 2019_01_24...

2019-01-25 Por tema Carlos Ortega
Buenas a todos,

Ayer celebramos la primera reunión del año del Grupo de Usuarios de R de
Madrid.
Los videos de las presentaciones están disponibles en el portal aquí:

http://madrid.r-es.org/57-jueves-24-de-enero-2019/

Gracias!
Carlos.

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https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es


Re: [R-es] Error "valor ausente TRUE/FALSE..." en doble loop FOR

2019-01-25 Por tema Gemma Ruiz-Olalla
Hola Carlos y Xavier,

Muchas gracias, realmente los índices estaban mal y no tenía sentido porque
efectivamente no existía phen_tot$convergence[i][j].

Estamos arreglándolo ahora y pinta bien, gracias!

Saludos,

Gemma


El vie., 25 ene. 2019 a las 15:53, Carlos J. Gil Bellosta (<
gilbello...@gmail.com>) escribió:

> Hola, ¿qué tal?
>
> Si phen_tot es un DF, entonces no existe phen_tot$convergence[i][j]. A lo
> más, existe phen_tot$convergence[i], que es el i-ésimo elemento de la
> columna "convergence" de phen_tot. A saber cuál es la lógica que quieres
> implementar ahí.
>
> Un saludo,
>
> Carlos J. Gil Bellosta
> http://www.datanalytics.com
>
> El vie., 25 ene. 2019 a las 15:24, Xavier-Andoni Tibau Alberdi (<
> xaviti...@gmail.com>) escribió:
>
>> Buenas,
>>
>> puedes imprimir phen_tot$convergence[i][j], con diversas i i j, para ver
>> que te devuelve. también puedes usar type(phen_tot$convergence[i][j]) para
>> ver que tipo es. Entonces sabrás que tienes que poner en el oro lado del
>> if.
>>
>> Un saludo!
>>
>> Xavier Tibau
>>
>> Missatge de Gemma Ruiz-Olalla  del dia dv.,
>> 25 de gen. 2019 a les 15:06:
>>
>>> Hola Carlos,
>>>
>>> Gracias por la respuesta. phen_tot es un data frame visualizado como
>>> tibble, y contiene (entre otras) las columnas "convergence", "r_square" y
>>> "maxlog10mfi". Y queremos crear nuevas columnas, como "use",
>>> "convergence_cor", etc.
>>>
>>> phen_tot$convergence debería ser un factor de si el modelo converge o no
>>> (levels: 1 y 2), pero tibble lo tiene como "double". Pensamos que de ahí
>>> podía venir el error e intentamos cambiarlo a factor con "factor()" y con
>>> "as.factor()", pero nada funcionó. Creemos que no funcionó porque todos
>>> los
>>> valores que tenemos son 1, y no tenemos ningún 2, así que no lo detecta
>>> como nivel del factor. ¿Puede ser?
>>>
