Re: [R-es] R pred
Estimado José
Hay que leer mucho esa librería, funciona distinto a la regla general, por
ejemplo, recién realizo un modelo lineal con solo diez números, del uno al
cinco y semejantes con decimales, una tontería, pero su utilizo la función
summary() hay parámetros, a los cuáles puedo acceder utilizando el símbolo $,
sin embargo esto no se da resultado en EpiModel, posiblemente por esa razón no
anda la predicción.
Seguramente en la documentación hay algún ejemplo, o el autor explica la
fórmula o algoritmo utilizado en el cálculo, lo que haría posible calcular
según sus requerimientos.
Mire este ejemplo, por la cuál la regla general de R no funciona, pero alguna
forma muy específica debe haber, lo cuál yo desconozco.
> summary(modelo)
Call:
lm(formula = datos)
Residuals:
1 2 3 4 5
0.007605 0.095057 -0.121673 -0.338403 0.357414
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) -2.9620 0.5846 -5.067 0.01484 *
x 3.0418 0.2904 10.474 0.00186 **
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Residual standard error: 0.2979 on 3 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.9734,Adjusted R-squared: 0.9645
F-statistic: 109.7 on 1 and 3 DF, p-value: 0.001858
> summary(mod2)
Error in summary.dcm(mod2) : Specify at between 1 and 10
Javier Rubén Marcuzzi
> El 24 may. 2023, a las 10:02, Jose Betancourt Bethencourt
> escribió:
>
> Otro ejemplo
> Se está realizando vigilancia epidemiológica y al décimo día se
> observa esta situación. Se necesita hacer un pronóstico de este brote
> durante 10 días más
>
>
> library(EpiModel)
> param <- param.dcm(inf.prob = 0.2, act.rate = 5,
> rec.rate = 1/5, a.rate = 1/90, ds.rate = 1/100,
> di.rate = 1/35, dr.rate = 1/100)
> init <- init.dcm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0)
> control <- control.dcm(type = "SIR", nsteps = 10)
> mod2 <- dcm(param, init, control)
> mod2
> plot(mod2)
>
>
> El 24/5/23, Javier Marcuzzi escribió:
>> José
>>
>> Envié antes el correo
>>
>> El código anda, yo tendría que estudiarlo, pero, posiblemente no funcione
>> predict porque no está pensado para eso, pero podría calcularlo, sin saber
>> como, posiblemente desde tiempo, su gráfica da 500 en tiempo. Pero no
>> trabajo sobre esa librería, opinar de mi parte sería absurdo.
>>
>> Javier Marcuzzi
>>
>>> El 24 may. 2023, a las 08:39, Jose Betancourt Bethencourt
>>> escribió:
>>>
>>> Quisiéramos agregar predicción para siete días a este modelo :
>>> library(EpiModel)
>>>
>>> param <- param.dcm(inf.prob = 0.2, act.rate = 5,
>>> rec.rate = 1/3, a.rate = 1/90, ds.rate = 1/100,
>>> di.rate = 1/35, dr.rate = 1/100)
>>> init <- init.dcm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0)
>>> control <- control.dcm(type = "SIR", nsteps = 500)
>>> mod2 <- dcm(param, init, control)
>>> mod2
>>> plot(mod2)
>>>
>>> El 24/5/23, Javier Marcuzzi escribió:
Estimado José Betancourt
Corrí si código en Mac, el mensaje que me da a mí es el siguiente:
Error in UseMethod("predict") :
no applicable method for 'predict' applied to an object of class "icm"
No sabría más que decir.
Javier Rubén Marcuzzi
> El 24 may. 2023, a las 08:23, Jose Betancourt Bethencourt
> escribió:
>
> library(EpiModel)
>
> # Definir los parámetros iniciales
> param <- param.icm(inf.prob = 0.2, act.rate = 0.25, rec.rate = 1/50)
>
> # Definir las condiciones iniciales
> init <- init.icm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0)
>
> # Definir las opciones de control
> control <- control.icm(type = "SIR", nsteps = 500, nsims = 10)
>
> # Crear el modelo original
> mod1 <- icm(param, init, control)
>
> # Ajustar los parámetros para reflejar la situación actual
> param2 <- param.icm(inf.prob = 0.3, act.rate = 0.3, rec.rate = 1/40)
>
> # Crear un nuevo modelo conlos nuevos parámetros
> mod2 <- icm(param2, init, control)
>
> # Generar predicciones para los próximos 7 días
> pred <- predict(mod2, times = 501:508, nsims = 100)
>
> # Graficar las predicciones
> plot(pred)
>>>
>>>
>>> --
>>> Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt
>>> Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay
>>
>>
>
>
> --
> Dr. Jose A. Betancourt Bethencourt
> Universidad de Ciencias Medicas Carlos j. Finlay
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Re: [R-es] R pred
Otro ejemplo
Se está realizando vigilancia epidemiológica y al décimo día se
observa esta situación. Se necesita hacer un pronóstico de este brote
durante 10 días más
library(EpiModel)
param <- param.dcm(inf.prob = 0.2, act.rate = 5,
rec.rate = 1/5, a.rate = 1/90, ds.rate = 1/100,
di.rate = 1/35, dr.rate = 1/100)
init <- init.dcm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0)
control <- control.dcm(type = "SIR", nsteps = 10)
mod2 <- dcm(param, init, control)
mod2
plot(mod2)
El 24/5/23, Javier Marcuzzi escribió:
> José
>
> Envié antes el correo
>
> El código anda, yo tendría que estudiarlo, pero, posiblemente no funcione
> predict porque no está pensado para eso, pero podría calcularlo, sin saber
> como, posiblemente desde tiempo, su gráfica da 500 en tiempo. Pero no
> trabajo sobre esa librería, opinar de mi parte sería absurdo.
