Hola.
Lo que tienes que hacer es calcular el numero total de muertes por año
primero y luego este resultado adjuntarlo a tu data.table de causas de
muerte.
NO te salen los resultados porque al momento que haces todo en solo grupo
de operaciones y aplicas un FILTRO esto afecta en los totales.
dt <- data.table(readxl::read_xlsx("d:/cdm.xlsx","dat"))
dt
año cdm muertes
1: 2015 A 4
2: 2015 B 3
3: 2015 D 1
4: 2015 F 8
5: 2016 A 9
6: 2016 B 5
7: 2016 C 3
8: 2017 C 4
9: 2017 B 1
10: 2017 G 2
11: 2017 A 7
dt[,.(total=sum(muertes)),by=año][dt[,.(muertes_s=sum(muertes)),by=.(año,cdm)],on=.(año)][,.(año,cdm,pct=muertes_s/total)]
saludos
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