External Email - Use Caution Dear Freesurfer experts
I'm attempting to running TRACULA in a two subjects(one visit per subject and multiple deffusion scans per visit), as described on the TRACULA tutorial (https://secure-web.cisco.com/1YZplCc8ElxyKpvsfXb9OH_SNhToXmmPHixjCRlcZ51VHS12nUQQG4rMQybDPmP5RRwTYpZXLYBDCgi-aVwgAkIbD7f1nuv3qCRerbwqiEFE3PYEbp8GmUG0QZj8fv0kGh0sKwEI4r8ULPKz8OVdmWBr0me7wibJF1a8l5S74YstX_dkTB88f-aX5wFUKO798aWohHBR8zND-FMrt7oygYVYxsL29Q_PPvrSO9pY3WzpuLzpxcRYLe5zFQCaLJXJBW7T8VmIUQnJULc6AZpBWEUkPcavsBb5sLnWOQo8mARajKxbGYJ0zVdvJ3F9BgYZk/https%3A%2F%2Fsurfer.nmr.mgh.harvard.edu%2Ffswiki%2FFsTutorial%2FTracula, https://secure-web.cisco.com/1nYtHW48eZdU7uUKv6TSjlFm9HP9CHGRmfSeoCOA7uunK3kIdhbSPNPcLfk5dxLcxWFiX2iHtjYsKFFHkoFhohA_CBpmhn00TFI7dj_A6_Ysx-lUshF_hf_8PUjxAdpehn-lqUTRnrPxgpYcsx8A0aJH2TTRWCAIqy17bdWBFVgQAQXbJRvtSUG4WJIHGUl8JnW7AvLKo8ViJ0qpfJKeQBkqJjtDD6vV1cJ-eyupl192QAfm_n0WbMnvunlfpzAz7Gt1ah6Mj6aSc5x3uQJeB0H0geYTLMZzvPA2AGFf8b1ADynWtOKW4a5-jHY9CyqkY/https%3A%2F%2Fsurfer.nmr.mgh.harvard.edu%2Ffswiki%2Fdmrirc, and https://secure-web.cisco.com/1i1x3WraESWH3k6zfmnPSieIq0qc66z7vq-nTTa6dKs81QaXyWb6SELvy3WVyD4G2zXOxWyMoa9XtbxMRvjRsZ8tCmHNGXEDfM3VvK19JRnw0BNx6bRO_1uIqy-6a2bcwHFYJ8Wpsym4MKm4wLCe8sqjV1P1uLv0rPNiOI771Wzr84BYMrpjzpwRR71UoYzZtPxhIN-6WqahEpeiW4OVNDbAMgz1WtV3OkZCxRKIR2CiF8R5TgCo6YpME4qVk5AgiEQFOpb86ElM97aPZcBORWVC4QR_7uCE_2Wrn1yTXf-9xfT2DGJhaCR9NpAzjOaVZ/https%3A%2F%2Fsurfer.nmr.mgh.harvard.edu%2Ffswiki%2FFsTutorial%2FRunningTracula), but for my subjects I get the following error when I run the trac-all - prep: cp dwi.nii.gz /media/sf_share\freesurfer\7.3.2/subjects/diffusion_ tutorial/trc/subject1/dmri/data.nii.gz cp: cannot stat 'dwi.nii.gz': No such file or directory. I checked the "dmri" directory and found that "data.nii.gz" was missing and "dwi.nii.gz " was there. I've searched the archive list and I found the following two things; the dwi.nii.gz file is the DWI after all corrections have been made and the data.nii.gz file is a symbolic link to the other, so they should be the exact same file. (https://secure-web.cisco.com/1qq_o3GFIoLx7Luv5Fgj2ZN5KBHCJCZzPPrZqzLzT3BdzI8z8iY0s3aw9ZiV1ZqrrmxTI8XTA7nXUIB1qpFj5LqqBdPnBFaZ7iS_mKC527GAIGxaf0Xr1d2hXyykfiJOg9la8SZsvG8hbRNzs9LKMucBEe_Qsq-Te92e_afgT0lgv8YjlwRCN8x4bLchbzgTax5xSIp36ImbKD-ULL5sKdOAT5Pt0iuy9S3llRWzxBj7k662wVU597F1GBdua-M2DqRsS_Ma2-VjUuqnpz_xJdR-CTlUc7ijJhoRDUMxdkCoZUzK06Oqx9Idmes9tVreb/https%3A%2F%2Fwww.mail-archive.com%2Ffreesurfer%40nmr.mgh.harvard.edu%2Fmsg39432.html) the data.nii.gz file is necessary for the process of "trac-all -bedp", not "trac-all -prep." (https://secure-web.cisco.com/1pjKE3HFIeU-FqIoHgU1xkoI3rom-BBboaeTQQ7MDiNVT78circo6cATHKBmSd6J0ggcrbRvJqQf9IqYLORohmBgZdmcnpjU0riT_Om05ORgE8YJiCXCAmGSQgA6bQw4ha8P5_aKiMWMMgVUnzTTyI4H1y9WPnVdAAGVvbf1a7xYUQHr4BKvE2zHSekVxYMsuHjf7wzvKK8F5QBedOY7m2_gAJA1y5HMgkJegAV_UG7qtaryWKAw2h2YWsWvJaig4iDNnu3bIRvxRxdg57lv8ZdiG6JgvjMwo1IsofvAdHvq9F47TrXAwtRnT8bgoBDMu/https%3A%2F%2Fwww.mail-archive.com%2Ffreesurfer%40nmr.mgh.harvard.edu%2Fmsg24254.html). However, no