>
> Javier Marcuzzi
>
>> El 24 may. 2023, a las 08:39, Jose Betancourt Bethencourt
>> escribió:
>>
>> Quisiéramos agregar predicción para siete días a este modelo :
>> library(EpiModel)
>>
>> param <- param.dcm(inf.prob = 0.2, act.rate = 5,
>> rec.rate = 1/3, a.rate = 1/90, ds.rate = 1/100,
>> di.rate = 1/35, dr.rate = 1/100)
>> init <- init.dcm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0)
>> control <- control.dcm(type = "SIR", nsteps = 500)
>> mod2 <- dcm(param, init, control)
>> mod2
>> plot(mod2)
>>
>> El 24/5/23, Javier Marcuzzi escribió:
>>> Estimado José Betancourt
>>>
>>> Corrí si código en Mac, el mensaje que me da a mí es el siguiente:
>>>
>>> Error in UseMethod("predict") :
>>> no applicable method for 'predict' applied to an object of class "icm"
>>>
>>> No sabría más que decir.
>>>
>>> Javier Rubén Marcuzzi
>>>
El 24 may. 2023, a las 08:23, Jose Betancourt Bethencourt
escribió:
library(EpiModel)
# Definir los parámetros iniciales
param <- param.icm(inf.prob = 0.2, act.rate = 0.25, rec.rate = 1/50)
# Definir las condiciones iniciales
init <- init.icm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0)
# Definir las opciones de control
control <- control.icm(type = "SIR", nsteps = 500, nsims = 10)
# Crear el modelo original
mod1 <- icm(param, init, control)
# Ajustar los parámetros para reflejar la situación actual
param2 <- param.icm(inf.prob = 0.3, act.rate = 0.3, rec.rate = 1/40)
# Crear un nuevo modelo conlos nuevos parámetros
mod2 <- icm(param2, init, control)
# Generar predicciones para los próximos 7 días
pred <- predict(mod2, times = 501:508, nsims = 100)
# Graficar las predicciones
plot(pred)
>>>
>>>
>>
>>
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Re: [R-es] R pred
José
Envié antes el correo
El código anda, yo tendría que estudiarlo, pero, posiblemente no funcione
predict porque no está pensado para eso, pero podría calcularlo, sin saber
como, posiblemente desde tiempo, su gráfica da 500 en tiempo. Pero no trabajo
sobre esa librería, opinar de mi parte sería absurdo.
Javier Marcuzzi
> El 24 may. 2023, a las 08:39, Jose Betancourt Bethencourt
> escribió:
>
> Quisiéramos agregar predicción para siete días a este modelo :
> library(EpiModel)
>
> param <- param.dcm(inf.prob = 0.2, act.rate = 5,
> rec.rate = 1/3, a.rate = 1/90, ds.rate = 1/100,
> di.rate = 1/35, dr.rate = 1/100)
> init <- init.dcm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0)
> control <- control.dcm(type = "SIR", nsteps = 500)
> mod2 <- dcm(param, init, control)
> mod2
> plot(mod2)
>
> El 24/5/23, Javier Marcuzzi escribió:
>> Estimado José Betancourt
>>
>> Corrí si código en Mac, el mensaje que me da a mí es el siguiente:
>>
>> Error in UseMethod("predict") :
>> no applicable method for 'predict' applied to an object of class "icm"
>>
>> No sabría más que decir.
