Re: [SP-pm] Try::Tiny : uma opção de exception, mas nem tanto !!!

2012/6/21 Solli Honorio : > Ok, mas aparentemente a penalidade de desempenho não vale a pena ainda... > > Solli Honorio Não utilize do MooseX::Method::Signature, ele é muito lento. Utilize o Method::Signatures pois é muito mais rápido. Olhe a comparação dos dois: http://www.dancygier.com/wordpress

Re: [SP-pm] WUT?!

> JAPH > > Que raios é isso?! Isso é uma Version String não um número pois tem mais de um "." e não tem quotes. Você pode adicionar um "v"na frente que dá na mesma. Version Strings retirado de perldoc (http://perldoc.perl.org/perldata.html): "A literal of the form v1.20.300.4000 is parsed as a s

Re: [SP-pm] Pergunta aos Biologos(as)

Outra opção seria o Lincoln Stein (http://search.cpan.org/~lds/), que além de criar modulos genéricos da Perl (CGI.pm, por exemplo), tambem contribuiu e ainda contribui para a BioPerl (Bio::Graphics, Bio:Sam::Tools, etc). [ ]'s 2012/1/13 Wagner Arbex : > Concordo com o Felipe e tb acho que o Chr

Re: [SP-pm] Criando e mantendo command-line Perl scripts

Não conhecia o App::Rad. Vou dar uma olhada. O que eu gostei do MooseX:App:Cmd é que ele define cada subcomando como uma classe (ou Package), portanto se o número de subcomandos ficar muito grande é só colocar cada classe em um arquivo diferente. Mantendo a escalabilidade. Thiago Yukio Kikuchi

[SP-pm] Criando e mantendo command-line Perl scripts

Olá Pessoal, Estou criando um blog para documentar algumas dicas de bioinformátca que acabo aprendendo. Uma delas é envolvendo Perl, se alguem se interessar: http://gettingbioinformaticsdone.blogspot.com/2011/10/creating-and-maintaining-perl-command.html [ ]'s     /    Thiago Yukio Ki

Re: [SP-pm] ordenando arquivos.

8 Parseando chr1.txt.sorted com um script em perl e contanto o que é repetida podemos fazer a cobertura de cada posição: 1 -> 1 2 -> 1 3 -> 2 4 -> 2 5 -> 2 6 -> 1 7 -> 1 8 -> 1 Eu uso uma estratégia diferente. Vou explicar num outro e-mail, pois tenho que sair agora. [ ]&

Re: [SP-pm] ordenando arquivos.

cobertura do sequenciamento (quantas sequencias cobrem a mesma região). E para fazer isso é necessário ter as coordenadas genômicas ordenadas. /Thiago Yukio Kikuchi Oliveira (=\ \=) Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto / Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática /=) --

Re: [SP-pm] ordenando arquivos.

> > > Se a função qsort da cstdlib ordena tudo em memória, você vai afirmar que > "C não dá conta de fazer o sort pois faz tudo em memória."? Eu acredito que > não, pois exatamente existe uma diferença entre o que é a linguagem (Perl) e > as funções nativas (ou a biblioteca padrão que já vem com el

Re: [SP-pm] ordenando arquivos.

> > Sort::External é XS, next desculpa esfarrapada :) : > http://api.metacpan.org/source/CREAMYG/Sort-External-0.18/External.xs > > Mais que isso acho que só se for feito em assembly > Então qual a vantagem de usar o módulo ao invés do gnu sort padrão do linux para uma simples ordenação de arquivo

Re: [SP-pm] ordenando arquivos.

2011/7/26 Andre Carneiro > Humm... tem certeza que não usa a memória? > > Ele usa a memória como buffer e indexa no disco ( portanto consome muito I/O) =begin disclaimer Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/ SaoPaulo-pm mailing list: SaoPaulo-pm@pm.org L

Re: [SP-pm] ordenando arquivos.

2011/7/26 Bruno Buss > 2011/7/26 Thiago Yukio Kikuchi Oliveira > >> Fazer o 'sort' de arquivos gigantes está sendo o problema da >> bioinformática ultimamente >> (cada sequencia que eu recebo é um arquivo texto com 15GB de informação >> cada). >>

Re: [SP-pm] ordenando arquivos.

ótimo. O problema é a transferencias dos arquivos via internet (>30GB) para poder processar. Thiago Yukio Kikuchi Oliveira =begin disclaimer Sao Paulo Perl Mongers: http://sao-paulo.pm.org/ SaoPaulo-pm mailing list: SaoPaulo-pm@pm.org L<http://mail.pm.org/mailman/listinfo/saopaulo-pm> =end disclaimer

Re: [SP-pm] ordenando arquivos.

cisar ter um cluster). Mas tudo depende da demanda (de trabalho e mão de obra, rs) Ultimamente estou usando mais multi-threads (temos 32 cores no servidor) do que processamento em paralelo (MPI). / Thiago Yukio Kikuchi Oliveira (=\ \=) Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto / Labor

Re: [SP-pm] ordenando arquivos.

hana no nsort ( http://www.ordinal.com/) Ele não é free, porém é muito rápido (ordena 1TB em 33 minutos) E você pode baixar uma versão de testes por 30 dias. /Thiago Yukio Kikuchi Oliveira (=\ \=) Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto / Labor

Re: [SP-pm] Deployment - [Era - Teen sells Perl cloud startup to ActiveState]

a instalação de pacotes via cpan como root, o módulo vai para o sistema (Perl antiga). Quando faço a instalação de pacotes via cpan como qualquer outro usuário ele vai para /work/localperl/lib (desde que ele tenha permissão, é claro) (Perl nova). /Thiago Yukio Kikuchi Oliveira (=\

Re: [SP-pm] um grito de desespero

Yukio Kikuchi Oliveira (=\ \=) Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto / Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática /=) - (=/ Centro de Terapia Celular/CEPID/FAPESP - Hemocentro de Rib. Preto /Rua Tenente Catão

Re: [SP-pm] Vagas de trabalho Perl

2011/5/27 Tiago Peczenyj : > E no eBay, algum Perl? No ebay eu não sei, mas o craigslist é todo feito em Perl. [ ]'s     /    Thiago Yukio Kikuchi Oliveira (=\   \=) Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto    /   Laboratório de Genética Molecular e Bioinf

Re: [SP-pm] MooseX::Declare

ão, mas se fosse no tempo de execução a história seria outra... [ ]'s     /    Thiago Yukio Kikuchi Oliveira (=\   \=) Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto    /   Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática   /=) -

Re: [SP-pm] MooseX::Declare

Na verdade, a vantagem é menos digitação, e o código fica um pouco mais lógico e limpo, no sentido de que se eu uso "method" ao invés de "sub", indica que eu sempre recebo "$self" (eu sei que eu posso receber $self = @_; na sub, mas eu quero organizar o código, não complicar, rs...) Sendo assim,

[SP-pm] MooseX::Declare

Olá, Alguém da lista usa MooseX::Declare em produção? Qual a opinião de vocês sobre o módulo? [ ]'s     /    Thiago Yukio Kikuchi Oliveira (=\   \=) Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto    /   Laboratório de Genética Molecular e Bioinform