Re: [SP-pm] Criando e mantendo command-line Perl scripts
2011/11/9 Thiago Yukio Kikuchi Oliveira strat...@gmail.com: Não conhecia o App::Rad. Vou dar uma olhada. O que eu gostei do MooseX:App:Cmd é que ele define cada subcomando como uma classe (ou Package), portanto se o número de subcomandos ficar muito grande é só colocar cada classe em um arquivo diferente. Mantendo a escalabilidade. O Rad suporta (ou deveria suportar, não lembro se cheguei até aí) subcomandos em classes separadas. A idéia é oferecer uma estrutura escalável mas ao mesmo tempo livre das idiossincrasias de frameworks como o App::Cmd e o CLI::Framework - especialmente nos casos em que módulos como o App::Cmd são overkill para o problema. Se você encontrar problemas ou tiver sugestões para melhorias, é só falar - ele andou muito parado ultimamente, mas é um módulo que sem dúvida pode receber um pouco mais de amor ;-) (a propósito, descobri que estão usando o App::Rad no CERN, o que me deixou muito feliz) []s -b =begin disclaimer Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/ SaoPaulo-pm mailing list: SaoPaulo-pm@pm.org Lhttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm =end disclaimer
Re: [SP-pm] Criando e mantendo command-line Perl scripts
Já está no meu Reader! E vou indicar pra uns colegas. Abç, Otávio Em 9 de novembro de 2011 16:15, Thiago Yukio Kikuchi Oliveira strat...@gmail.com escreveu: Olá Pessoal, Estou criando um blog para documentar algumas dicas de bioinformátca que acabo aprendendo. Uma delas é envolvendo Perl, se alguem se interessar: http://gettingbioinformaticsdone.blogspot.com/2011/10/creating-and-maintaining-perl-command.html [ ]'s /Thiago Yukio Kikuchi Oliveira (=\ \=) Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto / Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática /=) - (=/ Centro de Terapia Celular/CEPID/FAPESP - Hemocentro de Rib. Preto /Rua Tenente Catão Roxo, 2501 CEP 14151-140 (=\ Ribeirão Preto - São Paulo \=) Fone: 55 16 2101-9300 Ramal: 9603 / E-mail: stra...@lgmb.fmrp.usp.br /=)strat...@gmail.com (=/ /Bioinformatic Team - BiT: http://lgmb.fmrp.usp.br (=\ Hemocentro de Ribeirão Preto: http://pegasus.fmrp.usp.br \=) / - =begin disclaimer Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/ SaoPaulo-pm mailing list: SaoPaulo-pm@pm.org Lhttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm =end disclaimer =begin disclaimer Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/ SaoPaulo-pm mailing list: SaoPaulo-pm@pm.org Lhttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm =end disclaimer
Re: [SP-pm] Criando e mantendo command-line Perl scripts
Ola. Eu me interesso. Parabens! Em 9 de novembro de 2011 18:15, Thiago Yukio Kikuchi Oliveira strat...@gmail.com escreveu: Olá Pessoal, Estou criando um blog para documentar algumas dicas de bioinformátca que acabo aprendendo. Uma delas é envolvendo Perl, se alguem se interessar: http://gettingbioinformaticsdone.blogspot.com/2011/10/creating-and-maintaining-perl-command.html [ ]'s /Thiago Yukio Kikuchi Oliveira (=\ \=) Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto / Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática /=) - (=/ Centro de Terapia Celular/CEPID/FAPESP - Hemocentro de Rib. Preto /Rua Tenente Catão Roxo, 2501 CEP 14151-140 (=\ Ribeirão Preto - São Paulo \=) Fone: 55 16 2101-9300 Ramal: 9603 / E-mail: stra...@lgmb.fmrp.usp.br /=)strat...@gmail.com (=/ /Bioinformatic Team - BiT: http://lgmb.fmrp.usp.br (=\ Hemocentro de Ribeirão Preto: http://pegasus.fmrp.usp.br \=) / - =begin disclaimer Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/ SaoPaulo-pm mailing list: SaoPaulo-pm@pm.org Lhttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm =end disclaimer -- Oscar Marques osca...@gmail.com http://www.dunkelheit.com.br @f117usbr https://twitter.com/#%21/f117usbr +55 21 9293-9343 Participe do I Hack'n Rio http://hacknrio.org/ =begin disclaimer Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/ SaoPaulo-pm mailing list: SaoPaulo-pm@pm.org Lhttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm =end disclaimer