similar errors have been reported. Does anyone have any thoughts on how to trouble-shoot this one? Also, Ive attached the dmrirc. tutorial, trac-all.log, pre-diffusion_tutorial_tree.text, and post- diffusion_tutorial_tree.text in case it's of any use. Best regards, Tomohiro Utsumi. ------------------------------------------------------------------------ -------- Tomohiro Utsumi, PhD Student. Department of Psychiatry, The Jikei University School of Medicine, Tokyo, Japan. ------------------------------------------------------------------------ --------
dmrirc.tutorial
Description: Binary data
brain@l4n:/media/sf_share/freesurfer/7.3.2/subjects/diffusion_tutorial$ tree
.
|-- diffusion_tutorial_tree.txt
|-- fs
| |-- subject1
| | |-- label
| | | |-- BA_exvivo.ctab
| | | |-- BA_exvivo.thresh.ctab
| | | |-- aparc.annot.DKTatlas.ctab
| | | |-- aparc.annot.a2009s.ctab
| | | |-- aparc.annot.ctab
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| | | |-- lh.aparc.DKTatlas.annot
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| | | |-- lh.aparc.annot
| | | |-- lh.cortex+hipamyg.label
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| | | |-- rh.aparc.a2009s.annot
| | | |-- rh.aparc.annot
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| | | |-- rh.cortex.label
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| | | |-- rh.entorhinal_exvivo.thresh.label
| | | |-- rh.hOc1.mpm.vpnl.label
| | | |-- rh.hOc2.mpm.vpnl.label
| | | |-- rh.hOc3v.mpm.vpnl.label
| | | |-- rh.hOc4v.mpm.vpnl.label
| | | |-- rh.mpm.vpnl.annot
| | | |-- rh.nofix.cortex.label
| | | |-- rh.perirhinal_exvivo.label
| | | `-- rh.perirhinal_exvivo.thresh.label
| | |-- mri
| | | |-- T1.mgz
| | | |-- antsdn.brain.mgz
| | | |-- aparc+aseg.mgz
| | | |-- aparc.DKTatlas+aseg.mgz
| | | |-- aparc.a2009s+aseg.mgz
| | | |-- aseg.auto.mgz
| | | |-- aseg.auto_noCCseg.label_intensities.txt
| | | |-- aseg.auto_noCCseg.mgz
| | | |-- aseg.mgz
| | | |-- aseg.presurf.hypos.mgz
| | | |-- aseg.presurf.mgz
| | | |-- brain.finalsurfs.mgz
| | | |-- brain.mgz
| | | |-- brainmask.auto.mgz
| | | |-- brainmask.mgz
| | | |-- ctrl_pts.mgz
| | | |-- filled.auto.mgz
| | | |-- filled.mgz
| | | |-- lh.ribbon.mgz
| | | |-- mri_nu_correct.mni.log
| | | |-- mri_nu_correct.mni.log.bak
| | | |-- norm.mgz
| | | |-- nu.mgz
| | | |-- orig
| | | | `-- 001.mgz
| | | |-- orig.mgz
| | | |-- orig_nu.mgz
| | | |-- rawavg.mgz
| | | |-- rh.ribbon.mgz
| | | |-- ribbon.mgz
| | | |-- segment.dat
| | | |-- surface.defects.mgz
| | | |-- talairach.label_intensities.txt
| | | |-- talairach.log
| | | |-- talairach_with_skull.log
| | | |-- transforms
| | | | |-- bak
| | | | |-- cc_up.lta
| | | | |-- talairach.auto.xfm
| | | | |-- talairach.auto.xfm.lta
| | | | |-- talairach.lta
| | | | |-- talairach.m3z
| | | | |-- talairach.xfm
| | | | |-- talairach.xfm.lta
