Re: [R-es] consulta graficas para GLM
Hola.
Prueba con el "en�simo" paquete de R , effects, algo asi.
library(effects)
efectos <- allEffects(glm6)
plot(efectos)
Saludos
El 06/08/15 a las 09:09, Luis Fernando Garc�a escribi�:
> Estimados amigos y expertos del R,
>
> Les escribo para hacerles una pregunta que parece un poco sencilla
> pero me ha costado mucho. Estoy tratando de graficar los datos
> correspondientes a tasas de consumo de algunos organismos cuando est�n
> expuestos o no expuestos a un qu�mico sobre tres tipos de presa. Por
> definici�n, deb�a ajustar los datos a un glm con distribuci�n gama.
>
> Las gr�ficas pueden ser 1) dos gr�ficos correspondientes a expuesto o
> no expuesto ( representado con 0 y 1) y cada uno con tres l�neas
> (correspondientes a tres presas) o 2) realizar tres gr�ficos
> (correspondientes a cada tipo de presa), con dos l�neas (expuesto vs
> no expuesto). Las l�neas deber�an ser generadas empleando la funci�n
> predict.
>
> Para graficar estaba pensando dividir los datos con subset y ajustar
> un modelo para poder graficar cada l�nea pero no se si sea v�lido. La
> otra opci�n es graficar los datos como les mencion� anteriormente a
> partir del primer modelo, pero no he encontrado nada de informaci�n al
> respecto. Si alguno pudiera proveerme alguna colaboraci�n o sabe donde
> puedo encontrar informaci�n sobre como hacer este tipo de gr�fico
> estar�a muy agradecido.
>
> Saludos!
>
>
> PS: Adjunto el set de datos porque es muy largo
>
>
>
> #Este es el script
>
> todoslosdatos = read.table("TODOS POLIOSTOMA.txt", header=T)
>
> Exposici�n1=factor(todoslosdatos$Exposici�n)
>
> str(todoslosdatos)
>
> attach(todoslosdatos)
>
> names(todoslosdatos)
>
> glm6=glm(Consumo1 ~ I(1/Densidad) +Exposici�n1 + Presa, family = Gamma)
>
> summary(glm6)
>
> par(mfrow=c(2,2))
>
> plot(glm6)
>
> anova(glm6,test="Chisq")
>
> summary(glm6)
>
> library(multcomp)
>
> compexp <- glht(glm6, mcp(Exposici�n1 = "Tukey", covariate_average =
> TRUE))
>
> summary(compexp)
>
> plot(Densidad,Consumo1,type="n")
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> ___
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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Re: [R-es] consulta graficas para GLM
Supongo que si quieres hacer el gr�fico 1, puedes hacer esto.
efectos <- Effect(c("Presa", "Exposici�n1"), glm6 )
plot(efectos)
El 06/08/15 a las 09:09, Luis Fernando Garc�a escribi�:
> Estimados amigos y expertos del R,
>
> Les escribo para hacerles una pregunta que parece un poco sencilla
> pero me ha costado mucho. Estoy tratando de graficar los datos
> correspondientes a tasas de consumo de algunos organismos cuando est�n
> expuestos o no expuestos a un qu�mico sobre tres tipos de presa. Por
> definici�n, deb�a ajustar los datos a un glm con distribuci�n gama.
>
> Las gr�ficas pueden ser 1) dos gr�ficos correspondientes a expuesto o
> no expuesto ( representado con 0 y 1) y cada uno con tres l�neas
> (correspondientes a tres presas) o 2) realizar tres gr�ficos
> (correspondientes a cada tipo de presa), con dos l�neas (expuesto vs
> no expuesto). Las l�neas deber�an ser generadas empleando la funci�n
> predict.
>
> Para graficar estaba pensando dividir los datos con subset y ajustar
> un modelo para poder graficar cada l�nea pero no se si sea v�lido. La
> otra opci�n es graficar los datos como les mencion� anteriormente a
> partir del primer modelo, pero no he encontrado nada de informaci�n al
> respecto. Si alguno pudiera proveerme alguna colaboraci�n o sabe donde
> puedo encontrar informaci�n sobre como hacer este tipo de gr�fico
> estar�a muy agradecido.
