Eu normalmente faço script para isso, utilizando tar.

depende da finalidade do backup, backup de servidor de arquivos, rsync
acredito ser melhor.

segue um exemplo de script!

#!/bin/sh
# Criado por Hudson G M Figueredo <[email protected]>
# Esse script tem por finalidade fazer o backup de uma base de dados
# mysql.

# Declaracao de variaveis
data=`date +%d%m%Y%H%M%S`
weekday=`date +%u`
monthday=`date +%d`
user="root"
password="sua_senha"
hostip="10.20.30.40"
database="pqui"
destino="/home/user/bkp-pqui/"
semanal="/home/user/bkp-pqui/semanal"
mensal="/home/user/bkp-pqui/mensal"
diario="/home/user/bkp-pqui/diario"
filename="0$weekday-pqui-$data.sql"

# comando para dump do mysql (man mysqldump)
mysqldump -u $user -p"$password" -h $hostip $database > $destino$filename

# condicao para armazenamento semanal dos arquivos de dump
if [ $weekday == 7 ]; then
        for i in $( ls ${destino}07-*.sql ); do
                mv $i $semanal/ ;
        done
        mv $destino*.sql $diario/
fi

# condicao para armazenamento mensal dos arquivos de dump
if [ $monthday == 01 ]; then
        for i in $( ls ${diario}*-pqui-01*.sql ); do
                mv $i $mensal/ ;
        done
        mv $destino*.sql
fi

No exemplo eu tenho arquivos diários, semanais e mensais do dump.
Você pode substituir o dump por um tar!

Comando que gosto no tar é o tar zcpvf pacote.tgz diretório_a_ser_gravado.

Depois salve esse script no diretório /usr/local/sbin (gosto dessa divisão
porque o arquivo é meu (/usr), é para uso local e não é público (/local) e
diz respeito ao sistema (/sbin)

E agende na cron pra rodar esse script todos os dias.

Qualquer duvida posta aí.

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