Re: [SP-pm] Criando e mantendo command-line Perl scripts
Legal Thiago, vou acompanhá-lo também. 2011/11/9 Thiago Yukio Kikuchi Oliveira strat...@gmail.com Olá Pessoal, Estou criando um blog para documentar algumas dicas de bioinformátca que acabo aprendendo. Uma delas é envolvendo Perl, se alguem se interessar: http://gettingbioinformaticsdone.blogspot.com/2011/10/creating-and-maintaining-perl-command.html [ ]'s /Thiago Yukio Kikuchi Oliveira (=\ \=) Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto / Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática /=) - (=/ Centro de Terapia Celular/CEPID/FAPESP - Hemocentro de Rib. Preto /Rua Tenente Catão Roxo, 2501 CEP 14151-140 (=\ Ribeirão Preto - São Paulo \=) Fone: 55 16 2101-9300 Ramal: 9603 / E-mail: stra...@lgmb.fmrp.usp.br /=)strat...@gmail.com (=/ /Bioinformatic Team - BiT: http://lgmb.fmrp.usp.br (=\ Hemocentro de Ribeirão Preto: http://pegasus.fmrp.usp.br \=) / - =begin disclaimer Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/ SaoPaulo-pm mailing list: SaoPaulo-pm@pm.org Lhttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm =end disclaimer -- Felipe da Veiga Leprevost Computational Biology Laboratory Carlos Chagas Institute - ICC/FIOCRUZ Curitiba - PR - Brasil =begin disclaimer Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/ SaoPaulo-pm mailing list: SaoPaulo-pm@pm.org Lhttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm =end disclaimer
Re: [SP-pm] Criando e mantendo command-line Perl scripts
Opa, vi que você usou o App::CMD, chegou a dar uma olhada ao App::Rad? ele não tem suporte a Moose ( /cc @edenc ) mas é bem legal. https://metacpan.org/module/App::Rad 2011/11/9 Felipe Leprevost leprevos...@gmail.com Legal Thiago, vou acompanhá-lo também. 2011/11/9 Thiago Yukio Kikuchi Oliveira strat...@gmail.com Olá Pessoal, Estou criando um blog para documentar algumas dicas de bioinformátca que acabo aprendendo. Uma delas é envolvendo Perl, se alguem se interessar: http://gettingbioinformaticsdone.blogspot.com/2011/10/creating-and-maintaining-perl-command.html [ ]'s /Thiago Yukio Kikuchi Oliveira (=\ \=) Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto / Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática /=) - (=/ Centro de Terapia Celular/CEPID/FAPESP - Hemocentro de Rib. Preto /Rua Tenente Catão Roxo, 2501 CEP 14151-140 (=\ Ribeirão Preto - São Paulo \=) Fone: 55 16 2101-9300 Ramal: 9603 / E-mail: stra...@lgmb.fmrp.usp.br /=)strat...@gmail.com (=/ /Bioinformatic Team - BiT: http://lgmb.fmrp.usp.br (=\ Hemocentro de Ribeirão Preto: http://pegasus.fmrp.usp.br \=) / - =begin disclaimer Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/ SaoPaulo-pm mailing list: SaoPaulo-pm@pm.org Lhttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm =end disclaimer -- Felipe da Veiga Leprevost Computational Biology Laboratory Carlos Chagas Institute - ICC/FIOCRUZ Curitiba - PR - Brasil =begin disclaimer Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/ SaoPaulo-pm mailing list: SaoPaulo-pm@pm.org Lhttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm =end disclaimer =begin disclaimer Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/ SaoPaulo-pm mailing list: SaoPaulo-pm@pm.org Lhttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm =end disclaimer