>
> Saludos!
>
>
> PS: Adjunto el set de datos porque es muy largo
>
>
>
> #Este es el script
>
> todoslosdatos = read.table("TODOS POLIOSTOMA.txt", header=T)
>
> Exposici�n1=factor(todoslosdatos$Exposici�n)
>
> str(todoslosdatos)
>
> attach(todoslosdatos)
>
> names(todoslosdatos)
>
> glm6=glm(Consumo1 ~ I(1/Densidad) +Exposici�n1 + Presa, family = Gamma)
>
> summary(glm6)
>
> par(mfrow=c(2,2))
>
> plot(glm6)
>
> anova(glm6,test="Chisq")
>
> summary(glm6)
>
> library(multcomp)
>
> compexp <- glht(glm6, mcp(Exposici�n1 = "Tukey", covariate_average =
> TRUE))
>
> summary(compexp)
>
> plot(Densidad,Consumo1,type="n")
>
>
>
>
>
>
>
>
>
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Re: [R-es] consulta graficas para GLM
O puedes usar el paquete visreg.
Manuel
El 6 de agosto de 2015, 3:55, Jose Luis Cañadas Reche <
canadasre...@gmail.com> escribió:
> Supongo que si quieres hacer el gráfico 1, puedes hacer esto.
>
> efectos <- Effect(c("Presa", "Exposición1"), glm6 )
>
> plot(efectos)
>
>
> El 06/08/15 a las 09:09, Luis Fernando García escribió:
> > Estimados amigos y expertos del R,
> >
> > Les escribo para hacerles una pregunta que parece un poco sencilla
> > pero me ha costado mucho. Estoy tratando de graficar los datos
> > correspondientes a tasas de consumo de algunos organismos cuando están
> > expuestos o no expuestos a un químico sobre tres tipos de presa. Por
> > definición, debía ajustar los datos a un glm con distribución gama.
> >
> > Las gráficas pueden ser 1) dos gráficos correspondientes a expuesto o
> > no expuesto ( representado con 0 y 1) y cada uno con tres líneas
> > (correspondientes a tres presas) o 2) realizar tres gráficos
> > (correspondientes a cada tipo de presa), con dos líneas (expuesto vs
> > no expuesto). Las líneas deberían ser generadas empleando la función
> > predict.
> >
> > Para graficar estaba pensando dividir los datos con subset y ajustar
> > un modelo para poder graficar cada línea pero no se si sea válido. La
> > otra opción es graficar los datos como les mencioné anteriormente a
> > partir del primer modelo, pero no he encontrado nada de información al
> > respecto. Si alguno pudiera proveerme alguna colaboración o sabe donde
> > puedo encontrar información sobre como hacer este tipo de gráfico
> > estaría muy agradecido.
> >
> > Saludos!
> >
> >
> > PS: Adjunto el set de datos porque es muy largo
> >
> >
> >
> > #Este es el script
> >
> > todoslosdatos = read.table("TODOS POLIOSTOMA.txt", header=T)
> >
> > Exposición1=factor(todoslosdatos$Exposición)
> >
> > str(todoslosdatos)
> >
> > attach(todoslosdatos)
> >
> > names(todoslosdatos)
> >
> > glm6=glm(Consumo1 ~ I(1/Densidad) +Exposición1 + Presa, family = Gamma)
> >
> > summary(glm6)
> >
> > par(mfrow=c(2,2))
> >
> > plot(glm6)
> >
> > anova(glm6,test="Chisq")
> >
> > summary(glm6)
> >
> > library(multcomp)
> >
> > compexp <- glht(glm6, mcp(Exposición1 = "Tukey", covariate_average =
> > TRUE))
> >
> > summary(compexp)
> >
> > plot(Densidad,Consumo1,type="n")
> >
> >
> >
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> >
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> >
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*Manuel Spínola, Ph.D.*
Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
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