Re: [R-es] igraph o network

2015-12-03 Por tema Javier Rubén Marcuzzi 
Algo pude avanzar, no con fastgreedy.community, pero otros algoritmos procesan, 
claro que tengo que estudiar lo que informan porque puede ser que la parte 
biológica no tenga nada que ver, un algoritmo me mezcla razas con drogas. Por 
otro lado el número de grupos es muy alto, o dicho de otra forma, no me resume 
los datos, posiblemente si tengo 100 veces mas de información el proceso 
estadístico y los resultados tengan un sentido.

> cluster_louvain(udatos)
IGRAPH clustering multi level, groups: 180, mod: 0.51
+ groups:
  $`1`
  [1] "60"
  
  $`2`
  [1] "122"
  
  $`3`
  [1] "173"
  
  $`4`
  + ... omitted several groups/vertices
> cluster_leading_eigen(udatos)
IGRAPH clustering leading eigenvector, groups: 181, mod: 0.45
+ groups:
  $`1`
  [1] "7"   "Cocker"  "Caniche" "Tobramicina"
  
  $`2`
  [1] "60"
  
  $`3`
  [1] "122"
  
  $`4`
  + ... omitted several groups/vertices


Javier Rubén Marcuzzi
Técnico en Industrias Lácteas
Veterinario



De: Javier Rubén Marcuzzi
Enviado: jueves, 3 de diciembre de 2015 7:29
Para: Carlos J. Gil Bellosta 
CC: R-help-es@r-project.org
Asunto: RE: [R-es] igraph o network


Estimado Carlos J. Gil Bellosta

Muchas gracias, hay un progreso pero …, por pasos.

Los datos no son muchos, los tomé de los casos clínicos de oftalmología 
veterinaria en el hospital de la facultad, dos años de escribir a mano, estoy 
trabajando para informatizarlo pero aún falta (me interesa que sirva para 
almacenar datos para analizar pero también que sea útil para asistir al 
veterinario en la clínica, la computadora al servicio y no el veterinario al 
servicio de la computadora). Son pocos datos, pero pude acceder a los pacientes 
y desde estos construir.

Networrk o igraph, en cuatro oportunidades los utilicé, dos veces cada uno, 
igraph me parece más completo, pero network no me parece “quedado”, el libro 
Statical Analysis of Network Data with R (2014), tiene mucho con igraph pero 
hay una parte donde convierte de igraph a network, porque la forma de acomodar 
los datos es tomada por otros paquetes.

Utilicé su sugerencia, hay un avance, pero me aparece otro problema. Copio y 
pego, udatos es undirected datos, datos.network es la fuente para el primero, 
es decir udatos <-as.undirected(datos.network).

> fastgreedy.community(udatos)
Error in .Call("R_igraph_community_fastgreedy", graph, as.logical(merges),  : 
  At fast_community.c:553 : fast-greedy community finding works only on graphs 
without multiple edges, Invalid value
> fastgreedy.community(datos.network)
Error in .Call("R_igraph_community_fastgreedy", graph, as.logical(merges),  : 
  At fast_community.c:538 : fast greedy community detection works for 
undirected graphs only, Unimplemented function call
Tengo que pensar only on graphs without multiple edges, Invalid value



Javier Rubén Marcuzzi
Técnico en Industrias Lácteas
Veterinario



De: Carlos J. Gil Bellosta 
Enviado: miércoles, 2 de diciembre de 2015 20:20
Para: Javier Rubén Marcuzzi
CC: R-help-es@r-project.org
Asunto: Re: [R-es] igraph o network


Hola, ¿qué tal?

Yo siempre he usado igraph. Debería serte suficiente para casi todos
los fines habituales. Tu red es pequeña, además.

El problema que tienes con ese algoritmo está indicado en el mensaje
de error: "detection works for undirected graph only". Tu grafo está
dirigido (¿tiene que estarlo?). Igual quieres que tu grafo no esté
dirigido. Tienes la función as.undirected para transformarlo en uno de
ese tipo.