>>> Muchas gracias,
>>>
>>> Gemma
>>>
>>>
>>> El vie., 25 ene. 2019 a las 14:07, Carlos J. Gil Bellosta (<
>>> gilbello...@gmail.com>) escribió:
>>>
>>> > Hola, qué tal? Habría que ver qué contiene el objeto phen_tot, pero la
>>> > expresión
>>> > phen_tot$convergence[i][j]
>>> > es muy sospechosa. Qué estructura tiene phen_tot$convergence?
>>> >
>>> > Un saludo,
>>> >
>>> > Carlos J. Gil Bellosta
>>> >
>>> >
>>> > El vie., 25 ene. 2019 13:32, Gemma Ruiz-Olalla <
>>> gemma.ruizola...@gmail.com>
>>> > escribió:
>>> >
>>> >> Buenas tardes,
>>> >>
>>> >> Estamos intentando hacer esta función, y sabemos que el bucle
>>> funciona (lo
>>> >> hemos testeado). Pero nos da este error ya en la primera línea:
>>> >>
>>> >> "Error in if (phen_tot$convergence[i][j] == '2' ||
>>> phen_tot$r_square[i][j]
>>> >> <= : valor ausente donde TRUE/FALSE es necesario"
>>> >>
>>> >> Hemos evitado usar Tidyverse expresamente por la complejidad de la
>>> toma de
>>> >> decisiones del árbol; por eso queremos mantener los bucles "for".
>>> >>
>>> >> ¿Alguien nos puede echar una mano para ver qué falla?
>>> >>
>>> >>
>>> >> for(i in l_plates) {
>>> >>   for(j in l_analytes) {
>>> >>
>>> >>   # arguments
>>> >>   if(phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j]
>>> <=
>>> >> 0.9) {
>>> >>
>>> >> # first condition
>>> >> phen_tot$convergence_cor <- 'F'
>>> >> phen_tot$use <- 'F'
>>> >> phen_tot$ref_val <- 15000
>>> >>
>>> >> # second condition
>>> >> }else {phen_tot$convergence_cor[i][j] <- 'T'
>>> >> if(phen_tot$max_log10mfi[i][j] < log10(15000)){
>>> >> phen_tot$use[i][j] <- 'F'
>>> >> phen_tot$ref_val[i][j] <- 15000
>>> >>
>>> >> # third condition
>>> >> }else {phen_tot$use[i][j] <- 'T'
>>> >> phen_tot$ref_val[i][j] <- phen_tot$pred_log10mfi[i][j]
>>> >> }
>>> >> }
>>> >>  }
>>> >>   }
>>> >>
>>> >>
>>> >> Muchas gracias,
>>> >>
>>> >> --
>>> >> Gemma
>>> >>
>>> >> [[alternative HTML version deleted]]
>>> >>
>>> >> ___
>>> >> R-help-es mailing list
>>> >> R-help-es@r-project.org
>>> >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>> >>
>>> >
>>>
>>> [[alternative HTML version deleted]]
>>>
>>> ___
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>>> R-help-es@r-project.org
>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>>
>>
>
> --
> Un saludo,
>
> Carlos J. Gil Bellosta
> http://www.datanalytics.com
>