| | | | |-- talairach_avi.log
| | | | |-- talairach_avi_QA.log
| | | | |-- talairach_with_skull.lta
| | | | `-- talsrcimg_to_711-2C_as_mni_average_305_t4_vox2vox.txt
| | | |-- wm.asegedit.mgz
| | | |-- wm.mgz
| | | |-- wm.seg.mgz
| | | `-- wmparc.mgz
| | |-- scripts
| | | |-- IsRunning.trac
| | | |-- build-stamp.txt
| | | |-- csurfdir
| | | |-- defect2seg.log
| | | |-- dmrirc.local
| | | |-- dmrirc.local.orig
| | | |-- lastcall.build-stamp.txt
| | | |-- patchdir.txt
| | | |-- pctsurfcon.log
| | | |-- pctsurfcon.log.old
| | | |-- ponscc.cut.log
| | | |-- recon-all-status.log
| | | |-- recon-all.cmd
| | | |-- recon-all.done
| | | |-- recon-all.env
| | | |-- recon-all.local-copy
| | | |-- recon-all.log
| | | |-- recon-config.yaml
| | | |-- trac-all.local-copy
| | | |-- trac-all.log
| | | |-- trac-preproc.local-copy
| | | `-- unknown-args.txt
| | |-- stats
| | | |-- aseg.stats
| | | |-- brainvol.stats
| | | |-- lh.BA_exvivo.stats
| | | |-- lh.BA_exvivo.thresh.stats
| | | |-- lh.aparc.DKTatlas.stats
| | | |-- lh.aparc.a2009s.stats
| | | |-- lh.aparc.pial.stats
| | | |-- lh.aparc.stats
| | | |-- lh.curv.stats
| | | |-- lh.w-g.pct.stats
| | | |-- rh.BA_exvivo.stats
| | | |-- rh.BA_exvivo.thresh.stats
| | | |-- rh.aparc.DKTatlas.stats
| | | |-- rh.aparc.a2009s.stats
| | | |-- rh.aparc.pial.stats
| | | |-- rh.aparc.stats
| | | |-- rh.curv.stats
| | | |-- rh.w-g.pct.stats
| | | `-- wmparc.stats
| | |-- surf
| | | |-- autodet.gw.stats.lh.dat
| | | |-- autodet.gw.stats.rh.dat
| | | |-- lh.area
| | | |-- lh.area.mid
| | | |-- lh.area.pial
| | | |-- lh.avg_curv
| | | |-- lh.curv
| | | |-- lh.curv.pial
| | | |-- lh.defect_borders
| | | |-- lh.defect_chull
| | | |-- lh.defect_labels
| | | |-- lh.defects.pointset
| | | |-- lh.fsaverage.sphere.reg
| | | |-- lh.inflated
| | | |-- lh.inflated.H
| | | |-- lh.inflated.K
| | | |-- lh.inflated.nofix
| | | |-- lh.jacobian_white
| | | |-- lh.orig
| | | |-- lh.orig.nofix
| | | |-- lh.orig.premesh
| | | |-- lh.pial
| | | |-- lh.pial.T1
| | | |-- lh.qsphere.nofix
| | | |-- lh.smoothwm
| | | |-- lh.smoothwm.BE.crv
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| | | |-- lh.smoothwm.FI.crv
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| | | |-- lh.smoothwm.nofix
| | | |-- lh.sphere
| | | |-- lh.sphere.reg
| | | |-- lh.sulc
| | | |-- lh.thickness
| | | |-- lh.volume
| | | |-- lh.w-g.pct.mgh
| | | |-- lh.white
| | | |-- lh.white.H
| | | |-- lh.white.K
| | | |-- lh.white.preaparc
| | | |-- lh.white.preaparc.H
| | | |-- lh.white.preaparc.K
| | | |-- rh.area
| | | |-- rh.area.mid
| | | |-- rh.area.pial
| | | |-- rh.avg_curv
| | | |-- rh.curv
| | | |-- rh.curv.pial
| | | |-- rh.defect_borders
| | | |-- rh.defect_chull
| | | |-- rh.defect_labels
| | | |-- rh.defects.pointset
| | | |-- rh.fsaverage.sphere.reg
| | | |-- rh.inflated
| | | |-- rh.inflated.H
| | | |-- rh.inflated.K
| | | |-- rh.inflated.nofix
| | | |-- rh.jacobian_white
| | | |-- rh.orig