Re: [SP-pm] Criando e mantendo command-line Perl scripts
Gostei do post e gostaria de comentar alguns trechos: Of course, Perl is perfect for this task, also called quick and dirty scripts. O que às vezes fica transparecendo é que Perl é *só* para isso, mas você demonstra que não. É bom deixar isso claro, quando possível. The problem with mainstream code is that we loose time thinking how to create a good code structure that will be extensible in the future. Mainstream code é uma expressão meio vaga, mas vamos supor que signifique algo como criar código 'elegante'. Um cientista da computação (decente) não loose time thinking how to create a good code structure porque é obrigação dele, tem que estar no sangue, de bate-pronto. Entretanto, isso não é a obrigação de um biólogo, portanto é natural que um biólogo demore mais com isso, da mesma forma que um cientista da computação demoraria pra entender um pipeline para análise de sequências. Daí, segue que uma ferramenta que permita ao biólogo construir aplicações mais limpas de forma rápida é extremamente importante, pois tira do seu caminho as coisas que não interessam, ao passo que facilita a manutenção futura. Notem que Perl é uma linguagem tão fantástica que pode ser usada facilmente por outras áreas da ciência, justamente porque ela tira do seu caminho as masturbações computacionais. Parabéns pelo blog. 2011/11/9 Thiago Yukio Kikuchi Oliveira strat...@gmail.com: Não conhecia o App::Rad. Vou dar uma olhada. O que eu gostei do MooseX:App:Cmd é que ele define cada subcomando como uma classe (ou Package), portanto se o número de subcomandos ficar muito grande é só colocar cada classe em um arquivo diferente. Mantendo a escalabilidade. Thiago Yukio Kikuchi Oliveira =begin disclaimer Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/ SaoPaulo-pm mailing list: SaoPaulo-pm@pm.org Lhttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm =end disclaimer =begin disclaimer Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/ SaoPaulo-pm mailing list: SaoPaulo-pm@pm.org Lhttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm =end disclaimer
Re: [SP-pm] Criando e mantendo command-line Perl scripts
P/ isso eu realmente prefiro o App::Rad, principalmente com o comando include... JAPH Em 09/11/2011, às 16:15, Thiago Yukio Kikuchi Oliveira strat...@gmail.com escreveu: Olá Pessoal, Estou criando um blog para documentar algumas dicas de bioinformátca que acabo aprendendo. Uma delas é envolvendo Perl, se alguem se interessar: http://gettingbioinformaticsdone.blogspot.com/2011/10/creating-and-maintaining-perl-command.html [ ]'s /Thiago Yukio Kikuchi Oliveira (=\ \=) Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto / Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática /=) - (=/ Centro de Terapia Celular/CEPID/FAPESP - Hemocentro de Rib. Preto /Rua Tenente Catão Roxo, 2501 CEP 14151-140 (=\ Ribeirão Preto - São Paulo \=) Fone: 55 16 2101-9300 Ramal: 9603 / E-mail: stra...@lgmb.fmrp.usp.br /=)strat...@gmail.com (=/ /Bioinformatic Team - BiT: http://lgmb.fmrp.usp.br (=\ Hemocentro de Ribeirão Preto: http://pegasus.fmrp.usp.br \=) / - =begin disclaimer Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/ SaoPaulo-pm mailing list: SaoPaulo-pm@pm.org Lhttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm =end disclaimer =begin disclaimer Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/ SaoPaulo-pm mailing list: SaoPaulo-pm@pm.org Lhttp://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm =end disclaimer