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Re: [R-es] Error "valor ausente TRUE/FALSE..." en doble loop FOR

2019-01-25 Por tema Carlos J. Gil Bellosta
Hola, ¿qué tal?

Si phen_tot es un DF, entonces no existe phen_tot$convergence[i][j]. A lo
más, existe phen_tot$convergence[i], que es el i-ésimo elemento de la
columna "convergence" de phen_tot. A saber cuál es la lógica que quieres
implementar ahí.

Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com

El vie., 25 ene. 2019 a las 15:24, Xavier-Andoni Tibau Alberdi (<
xaviti...@gmail.com>) escribió:

> Buenas,
>
> puedes imprimir phen_tot$convergence[i][j], con diversas i i j, para ver
> que te devuelve. también puedes usar type(phen_tot$convergence[i][j]) para
> ver que tipo es. Entonces sabrás que tienes que poner en el oro lado del
> if.
>
> Un saludo!
>
> Xavier Tibau
>
> Missatge de Gemma Ruiz-Olalla  del dia dv.,
> 25 de gen. 2019 a les 15:06:
>
>> Hola Carlos,
>>
>> Gracias por la respuesta. phen_tot es un data frame visualizado como
>> tibble, y contiene (entre otras) las columnas "convergence", "r_square" y
>> "maxlog10mfi". Y queremos crear nuevas columnas, como "use",
>> "convergence_cor", etc.
>>
>> phen_tot$convergence debería ser un factor de si el modelo converge o no
>> (levels: 1 y 2), pero tibble lo tiene como "double". Pensamos que de ahí
>> podía venir el error e intentamos cambiarlo a factor con "factor()" y con
>> "as.factor()", pero nada funcionó. Creemos que no funcionó porque todos
>> los
>> valores que tenemos son 1, y no tenemos ningún 2, así que no lo detecta
>> como nivel del factor. ¿Puede ser?
>>
>> Muchas gracias,
>>
>> Gemma
>>
>>
>> El vie., 25 ene. 2019 a las 14:07, Carlos J. Gil Bellosta (<
>> gilbello...@gmail.com>) escribió:
>>
>> > Hola, qué tal? Habría que ver qué contiene el objeto phen_tot, pero la
>> > expresión
>> > phen_tot$convergence[i][j]
>> > es muy sospechosa. Qué estructura tiene phen_tot$convergence?
>> >
>> > Un saludo,
>> >
>> > Carlos J. Gil Bellosta
>> >
>> >
>> > El vie., 25 ene. 2019 13:32, Gemma Ruiz-Olalla <
>> gemma.ruizola...@gmail.com>
>> > escribió:
>> >
>> >> Buenas tardes,
>> >>
>> >> Estamos intentando hacer esta función, y sabemos que el bucle funciona
>> (lo
>> >> hemos testeado). Pero nos da este error ya en la primera línea:
>> >>
>> >> "Error in if (phen_tot$convergence[i][j] == '2' ||
>> phen_tot$r_square[i][j]
>> >> <= : valor ausente donde TRUE/FALSE es necesario"
>> >>
>> >> Hemos evitado usar Tidyverse expresamente por la complejidad de la
>> toma de
>> >> decisiones del árbol; por eso queremos mantener los bucles "for".
>> >>
>> >> ¿Alguien nos puede echar una mano para ver qué falla?
>> >>
>> >>
>> >> for(i in l_plates) {
>> >>   for(j in l_analytes) {
>> >>
>> >>   # arguments
>> >>   if(phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j]
>> <=
>> >> 0.9) {
>> >>
>> >> # first condition
>> >> phen_tot$convergence_cor <- 'F'
>> >> phen_tot$use <- 'F'
>> >> phen_tot$ref_val <- 15000
>> >>
>> >> # second condition
>> >> }else {phen_tot$convergence_cor[i][j] <- 'T'
>> >> if(phen_tot$max_log10mfi[i][j] < log10(15000)){
>> >> phen_tot$use[i][j] <- 'F'
>> >> phen_tot$ref_val[i][j] <- 15000
>> >>
>> >> # third condition
>> >> }else {phen_tot$use[i][j] <- 'T'
>> >> phen_tot$ref_val[i][j] <- phen_tot$pred_log10mfi[i][j]
>> >> }
>> >> }
>> >>  }
>> >>   }
>> >>
>> >>
>> >> Muchas gracias,
>> >>
>> >> --
>> >> Gemma
>> >>
>> >> [[alternative HTML version deleted]]
>> >>
>> >> ___
>> >> R-help-es mailing list
>> >> R-help-es@r-project.org
>> >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>> >>
>> >
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
>> ___
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es@r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
>

-- 
Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com

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Re: [R-es] Error "valor ausente TRUE/FALSE..." en doble loop FOR

2019-01-25 Por tema Xavier-Andoni Tibau Alberdi
Buenas,

puedes imprimir phen_tot$convergence[i][j], con diversas i i j, para ver
que te devuelve. también puedes usar type(phen_tot$convergence[i][j]) para
ver que tipo es. Entonces sabrás que tienes que poner en el oro lado del
if.

Un saludo!

Xavier Tibau

Missatge de Gemma Ruiz-Olalla  del dia dv., 25
de gen. 2019 a les 15:06:

> Hola Carlos,
>
> Gracias por la respuesta. phen_tot es un data frame visualizado como
> tibble, y contiene (entre otras) las columnas "convergence", "r_square" y
> "maxlog10mfi". Y queremos crear nuevas columnas, como "use",
> "convergence_cor", etc.
>
> phen_tot$convergence debería ser un factor de si el modelo converge o no
> (levels: 1 y 2), pero tibble lo tiene como "double". Pensamos que de ahí
> podía venir el error e intentamos cambiarlo a factor con "factor()" y con
> "as.factor()", pero nada funcionó. Creemos que no funcionó porque todos los
> valores que tenemos son 1, y no tenemos ningún 2, así que no lo detecta
> como nivel del factor. ¿Puede ser?
>
> Muchas gracias,
>
> Gemma
>
>
> El vie., 25 ene. 2019 a las 14:07, Carlos J. Gil Bellosta (<
> gilbello...@gmail.com>) escribió:
>
> > Hola, qué tal? Habría que ver qué contiene el objeto phen_tot, pero la
> > expresión
> > phen_tot$convergence[i][j]
> > es muy sospechosa. Qué estructura tiene phen_tot$convergence?
> >
> > Un saludo,
> >
> > Carlos J. Gil Bellosta
> >
> >
> > El vie., 25 ene. 2019 13:32, Gemma Ruiz-Olalla <
> gemma.ruizola...@gmail.com>
> > escribió:
> >
> >> Buenas tardes,
> >>
> >> Estamos intentando hacer esta función, y sabemos que el bucle funciona
> (lo
> >> hemos testeado). Pero nos da este error ya en la primera línea:
> >>
> >> "Error in if (phen_tot$convergence[i][j] == '2' ||
> phen_tot$r_square[i][j]
> >> <= : valor ausente donde TRUE/FALSE es necesario"
> >>
> >> Hemos evitado usar Tidyverse expresamente por la complejidad de la toma
> de
> >> decisiones del árbol; por eso queremos mantener los bucles "for".
> >>
> >> ¿Alguien nos puede echar una mano para ver qué falla?
> >>
> >>
> >> for(i in l_plates) {
> >>   for(j in l_analytes) {
> >>
> >>   # arguments
> >>   if(phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j] <=
> >> 0.9) {
> >>
> >> # first condition
> >> phen_tot$convergence_cor <- 'F'
> >> phen_tot$use <- 'F'
> >> phen_tot$ref_val <- 15000
> >>
> >> # second condition
> >> }else {phen_tot$convergence_cor[i][j] <- 'T'
> >> if(phen_tot$max_log10mfi[i][j] < log10(15000)){
> >> phen_tot$use[i][j] <- 'F'
> >> phen_tot$ref_val[i][j] <- 15000
> >>
> >> # third condition
> >> }else {phen_tot$use[i][j] <- 'T'
> >> phen_tot$ref_val[i][j] <- phen_tot$pred_log10mfi[i][j]
> >> }
> >> }
> >>  }
> >>   }
> >>
> >>
> >> Muchas gracias,
> >>
> >> --
> >> Gemma
> >>
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> >>
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> >> R-help-es@r-project.org
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Re: [R-es] Error "valor ausente TRUE/FALSE..." en doble loop FOR

2019-01-25 Por tema Gemma Ruiz-Olalla
Hola Carlos,

Gracias por la respuesta. phen_tot es un data frame visualizado como
tibble, y contiene (entre otras) las columnas "convergence", "r_square" y
"maxlog10mfi". Y queremos crear nuevas columnas, como "use",
"convergence_cor", etc.

phen_tot$convergence debería ser un factor de si el modelo converge o no
(levels: 1 y 2), pero tibble lo tiene como "double". Pensamos que de ahí
podía venir el error e intentamos cambiarlo a factor con "factor()" y con
"as.factor()", pero nada funcionó. Creemos que no funcionó porque todos los
valores que tenemos son 1, y no tenemos ningún 2, así que no lo detecta
como nivel del factor. ¿Puede ser?

Muchas gracias,

Gemma


El vie., 25 ene. 2019 a las 14:07, Carlos J. Gil Bellosta (<
gilbello...@gmail.com>) escribió:

> Hola, qué tal? Habría que ver qué contiene el objeto phen_tot, pero la
> expresión
> phen_tot$convergence[i][j]
> es muy sospechosa. Qué estructura tiene phen_tot$convergence?
>
> Un saludo,
>
> Carlos J. Gil Bellosta
>
>
> El vie., 25 ene. 2019 13:32, Gemma Ruiz-Olalla 
> escribió:
>
>> Buenas tardes,
>>
>> Estamos intentando hacer esta función, y sabemos que el bucle funciona (lo
>> hemos testeado). Pero nos da este error ya en la primera línea:
>>
>> "Error in if (phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j]
>> <= : valor ausente donde TRUE/FALSE es necesario"
>>
>> Hemos evitado usar Tidyverse expresamente por la complejidad de la toma de
>> decisiones del árbol; por eso queremos mantener los bucles "for".
>>
>> ¿Alguien nos puede echar una mano para ver qué falla?
>>
>>
>> for(i in l_plates) {
>>   for(j in l_analytes) {
>>
>>   # arguments
>>   if(phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j] <=
>> 0.9) {
>>
>> # first condition
>> phen_tot$convergence_cor <- 'F'
>> phen_tot$use <- 'F'
>> phen_tot$ref_val <- 15000
>>
>> # second condition
>> }else {phen_tot$convergence_cor[i][j] <- 'T'
>> if(phen_tot$max_log10mfi[i][j] < log10(15000)){
>> phen_tot$use[i][j] <- 'F'
>> phen_tot$ref_val[i][j] <- 15000
>>
>> # third condition
>> }else {phen_tot$use[i][j] <- 'T'
>> phen_tot$ref_val[i][j] <- phen_tot$pred_log10mfi[i][j]
>> }
>> }
>>  }
>>   }
>>
>>
>> Muchas gracias,
>>
>> --
>> Gemma
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
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>>
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Re: [R-es] Error "valor ausente TRUE/FALSE..." en doble loop FOR

2019-01-25 Por tema Carlos J. Gil Bellosta
Hola, qué tal? Habría que ver qué contiene el objeto phen_tot, pero la
expresión
phen_tot$convergence[i][j]
es muy sospechosa. Qué estructura tiene phen_tot$convergence?

Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta


El vie., 25 ene. 2019 13:32, Gemma Ruiz-Olalla 
escribió:

> Buenas tardes,
>
> Estamos intentando hacer esta función, y sabemos que el bucle funciona (lo
> hemos testeado). Pero nos da este error ya en la primera línea:
>
> "Error in if (phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j]
> <= : valor ausente donde TRUE/FALSE es necesario"
>
> Hemos evitado usar Tidyverse expresamente por la complejidad de la toma de
> decisiones del árbol; por eso queremos mantener los bucles "for".
>
> ¿Alguien nos puede echar una mano para ver qué falla?
>
>
> for(i in l_plates) {
>   for(j in l_analytes) {
>
>   # arguments
>   if(phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j] <=
> 0.9) {
>
> # first condition
> phen_tot$convergence_cor <- 'F'
> phen_tot$use <- 'F'
> phen_tot$ref_val <- 15000
>
> # second condition
> }else {phen_tot$convergence_cor[i][j] <- 'T'
> if(phen_tot$max_log10mfi[i][j] < log10(15000)){
> phen_tot$use[i][j] <- 'F'
> phen_tot$ref_val[i][j] <- 15000
>
> # third condition
> }else {phen_tot$use[i][j] <- 'T'
> phen_tot$ref_val[i][j] <- phen_tot$pred_log10mfi[i][j]
> }
> }
>  }
>   }
>
>
> Muchas gracias,
>
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> Gemma
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[R-es] Error "valor ausente TRUE/FALSE..." en doble loop FOR

2019-01-25 Por tema Gemma Ruiz-Olalla
Buenas tardes,

Estamos intentando hacer esta función, y sabemos que el bucle funciona (lo
hemos testeado). Pero nos da este error ya en la primera línea:

"Error in if (phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j]
<= : valor ausente donde TRUE/FALSE es necesario"

Hemos evitado usar Tidyverse expresamente por la complejidad de la toma de
decisiones del árbol; por eso queremos mantener los bucles "for".

¿Alguien nos puede echar una mano para ver qué falla?


for(i in l_plates) {
  for(j in l_analytes) {

  # arguments
  if(phen_tot$convergence[i][j] == '2' || phen_tot$r_square[i][j] <=
0.9) {

# first condition
phen_tot$convergence_cor <- 'F'
phen_tot$use <- 'F'
phen_tot$ref_val <- 15000

# second condition
}else {phen_tot$convergence_cor[i][j] <- 'T'
if(phen_tot$max_log10mfi[i][j] < log10(15000)){
phen_tot$use[i][j] <- 'F'
phen_tot$ref_val[i][j] <- 15000

# third condition
}else {phen_tot$use[i][j] <- 'T'
phen_tot$ref_val[i][j] <- phen_tot$pred_log10mfi[i][j]
}
}
 }
  }


Muchas gracias,

-- 
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