Salud,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com

El día 2 de diciembre de 2015, 12:55, Javier Rubén Marcuzzi
<javier.ruben.marcu...@gmail.com> escribió:
> Estimados, estoy “jugando” con unos datos clínicos donde realizo un análisis 
> de redes, utilicé igraph como nerwork, pero finalmente uso igraph (creo que 
> tiene más opciónes).
>
> Son algo de 200 nodos y algo más de 2000 relaciones. Puedo graficarlos.
>
> Los datos están de la siguiente forma, por ejemplo, individuo, patología, 
> (las dos primeras columnas son la relación), luego un fármaco, el grupo 
> farmacológico, el grupo de patología, etc.
>
> Pero hay algo que no comprendo, al realizar clusters(datos), los $membership 
> son todos 1, is.connected es T, transitivity(datos) es algo de 0.27, 
> fastgreedy.community(datos)  dice algo como
>
> Error in call igraph community fastgreedy, graph as logical merges, 
> fast_community.c:538: detection works for undirected graph only.
>
> ¿Debo colocar una dirección para como se relacionan los datos?, no comprendo 
> porque no obtengo clusters, o mejor dicho, con todos 1, lógicamente hay 
> varias patología como infecciones que pertenecen al grupo infecciones, (en 
> los nodos y vértices esto aparece “contado” en forma correcta.
>
> Me da la impresión de un error al preparar los

Re: [R-es] igraph o network

2015-12-03 Por tema Javier Rubén Marcuzzi 
Estimado Carlos J. Gil Bellosta

Muchas gracias, hay un progreso pero …, por pasos.

Los datos no son muchos, los tomé de los casos clínicos de oftalmología 
veterinaria en el hospital de la facultad, dos años de escribir a mano, estoy 
trabajando para informatizarlo pero aún falta (me interesa que sirva para 
almacenar datos para analizar pero también que sea útil para asistir al 
veterinario en la clínica, la computadora al servicio y no el veterinario al 
servicio de la computadora). Son pocos datos, pero pude acceder a los pacientes 
y desde estos construir.

Networrk o igraph, en cuatro oportunidades los utilicé, dos veces cada uno, 
igraph me parece más completo, pero network no me parece “quedado”, el libro 
Statical Analysis of Network Data with R (2014), tiene mucho con igraph pero 
hay una parte donde convierte de igraph a network, porque la forma de acomodar 
los datos es tomada por otros paquetes.

Utilicé su sugerencia, hay un avance, pero me aparece otro problema. Copio y 
pego, udatos es undirected datos, datos.network es la fuente para el primero, 
es decir udatos <-as.undirected(datos.network).

> fastgreedy.community(udatos)
Error in .Call("R_igraph_community_fastgreedy", graph, as.logical(merges),  : 
  At fast_community.c:553 : fast-greedy community finding works only on graphs 
without multiple edges, Invalid value
> fastgreedy.community(datos.network)
Error in .Call("R_igraph_community_fastgreedy", graph, as.logical(merges),  : 
  At fast_community.c:538 : fast greedy community detection works for 
undirected graphs only, Unimplemented function call

Tengo que pensar only on graphs without multiple edges, Invalid value



Javier Rubén Marcuzzi
Técnico en Industrias Lácteas
Veterinario



De: Carlos J. Gil Bellosta 
Enviado: miércoles, 2 de diciembre de 2015 20:20
Para: Javier Rubén Marcuzzi
CC: R-help-es@r-project.org
Asunto: Re: [R-es] igraph o network


Hola, ¿qué tal?

Yo siempre he usado igraph. Debería serte suficiente para casi todos
los fines habituales. Tu red es pequeña, además.

El problema que tienes con ese algoritmo está indicado en el mensaje
de error: "detection works for undirected graph only". Tu grafo está
dirigido (¿tiene que estarlo?). Igual quieres que tu grafo no esté
dirigido. Tienes la función as.undirected para transformarlo en uno de
ese tipo.

Salud,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com

El día 2 de diciembre de 2015, 12:55, Javier Rubén Marcuzzi
<javier.ruben.marcu...@gmail.com> escribió:
> Estimados, estoy “jugando” con unos datos clínicos donde realizo un análisis 
> de redes, utilicé igraph como nerwork, pero finalmente uso igraph (creo que 
> tiene más opciónes).
>
> Son algo de 200 nodos y algo más de 2000 relaciones. Puedo graficarlos.
>
> Los datos están de la siguiente forma, por ejemplo, individuo, patología, 
> (las dos primeras columnas son la relación), luego un fármaco, el grupo 
> farmacológico, el grupo de patología, etc.
>
> Pero hay algo que no comprendo, al realizar clusters(datos), los $membership 
> son todos 1, is.connected es T, transitivity(datos) es algo de 0.27, 
> fastgreedy.community(datos)  dice algo como
>
> Error in call igraph community fastgreedy, graph as logical merges, 
> fast_community.c:538: detection works for undirected graph only.
>
> ¿Debo colocar una dirección para como se relacionan los datos?, no comprendo 
> porque no obtengo clusters, o mejor dicho, con todos 1, lógicamente hay 
> varias patología como infecciones que pertenecen al grupo infecciones, (en 
> los nodos y vértices esto aparece “contado” en forma correcta.
>
> Me da la impresión de un error al preparar los datos, algo que inicialmente 
> puede procesar pero que al profundizar salta el error. ¿Alguna sugerencia?
>
> Otra pregunta, ¿Qué prefieren, igraph o network? Creo que igraph tiene más 
> opciones, pero … con algo de trabajo básicamente se puede realizar lo mismo.
>
> Javier Rubén Marcuzzi
> Técnico en Industrias Lácteas
> Veterinario
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ___
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es