| | | |-- rh.orig.nofix
| | | |-- rh.orig.premesh
| | | |-- rh.pial
| | | |-- rh.pial.T1
| | | |-- rh.qsphere.nofix
| | | |-- rh.smoothwm
| | | |-- rh.smoothwm.BE.crv
| | | |-- rh.smoothwm.C.crv
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| | | |-- rh.smoothwm.K1.crv
| | | |-- rh.smoothwm.K2.crv
| | | |-- rh.smoothwm.S.crv
| | | |-- rh.smoothwm.nofix
| | | |-- rh.sphere
| | | |-- rh.sphere.reg
| | | |-- rh.sulc
| | | |-- rh.thickness
| | | |-- rh.volume
| | | |-- rh.w-g.pct.mgh
| | | |-- rh.white
| | | |-- rh.white.H
| | | |-- rh.white.K
| | | |-- rh.white.preaparc
| | | |-- rh.white.preaparc.H
| | | `-- rh.white.preaparc.K
| | |-- tmp
| | |-- touch
| | | |-- apas2aseg.touch
| | | |-- asegmerge.touch
| | | |-- ca_label.touch
| | | |-- ca_normalize.touch
| | | |-- ca_register.touch
| | | |-- conform.touch
| | | |-- cortical_ribbon.touch
| | | |-- em_register.touch
| | | |-- fill.touch
| | | |-- inorm1.touch
| | | |-- inorm2.touch
| | | |-- lh.aparc.touch
| | | |-- lh.aparc2.touch
| | | |-- lh.aparcstats.touch
| | | |-- lh.aparcstats2.touch
| | | |-- lh.aparcstats3.touch
| | | |-- lh.autodet.gw.stats.touch
| | | |-- lh.avgcurv.touch
| | | |-- lh.cortex+hipamyg.touch
| | | |-- lh.cortex.touch
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| | | |-- lh.tessellate.touch
| | | |-- lh.topofix.touch
| | | |-- lh.white.H.K.touch
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| | | |-- rh.aparc.touch
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| | | |-- rh.aparcstats2.touch
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| | | |-- rh.cortex+hipamyg.touch
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| | | |-- rh.jacobian_white.touch
| | | |-- rh.pctsurfcon.touch
| | | |-- rh.pial.touch
| | | |-- rh.qsphere.touch
| | | |-- rh.smoothwm1.touch
| | | |-- rh.smoothwm2.touch
| | | |-- rh.sphmorph.touch
| | | |-- rh.sphreg.touch
| | | |-- rh.tessellate.touch
| | | |-- rh.topofix.touch
| | | |-- rh.white.H.K.touch
| | | |-- rh.white.preaparc.touch
| | | |-- rh.white.touch
| | | |-- segstats.touch
| | | |-- skull.lta.touch
| | | |-- skull_strip.touch
| | | |-- talairach.touch
| | | |-- wmaparc.stats.touch
| | | `-- wmsegment.touch
| | `-- trash
| |-- subject1.nii.gz
| |-- subject2
| | |-- label
| | | |-- BA_exvivo.ctab
| | | |-- BA_exvivo.thresh.ctab
| | | |-- aparc.annot.DKTatlas.ctab
| | | |-- aparc.annot.a2009s.ctab
| | | |-- aparc.annot.ctab
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| | | |-- lh.BA45_exvivo.thresh.label
| | | |-- lh.BA4a_exvivo.label
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| | | |-- lh.cortex.label
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| | | |-- lh.entorhinal_exvivo.thresh.label
| | | |-- lh.hOc1.mpm.vpnl.label
| | | |-- lh.hOc2.mpm.vpnl.label
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| | | |-- lh.hOc4v.mpm.vpnl.label
| | | |-- lh.mpm.vpnl.annot
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