Re: [R-es] Problemas calculo muertes acumuladas mundo COVID-19 dplyr
Hola,
Mira la fecha, porque no tiene formato "Date", si no "character" y eso te
puede estar creando problemas.
Otra alternativa con data.table
#
library(data.table)
library(lubridate)
datdt <- as.data.table(datos)
datdt[ , fecha := dmy(dateRep)]
datdt[ , .(cas_cum = cumsum(cases)), by = .(fecha)][ , head(.SD[.N]), by =
.(fecha)]
#--
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El dom., 3 may. 2020 a las 20:41, Javier Gómez Gonzalez (<
zaraga...@gmail.com>) escribió:
> Hola a todos:
> Tengo problemas para calcular los casos acumulados y las muertes acumuladas
> para el mundo a partir de los datos diarios por paises de casos y muertes
> Los datos los estoy descargando del European Centre for Disease Prevention
> and Control
>
> library(utils)
> library(httr)
> GET("https://opendata.ecdc.europa.eu/covid19/casedistribution/csv";,
> authenticate(":", ":", type="ntlm"), write_disk(tf <- tempfile(fileext
> = ".csv")))
>
> # Creamos un dataframe con los datos descargados
> datos <- read.csv(tf)
>
> El ejemplo es para el 01-05-2020
> Lo que estoy haciendo es lo siguiente:
>
> # Calculamos las muertes acumuladas y los casos acumulados por países
> names(mundo)
> mundo_1 <- mundo %>%
> group_by(pais) %>%
> mutate(casos_totales=cumsum(casos_dia),
>muertes_totales=cumsum(muertes_dia) )%>% ungroup()
>
> # Creamos las variables casos dia, casos totales,
> # muertes dia y muertes totales por fecha
> mundo_2 <- mundo_1 %>%
> group_by(fecha) %>%
> summarise(casos_dia=sum(casos_dia),
> casos_totales=sum(casos_totales,na.rm=T),
> muertes_dia=sum(muertes_dia),
> muertes_totales=sum(muertes_totales)) %>% ungroup()
>
> Y el problema que tengo es que para el 30-04-2020 los valores acumulados
> son menores que para el 29-04-2020
>
>
> * fecha*
>
> *casos_dia*
>
> *casos_totales*
>
> *muertes_dia*
>
> *muertes_totales*
>
> *123*
>
> 2020-05-01
>
> 83466
>
> 3213554
>
> 5519
>
> 232563
>
> *122*
>
> 2020-04-30
>
> 76380
>
> *2917171*
>
> *6412*
>
> 202769
>
> *121*
>
> 2020-04-29
>
> 72977
>
> 3053708
>
> 6513
>
> 220632
>
> *120*
>
> 2020-04-28
>
> 65432
>
> 2980731
>
> 4897
>
> 214119
>
> *119*
>
> 2020-04-27
>
> 83536
>
> 2915299
>
> 3926
>
> 209222
>
> *118*
>
> 2020-04-26
>
> 101716
>
> 2831763
>
> 6249
>
> 205296
>
>
>
> Muchas gracias
>
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>
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> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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Carlos Ortega
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Re: [R-es] Problemas calculo muertes acumuladas mundo COVID-19 dplyr
Hola Javier:
Igual te resulta más fácil así:
mundo <-aggregate(datos$deaths, by=list(factor(datos$day)), FUN=sum)
mundo$suma_acumulada<- cumsum(mundo$x)
mundo
Un saludo,
Marcelino
El 03/05/2020 a las 20:39, Javier Gómez Gonzalez escribió:
Hola a todos:
Tengo problemas para calcular los casos acumulados y las muertes acumuladas
para el mundo a partir de los datos diarios por paises de casos y muertes
Los datos los estoy descargando del European Centre for Disease Prevention
and Control
library(utils)
library(httr)
GET("https://opendata.ecdc.europa.eu/covid19/casedistribution/csv";,
authenticate(":", ":", type="ntlm"), write_disk(tf <- tempfile(fileext
= ".csv")))
# Creamos un dataframe con los datos descargados
datos <- read.csv(tf)
El ejemplo es para el 01-05-2020
Lo que estoy haciendo es lo siguiente:
# Calculamos las muertes acumuladas y los casos acumulados por países
names(mundo)
mundo_1 <- mundo %>%
group_by(pais) %>%
mutate(casos_totales=cumsum(casos_dia),
muertes_totales=cumsum(muertes_dia) )%>% ungroup()
# Creamos las variables casos dia, casos totales,
# muertes dia y muertes totales por fecha
mundo_2 <- mundo_1 %>%
group_by(fecha) %>%
summarise(casos_dia=sum(casos_dia),
casos_totales=sum(casos_totales,na.rm=T),
muertes_dia=sum(muertes_dia),
muertes_totales=sum(muertes_totales)) %>% ungroup()
Y el problema que tengo es que para el 30-04-2020 los valores acumulados
son menores que para el 29-04-2020
* fecha*
*casos_dia*
*casos_totales*
*muertes_dia*
*muertes_totales*
*123*
2020-05-01
83466
3213554
5519
232563
*122*
2020-04-30
76380
*2917171*
*6412*
202769
*121*
2020-04-29
72977
3053708
6513
220632
*120*
2020-04-28
65432
2980731
4897
214119
*119*
2020-04-27
83536
2915299
3926
209222
*118*
2020-04-26
101716
2831763
6249
205296
Muchas gracias
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Marcelino de la Cruz Rot
Depto. de Biología y Geología
Física y Química Inorgánica
Universidad Rey Juan Carlos
Móstoles España
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[R-es] Problemas calculo muertes acumuladas mundo COVID-19 dplyr
Hola a todos:
Tengo problemas para calcular los casos acumulados y las muertes acumuladas
para el mundo a partir de los datos diarios por paises de casos y muertes
Los datos los estoy descargando del European Centre for Disease Prevention
and Control
library(utils)
library(httr)
GET("https://opendata.ecdc.europa.eu/covid19/casedistribution/csv";,
authenticate(":", ":", type="ntlm"), write_disk(tf <- tempfile(fileext
= ".csv")))
# Creamos un dataframe con los datos descargados
datos <- read.csv(tf)
El ejemplo es para el 01-05-2020
Lo que estoy haciendo es lo siguiente:
# Calculamos las muertes acumuladas y los casos acumulados por países
names(mundo)
mundo_1 <- mundo %>%
group_by(pais) %>%
mutate(casos_totales=cumsum(casos_dia),
muertes_totales=cumsum(muertes_dia) )%>% ungroup()
# Creamos las variables casos dia, casos totales,
# muertes dia y muertes totales por fecha
mundo_2 <- mundo_1 %>%
group_by(fecha) %>%
summarise(casos_dia=sum(casos_dia),
casos_totales=sum(casos_totales,na.rm=T),
muertes_dia=sum(muertes_dia),
muertes_totales=sum(muertes_totales)) %>% ungroup()
Y el problema que tengo es que para el 30-04-2020 los valores acumulados
son menores que para el 29-04-2020
* fecha*
*casos_dia*
*casos_totales*
*muertes_dia*
*muertes_totales*
*123*
2020-05-01
83466
3213554
5519
232563
*122*
2020-04-30
76380
*2917171*
*6412*
202769
*121*
2020-04-29
72977
3053708
6513
220632
*120*
2020-04-28
65432
2980731
4897
214119
*119*
2020-04-27
83536
2915299
3926
209222
*118*
2020-04-26
101716
2831763
6249
205296
Muchas gracias
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