[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] igraph o network

2015-12-02 Por tema Carlos J. Gil Bellosta 
Hola, ¿qué tal?

Yo siempre he usado igraph. Debería serte suficiente para casi todos
los fines habituales. Tu red es pequeña, además.

El problema que tienes con ese algoritmo está indicado en el mensaje
de error: "detection works for undirected graph only". Tu grafo está
dirigido (¿tiene que estarlo?). Igual quieres que tu grafo no esté
dirigido. Tienes la función as.undirected para transformarlo en uno de
ese tipo.

Salud,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com

El día 2 de diciembre de 2015, 12:55, Javier Rubén Marcuzzi
 escribió:
> Estimados, estoy “jugando” con unos datos clínicos donde realizo un análisis 
> de redes, utilicé igraph como nerwork, pero finalmente uso igraph (creo que 
> tiene más opciónes).
>
> Son algo de 200 nodos y algo más de 2000 relaciones. Puedo graficarlos.
>
> Los datos están de la siguiente forma, por ejemplo, individuo, patología, 
> (las dos primeras columnas son la relación), luego un fármaco, el grupo 
> farmacológico, el grupo de patología, etc.
>
> Pero hay algo que no comprendo, al realizar clusters(datos), los $membership 
> son todos 1, is.connected es T, transitivity(datos) es algo de 0.27, 
> fastgreedy.community(datos)  dice algo como
>
> Error in call igraph community fastgreedy, graph as logical merges, 
> fast_community.c:538: detection works for undirected graph only.
>
> ¿Debo colocar una dirección para como se relacionan los datos?, no comprendo 
> porque no obtengo clusters, o mejor dicho, con todos 1, lógicamente hay 
> varias patología como infecciones que pertenecen al grupo infecciones, (en 
> los nodos y vértices esto aparece “contado” en forma correcta.
>
> Me da la impresión de un error al preparar los datos, algo que inicialmente 
> puede procesar pero que al profundizar salta el error. ¿Alguna sugerencia?
>
> Otra pregunta, ¿Qué prefieren, igraph o network? Creo que igraph tiene más 
> opciones, pero … con algo de trabajo básicamente se puede realizar lo mismo.
>
> Javier Rubén Marcuzzi
> Técnico en Industrias Lácteas
> Veterinario
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ___
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

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R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

[R-es] igraph o network

2015-12-02 Por tema Javier Rubén Marcuzzi 
Estimados, estoy “jugando” con unos datos clínicos donde realizo un análisis de 
redes, utilicé igraph como nerwork, pero finalmente uso igraph (creo que tiene 
más opciónes).

Son algo de 200 nodos y algo más de 2000 relaciones. Puedo graficarlos.

Los datos están de la siguiente forma, por ejemplo, individuo, patología, (las 
dos primeras columnas son la relación), luego un fármaco, el grupo 
farmacológico, el grupo de patología, etc.

Pero hay algo que no comprendo, al realizar clusters(datos), los $membership 
son todos 1, is.connected es T, transitivity(datos) es algo de 0.27, 
fastgreedy.community(datos)  dice algo como

Error in call igraph community fastgreedy, graph as logical merges, 
fast_community.c:538: detection works for undirected graph only.

¿Debo colocar una dirección para como se relacionan los datos?, no comprendo 
porque no obtengo clusters, o mejor dicho, con todos 1, lógicamente hay varias 
patología como infecciones que pertenecen al grupo infecciones, (en los nodos y 
vértices esto aparece “contado” en forma correcta.

Me da la impresión de un error al preparar los datos, algo que inicialmente 
puede procesar pero que al profundizar salta el error. ¿Alguna sugerencia?

Otra pregunta, ¿Qué prefieren, igraph o network? Creo que igraph tiene más 
opciones, pero … con algo de trabajo básicamente se puede realizar lo mismo.

Javier Rubén Marcuzzi
Técnico en Industrias Lácteas
Veterinario

[[alternative HTML version deleted]]

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