>>
>> Javier Rubén Marcuzzi
>>
>>> El 24 may. 2023, a las 08:23, Jose Betancourt Bethencourt
>>> escribió:
>>>
>>> library(EpiModel)
>>>
>>> # Definir los parámetros iniciales
>>> param <- param.icm(inf.prob = 0.2, act.rate = 0.25, rec.rate = 1/50)
>>>
>>> # Definir las condiciones iniciales
>>> init <- init.icm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0)
>>>
>>> # Definir las opciones de control
>>> control <- control.icm(type = "SIR", nsteps = 500, nsims = 10)
>>>
>>> # Crear el modelo original
>>> mod1 <- icm(param, init, control)
>>>
>>> # Ajustar los parámetros para reflejar la situación actual
>>> param2 <- param.icm(inf.prob = 0.3, act.rate = 0.3, rec.rate = 1/40)
>>>
>>> # Crear un nuevo modelo conlos nuevos parámetros
>>> mod2 <- icm(param2, init, control)
>>>
>>> # Generar predicciones para los próximos 7 días
>>> pred <- predict(mod2, times = 501:508, nsims = 100)
>>>
>>> # Graficar las predicciones
>>> plot(pred)
>>
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Re: [R-es] R pred
Quisiéramos agregar predicción para siete días a este modelo : library(EpiModel)
param <- param.dcm(inf.prob = 0.2, act.rate = 5,
rec.rate = 1/3, a.rate = 1/90, ds.rate = 1/100,
di.rate = 1/35, dr.rate = 1/100)
init <- init.dcm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0)
control <- control.dcm(type = "SIR", nsteps = 500)
mod2 <- dcm(param, init, control)
mod2
plot(mod2)
El 24/5/23, Javier Marcuzzi escribió:
> Estimado José Betancourt
>
> Corrí si código en Mac, el mensaje que me da a mí es el siguiente:
>
> Error in UseMethod("predict") :
> no applicable method for 'predict' applied to an object of class "icm"
>
> No sabría más que decir.
>
> Javier Rubén Marcuzzi
>
>> El 24 may. 2023, a las 08:23, Jose Betancourt Bethencourt
>> escribió:
>>
>> library(EpiModel)
>>
>> # Definir los parámetros iniciales
>> param <- param.icm(inf.prob = 0.2, act.rate = 0.25, rec.rate = 1/50)
>>
>> # Definir las condiciones iniciales
>> init <- init.icm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0)
>>
>> # Definir las opciones de control
>> control <- control.icm(type = "SIR", nsteps = 500, nsims = 10)
>>
>> # Crear el modelo original
>> mod1 <- icm(param, init, control)
>>
>> # Ajustar los parámetros para reflejar la situación actual
>> param2 <- param.icm(inf.prob = 0.3, act.rate = 0.3, rec.rate = 1/40)
>>
>> # Crear un nuevo modelo conlos nuevos parámetros
>> mod2 <- icm(param2, init, control)
>>
>> # Generar predicciones para los próximos 7 días
>> pred <- predict(mod2, times = 501:508, nsims = 100)
>>
>> # Graficar las predicciones
>> plot(pred)
>
>
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Re: [R-es] R pred
Estimado José Betancourt
Corrí si código en Mac, el mensaje que me da a mí es el siguiente:
Error in UseMethod("predict") :
no applicable method for 'predict' applied to an object of class "icm"
No sabría más que decir.
Javier Rubén Marcuzzi
> El 24 may. 2023, a las 08:23, Jose Betancourt Bethencourt
> escribió:
>
> library(EpiModel)
>
> # Definir los parámetros iniciales
> param <- param.icm(inf.prob = 0.2, act.rate = 0.25, rec.rate = 1/50)
>
> # Definir las condiciones iniciales
> init <- init.icm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0)
>
> # Definir las opciones de control
> control <- control.icm(type = "SIR", nsteps = 500, nsims = 10)
>
> # Crear el modelo original
> mod1 <- icm(param, init, control)
>
> # Ajustar los parámetros para reflejar la situación actual
> param2 <- param.icm(inf.prob = 0.3, act.rate = 0.3, rec.rate = 1/40)
>
> # Crear un nuevo modelo conlos nuevos parámetros
> mod2 <- icm(param2, init, control)
>
> # Generar predicciones para los próximos 7 días
> pred <- predict(mod2, times = 501:508, nsims = 100)
>
> # Graficar las predicciones
> plot(pred)
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Estimados Quisiera saber porque el modelo siguiente no me hace las predicciones -- library(EpiModel) # Definir los parámetros iniciales param <- param.icm(inf.prob = 0.2, act.rate = 0.25, rec.rate = 1/50) # Definir las condiciones iniciales init <- init.icm(s.num = 500, i.num = 1, r.num = 0) # Definir las opciones de control control <- control.icm(type = "SIR", nsteps = 500, nsims = 10) # Crear el modelo original mod1 <- icm(param, init, control) # Ajustar los parámetros para reflejar la situación actual param2 <- param.icm(inf.prob = 0.3, act.rate = 0.3, rec.rate = 1/40) # Crear un nuevo modelo conlos nuevos parámetros mod2 <- icm(param2, init, control) # Generar predicciones para los próximos 7 días pred <- predict(mod2, times = 501:508, nsims = 100) # Graficar las predicciones plot(pred) saludos José ___ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
